Arrêt maladie en alternance : quel impact ? Quelles indemnités ?

Vous êtes en alternance et vous devez vous arrêter pour raison de santé. Que se passe-t-il pour votre contrat, votre rémunération et votre formation ? En tant que salarié, vous bénéficiez des mêmes droits que vos collègues en matière d'arrêt maladie. Quelques spécificités méritent néanmoins d'être connues pour ne pas se retrouver dans une situation administrative délicate.

Arrêt maladie en alternance : que se passe-t-il pour votre contrat ?

Un arrêt maladie entraîne la suspension de votre contrat d'alternance, qu'il s'agisse d'un contrat d'apprentissage ou d'un contrat de professionnalisation. La relation de travail avec votre employeur et votre CFA est maintenue : votre contrat n'est pas rompu et vous y revenez à l'issue de votre arrêt.

Pendant toute la durée de l'arrêt, vous n'êtes pas tenu d'assister aux cours en CFA. L'absence est justifiée au même titre qu'une absence en entreprise, à condition de prévenir votre centre de formation rapidement et de lui transmettre un justificatif médical.

Les démarches administratives doivent être respectées scrupuleusement. Dès réception de votre arrêt de travail, vous devez envoyer les volets 1 et 2 à votre CPAM dans un délai de 48 heures. Le volet 3 doit être remis à votre employeur. Prévenir également votre CFA le plus tôt possible est indispensable : une absence non justifiée en cours est considérée comme une absence injustifiée au travail.

Avez-vous droit aux indemnités journalières ?

Les conditions d'indemnisation pendant un arrêt maladie sont les mêmes que pour tout salarié. Deux points sont essentiels sont à connaître : les conditions d'accès aux indemnités et leur montant.

Les conditions d'accès aux indemnités journalières

Pour percevoir des indemnités journalières (IJ) versées par l'Assurance maladie, vous devez remplir l'une des conditions suivantes au jour de l'arrêt : avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant horaire du SMIC sur la même période.

Si vous ne remplissez pas ces conditions au titre des 3 derniers mois, une vérification sur les 12 derniers mois est possible. Dans ce cas, le seuil est de 600 heures travaillées ou une cotisation équivalente, ce qui couvre les parcours à temps partiel ou les contrats débutant en cours d'année.

Délai de carence et montant des indemnités

Les indemnités journalières ne sont pas versées dès le premier jour d'arrêt. Un délai de carence de 3 jours s'applique : vous commencez à percevoir des IJ à partir du 4ème jour d'arrêt. Si votre arrêt dure 3 jours ou moins, vous ne percevez aucune indemnité de l'Assurance maladie.

Le montant des IJ est égal à 50 % de votre salaire journalier de base, calculé sur la moyenne de vos 3 derniers salaires bruts divisée par 91,25. Le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel, soit 2 552,25 € en 2026, ce qui correspond à une indemnité journalière maximale de 41,95 € bruts. Ce plafond a été abaissé par le décret du 20 février 2025 (il était auparavant fixé à 1,8 fois le SMIC). Pour les alternants dont le salaire est inférieur à ce plafond, le calcul se fait sur la totalité du salaire brut.

L'employeur doit-il maintenir votre salaire ?

L'article L1226-1 du Code du travail prévoit une indemnité complémentaire versée par l'employeur, en complément des IJ de la Sécurité sociale. Mais cette obligation est soumise à une condition d'ancienneté qui concerne peu d'alternants.

Pour en bénéficier, vous devez justifier d'au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise au premier jour de votre arrêt. Cette condition est rarement remplie pour les alternants en contrats d'un an ou moins. Si vous l'atteignez, le maintien de salaire s'applique à partir du 8ème jour d'absence : 90 % du salaire brut pendant les 30 premiers jours, puis 66,66 % les 30 jours suivants. Ces montants incluent les IJ versées par la Sécurité sociale.

En dehors de cette obligation légale, votre convention collective peut prévoir des conditions plus favorables : délai de carence réduit ou supprimé, maintien de salaire dès le premier jour, durée de maintien plus longue. Consultez votre convention collective ou renseignez-vous auprès de votre service RH pour savoir ce qui s'applique dans votre entreprise.

Quel impact sur la formation et le diplôme ?

Un arrêt maladie court n'a en général pas de conséquence sur la validation de votre diplôme. En revanche, un arrêt long peut poser des difficultés si des heures de formation obligatoires n'ont pas pu être effectuées.

Dans ce cas, la prolongation du contrat d'apprentissage est possible, mais non automatique. Elle doit être discutée entre l'alternant, l'employeur et le CFA, et étudiée au cas par cas selon les règles en vigueur. Le CFA peut également proposer un rattrapage de cours ou un aménagement du rythme de formation pour limiter l'impact sur le parcours.

À votre retour, si votre arrêt a duré au moins 60 jours, votre employeur est tenu d'organiser une visite de reprise auprès du médecin du travail, conformément à l'article R4624-31 du Code du travail.