Détail du poste
Établissement : Université de Rennes École doctorale : École doctorale Écologie, Géosciences, Agronomie et Alimentation Laboratoire de recherche : Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes Direction de la thèse : Alain BOUCHEREAU ORCID 0000-0002-2473-3773 Date limite de candidature : 2026-05-28T00:00:00 La conduite agroécologique est aujourd'hui indispensable à la durabilité des systèmes de productions agricoles et végétales en particulier. Plusieurs leviers sont activés en ce sens, visant à limiter les intrants chimiques, mobiliser la diversité génétique et les propriétés de résilience et solliciter les interactions et les coopérations biologiques et écologiques dans les systèmes cultivés. Le colza, abondamment produit en France et en Europe pour la qualité de son huile et de ses tourteaux protéiques, est gros consommateur d'intrants. La pression est forte pour optimiser, chez cette espèce d'intérêt, l'efficience d'utilisation des nutriments, sans trop compromettre la productivité, dans un contexte de diminution drastique de la fertilisation chimique et d'emploi de pesticides et un environnement de production de plus en plus chaud et sec. L'opportunité est saisie d'évaluer la production du colza en association avec d'autres cultures et de favoriser les interactions bénéfiques avec le microbiote du sol ou défavorables contre les adventices et les parasites. La rhizodéposition joue des rôles essentiels dans l'acquisition des éléments minéraux, dans les interactions avec les microorganismes du sol, dans la protection contre les pathogènes, dans la communication chimique et l'allélopathie ou dans la structuration du sol. Connaître et optimiser les conditions d'exsudation racinaire, a fortiori chez une espèce qui n'établit pas de symbioses mycorhiziennes, présente donc un intérêt majeur. Le projet de thèse ARCANE a pour ambition d'explorer chez le colza, les caractéristiques de la rhizodéposition et de l'exsudation racinaire dans un contexte de changement climatique et de transition agroécologique (faible disponibilité en azote et/ou en eau pour la plante). Il s'agit plus particulièrement, en exploitant des génotypes de colza contrastés dans leurs propriétés allélopathiques et leur efficience d'utilisation de l'azote, d'évaluer quantitativement et qualitativement les propriétés d'exsudation racinaire, à différents stades de développement de la plante et différents contextes nutritifs et d'apprécier l'incidence de perturbations provoquées par les contraintes sur la valeur trophique et allélopathique des rhizodépôts vis-à-vis du microbiote et d'espèces adventices. Le/la doctorant.e évoluera au sein de l'équipe « Rendement sous contraintes abiotiques » de l'IGEPP (UMR INRAE-Institut Agro-Université de Rennes) sous le co-encadrement d'un chercheur et d'un enseignant-chercheur. Il/elle bénéficiera des installations expérimentales (tunnels, serres, chambres de cultures, phytotrons) de l'unité ainsi que des laboratoires et des installations techniques modernes adaptées aux manipulations de biochimie, de chimie analytique, de biologie moléculaire, de marquage isotopique et de microbiologie. L'équipe assure également le soutien en agents techniques qui accompagneront le projet de thèse. Les activités sont établies dans le cadre de partenariats externes (IJPB Versailles, EVA Caen, BFP Bordeaux, Agroécologie Dijon, Terres Inovia, GIE Colza) et de projets en supports financiers (Carnot Plant2Pro, PPR DeepImpact, Specifics). Le projet mobilisera des plateformes technologiques régionales (P2M2, Corsaire-Biogenouest) ou nationales (MetaboHUB) quand il conviendra de procéder à l'analyse fine de la composition des exsudats racinaires et la recherche des actifs nutritionnels ou allélochimiques. L'environnement bio-informatique et l'expertise en analyses statistiques de l'unité sera mise au service du projet de thèse. Les racines des plantes excrètent d'importantes quantités de métabolites dans la rhizosphère, représentant 5 à 20 % des photosynthétats végétaux et qui remplissent de nombreuses fonctions, de modification des propriétés physiques et chimiques du sol, de facilitation des symbioses, de modulation du microbiome racinaire et des communautés microbiennes du sol, ainsi que de régulation des interactions avec d'autres organismes vivant dans le sol. De telles fonctions de rhizodéposition constituent autant de leviers manipulables pour faciliter de manière durable des systèmes de culture plus économes en intrants et moins impactants sur l'environnement à condition d'adresser ces questions dans le contexte du changement climatique. Les ambitions du projet sont bien là et ces sujets sont très transversaux et au coeur des priorités de recherche de l'IGEPP et de sujets traités dans plusieurs équipes de l'unité et dans le cadre de projets au périmètre collaboratif très large. Plusieurs disciplines et champs de compétences sont mobilisés relevant de la génétique, de la phytochimie, de la physiologie, de la microbiologie ou de l'écologie fonctionnelle. Par ailleurs, le colza placé au centre de l'intérêt, constitue une espèce pivot sur laquelle s'appuient de nombreux programmes de l'IGEPP avec une attente très forte de la profession s'agissant de solutions pour une production agroécologiquement viable et durable.
Publiée le 05/05/2026 - Réf : ab951333fd69a0b14c6c22c65d7a5075