Assistant de Recherche en Mission Vsc H/F

CIRAD

LE CIRAD recherche un.e Assistant.e de recherche en bio-analyse et génomique comparative des ignames en mission Volontaire de Service Civique (VSC)
Intégré-e à l'équipe DEFI de l'UMR AGAP Institut en Guadeloupe, le/la VSC interviendra au coeur des activités de génomique et de bio-informatique du projet EvoSexYam, qui vise à comprendre l'origine, la divergence et la dynamique évolutive des chromosomes sexuels chez les ignames.

La mission débutera par l'assemblage, le polissage et le phasage de quatre génomes d'igname, à partir de données de séquençage longue lecture (PacBio HiFi) et de données de proximité chromosomique (Pore-C). La qualité des assemblages sera évaluée à l'aide d'outils standards (BUSCO, QUAST, etc.), et des améliorations itératives seront proposées si nécessaire.

Le/la VSC réalisera ensuite l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes (gènes, éléments transposables, régions répétées) et mènera des comparaisons entre haplotypes, avec un focus particulier sur les chromosomes sexuels et leurs régions spécifiques.

Le/la VSC exploitera également des données de génomique et de transcriptomique (WGS, RNA-seq) pour identifier des régions associées au sexe en intégrant
différentes approches analytiques (GWAS, QTL, Kmer, couverture de reads, expression différentielle).

Une part importante de la mission sera consacrée à la génomique comparative et évolutive, incluant des analyses inter- et intra-spécifiques, l'étude des inversions chromosomiques, des régions non recombinantes, et l'estimation de la divergence entre chromosomes sexuels.

Enfin, la mission comprend une forte dimension de valorisation scientifique et de transfert de compétences : participation à la rédaction d'articles scientifiques,
production de figures de qualité publication, développement de pipelines reproductibles, dépôt de données, et encadrement ou appui technique aux stagiaires
et partenaires, notamment dans un contexte de collaboration Nord-Sud.

Profil souhaité :
Master 2 ou Ingénieur.e en bio-informatique, génomique, biologie computationnelle, data science appliquée aux sciences du vivant.

Compétences techniques requises :
Très bonne maîtrise de Linux/HPC
Expérience en génomique et bio-informatique
Langages Pyton, R, Bash
Bonne compréhension des analyses génétiques et évolutives