Ingénieur·e en Modélisation du Métabolisme des Cyanobactéries H/F Nantes Université
- Loire-Atlantique - 44
- CDD
- Bac +5
- Service public autres
Les missions du poste
Au sein de l'équipe ComBi du LS2N (Nantes Université), qui développe des méthodes combinatoires et bioinformatiques pour l'étude du vivant, notamment dans le cadre de projets liés à l'étude des écosystèmes marins (programme Tara Océan), l'ingénieur·ereconstruiraetvaliderades modèles métaboliques à l'échelle du génome pour des cyanobactéries afin demodéliserleur métabolisme et leurs interactions avec l'environnement. Ce poste vise àdoterl'équipe d'outils de modélisation robustes pour mieux comprendrele rôle fonctionnel des cyanobactéries dans les écosystèmes marins et contribueraux enjeux scientifiques liés à l'océan et au changement climatique.
Activités principales
L'ingénieur·ereconstruirades modèles métaboliques à l'échelle du génome (GEMs) pour différentes espèces de cyanobactéries.
· Il/ellecollecteraetannoterales données génomiques disponibles,identifierales réactions métaboliques et les gènes associés à partir des bases de données de référence (KEGG, MetaCyc, UniProt), puisconstruirales réseaux métaboliques correspondants à l'aide d'outils dédiés (ex. : RAVEN, CarveMe, COBRApy).
· Il/ellevérifieraetcorrigerala cohérence stoechiométrique et thermodynamique des modèles,comblerales lacunes (gap-filling) du réseau métabolique, etvaliderales modèles par comparaison aux données expérimentales (croissance, flux métaboliques, phénotypes) disponibles pour les souches étudiées.
· Il/elleintégreraces modèles dans des analyses de flux (FBA, FVA) afin desimulerle comportement métabolique des cyanobactéries dans différentes conditions environnementales, etcontribueraà l'interprétation biologique des résultats en lien avec les biologistes du projet.
· Il/elle présentera les résultats scientifiques à une communauté experte.
· Enfin, il/elledocumenterales modèles produits,participeraà leur diffusion (dépôt dans des bases publiques, publications) etassureraune veille méthodologique sur les outils de reconstruction et d'analyse de réseaux métaboliques.
Le profil recherché
- Formation et/ou qualification : Bac +5 ingénieur.e généraliste avec une compétence en biologique numérique et environnement marin.
- Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : pas d'expérience requise
Bienvenue chez Nantes Université
Localisation : Nantes
L'équipe ComBi fait partie du Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes (LS2N, UMR CNRS 6004), unité de recherche commune à Nantes Université, l'École Centrale de Nantes, IMT Atlantique, le CNRS et Inria. Elle est dirigée par Damien Eveillard. ComBi développe des méthodes informatiques et mathématiques (algorithmique, combinatoire, théorie des graphes, optimisation combinatoire, probabilités) au service de la biologie et de la génomique, en particulier :
n De la comparaison de génomes aux graphes : modélisation des objets biologiques (ADN, ARN, protéines) sous forme de séquences ou de graphes ; analyse comparative de génomes (calcul de distances, recherche de variants structuraux) ; méthodes adaptées aux données de séquençage à haut débit (génomes non assemblés, RNA-seq, données single-cell/DGE-seq).
n De la modélisation des processus biologiques à la modélisation des communautés microbiennes : modèles mathématiques et informatiques du métabolisme et de sa régulation, de l'échelle de la cellule aux interactions entre micro-organismes au sein de microbiomes.
n Extraction de biomarqueurs : outils d'aide à la décision permettant d'identifier des biomarqueurs pertinents à partir des modèles multi-échelles étudiés par l'équipe.
n Développements bioinformatiques : conception d'outils et d'applications pour les biologistes, notamment via la plateforme de bioinformatique BiRD, partagée avec l'Institut du Thorax.
L'équipe s'inscrit également dan
Infos complémentaires
Publiée le 20/10/2026 - Réf : 2026-2445579
