Bioinformaticien - Transcriptomique et Biostatistique Projet Attilas H/F Institut Curie

Laboratoire - Service

L'équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l'unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l'Institut Curie.

Le poste s'inscrit dans le projet ATTILAS (Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas), financé par l'ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l'intégration d'analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d'un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l'équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l'Institut Curie.

Missions

Description des activités

Analyse transcriptomique

• Analyser les données RNA-seq bulk : contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.

• Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l'équipe.

• Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq : annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.

• Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.

Biostatistique et biomarqueurs

• Corréler profils moléculaires et données cliniques à l'aide de modèles statistiques adaptés

• Optimiser et valider des signatures pronostiques.

• Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.

Gestion des données et valorisation

• Développer des pipelines reproductibles et documentés.

• Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.

• Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.

• Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.

Spécificités du poste

- Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.