Arrêt maladie pendant un stage : quels sont vos droits ?

Tomber malade pendant un stage soulève des questions pratiques immédiates : que dire à l'organisme d'accueil, quels documents fournir, peut-on percevoir des indemnités ? Le statut de stagiaire est spécifique : vous n'êtes pas salarié, mais vous bénéficiez d'une protection sociale dont l'étendue dépend de la durée de votre stage et de votre gratification. Voici ce que la loi prévoit, selon votre situation.

Que faire dès le premier jour d'absence ?

La première chose à faire est d'informer votre organisme d'accueil dès le premier jour d'absence. Ne laissez pas passer la journée sans prévenir votre tuteur ou le service RH, par téléphone ou par écrit. L'absence de signalement peut compliquer votre situation, notamment si une prolongation de stage est ensuite nécessaire.

Les justificatifs à fournir dépendent de votre régime : si votre gratification est supérieure au seuil légal, vous devez fournir un avis d'arrêt de travail, comme un salarié. Si votre stage n'est pas rémunéré ou si votre gratification est inférieure au seuil légal, un certificat médical suffit.

Êtes-vous affilié à la Sécurité sociale en tant que stagiaire ?

Votre régime de protection sociale détermine si vous pouvez percevoir des indemnités journalières. Deux situations se distinguent.

Stage de plus de 2 mois avec gratification au moins égale au minimum légal

Si votre gratification dépasse 15 % du plafond horaire de la Sécurité sociale, vous devez vous affilier au régime général. Ce seuil correspond au minimum légal de la gratification, fixé à 4,50 € par heure depuis le 1er janvier 2026. Si votre stage dure plus de deux mois et que vous percevez au moins ce montant, vous relevez du régime général et pouvez prétendre à des indemnités journalières en cas d'arrêt maladie.

Stage court ou non rémunéré : un régime différent

Si le stagiaire reste affilié à la Sécurité sociale étudiante, il doit se rapprocher des services de la caisse d'assurance maladie de son lieu de résidence avec les documents suivants : avis d'arrêt de travail, attestation de droits de la mutuelle étudiante, copie de la convention de stage, relevé d'identité bancaire et copie recto-verso de la pièce d'identité.

Dans ce cas, la gratification minimale versée au stagiaire lui permet de bénéficier de la protection contre les accidents du travail, mais pas du versement des indemnités journalières de Sécurité sociale pour maladie.

Les indemnités journalières : conditions et montant

Si vous relevez du régime général, vous pouvez prétendre à des indemnités journalières sous conditions. Elles ne sont versées qu'après un délai de carence de trois jours, qui s'applique à chaque nouvel arrêt de travail, sauf en cas d'affection de longue durée ou d'accident du travail.

Le montant est calculé sur la base de votre gratification, selon une méthode proche de celle appliquée aux salariés : 50 % du salaire journalier de base, lui-même calculé sur les 3 derniers mois de rémunération. Pour les stagiaires, la CPAM peut appliquer un montant forfaitaire spécifique. Renseignez-vous auprès de votre CPAM pour connaître le montant exact.

La gratification est-elle maintenue pendant l'arrêt ?

C'est l'un des points les plus sensibles. La gratification n'est pas automatiquement maintenue pendant l'arrêt maladie : tout dépend de ce que prévoit votre convention. Si elle ne mentionne pas le maintien de la gratification pendant les absences pour maladie, l'organisme d'accueil n'est pas tenu de la verser. Les jours d'absence sont déduits du calcul, qui repose sur la présence effective.

Si vous disposez d'une complémentaire santé — mutuelle parentale ou personnelle — vérifiez avant votre stage ce qu'elle couvre en cas d'arrêt maladie. Certains contrats prévoient des remboursements complémentaires ou des indemnités en cas d'incapacité temporaire.

L'arrêt maladie peut-il impacter la validation de votre stage ?

Votre organisme d'accueil ne peut pas rompre votre convention de stage uniquement en raison de votre arrêt maladie. Cette protection contre la discrimination liée à l'état de santé constitue un droit fondamental.

En revanche, des absences répétées ou prolongées peuvent impacter la validation de votre stage. La plupart des établissements de formation exigent un nombre minimum de jours de présence pour valider le stage. Si vos absences font descendre votre durée effective en dessous de ce seuil, une prolongation peut être demandée par votre établissement.