Thèse Intégration d'Omero et Optimisation de Biom3d Outil d'Analyse d'Images Fondé sur le Deep Learning. H/F
Doctorat.Gouv.Fr
- Clermont - 74
- CDD
- Bac +5
- Service public d'état
Détail du poste
Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences pour l'Ingénieur Laboratoire de recherche : Institut Pascal Direction de la thèse : FREDERIC CHAUSSE ORCID 0000000177941587 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-30T23:59:59 Cette thèse vise à intégrer la plateforme OMERO dans les chaînes d'analyse d'images biologiques 3D fondées sur Biom3D.
OMERO assure la gestion, la visualisation et le partage de données de bio-imagerie, tandis que Biom3D permet l'analyse par réseaux profonds.
L'objectif principal est de rendre Biom3D directement interopérable avec les formats et services OMERO, notamment OME-Zarr/NGFF.
Le travail portera sur la lecture efficace de grands volumes d'images, la préservation des métadonnées et l'écriture structurée des prédictions.
Une attention particulière sera portée à l'optimisation des traitements pour les infrastructures GPU/HPC et les données volumineuses.
La thèse visera également à enrichir Biom3D par de nouveaux modèles, en particulier pour la segmentation 3D et le suivi d'objets biologiques.
L'import et l'export de modèles via des écosystèmes tels que BioImage.io ou DeepImageJ seront étudiés.
L'enjeu scientifique est de rapprocher gestion FAIR des données, apprentissage profond et reproductibilité des analyses en bio-imagerie.
Les développements devront rester utilisables par des biologistes non spécialistes du calcul intensif ou de l'apprentissage profond.
Le résultat attendu est une chaîne logicielle ouverte, robuste et interopérable pour l'analyse d'images biologiques 3D à grande échelle. Les recherches sur le développement de l'axe font partie intégrante des problématiques scientifiques de l'axe Santé du projet I-SITE CAP 20-25 et s'inscrivent dans la continuité du soutien du CIR3.
Le profil recherché
Publiée le 23/06/2026 - Réf : 72efc3184df394744930ddf084fb30a0