Thèse Étude des Mécanismes de Répression Transcriptionnelle du Hbv Interactions Fonctionnelles Entre les Facteurs de Restriction de l'Hôte et Analyse à l'Échelle de la Molécule Unique d'Adn H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
Laboratoire de recherche : IGH - Institut de Génétique Humaine
Direction de la thèse : Christine NEUVEUT ORCID 000000016520271X
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59

L'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) demeure un défi majeur de santé publique touchant plus de 250 millions de personnes qui présentent un risque élevé de développer des maladies hépatiques graves, telles que la cirrhose et le carcinome hépatocellulaire (CHC). La persistance de l'infection par le VHB est principalement due à l'ADN circulaire covalemment clos (ADNccc), un épisome nucléaire stable qui sert de matrice pour la transcription virale. Si les traitements antiviraux actuels permettent de contrôler efficacement la réplication virale, ils ne permettent pas d'éliminer l'ADNccc, soulignant ainsi l'urgence de développer des stratégies ciblant ce réservoir viral.
L'ADNccc du VHB est organisé sous la forme d'un minichromosome, associé à des histones et des protéines non-histones, et sa transcription est finement régulée par des facteurs viraux et cellulaires. Il a été montré que l'un des rôles majeurs de la protéine régulatrice virale HBx est de dégrader le complexe smc5/6 responsable de la répression transcriptionnelle de l'ADNccc, cependant les mécanismes moléculaires de l'établissement de cette répression restent mal compris. Des travaux antérieurs ont montré que, en l'absence d'HBx, la transcription de l'ADNccc est éteinte suite à l'établissement d'une chromatine réprimée caractérisée par le recrutement de SETDB1 et HP1 et par le dépôt de la marque répressive H3K9me3.
L'objectif principal de ce projet est d'élucider les mécanismes conduisant à la répression épigénétique de l'ADNccc médiée par SETDB1 et de déterminer si elle dépend du complexe SMC5/6 ou représente une voie indépendante de restriction du virus par la cellule. Parallèlement, nous utiliserons la technique de « single-molecule footprinting » (SMF) afin d'analyser l'architecture de la chromatine et l'occupation par les facteurs de transcription et par la Pol II des promoteurs du VHB à l'échelle de la molécule d'ADN unique, permettant ainsi de comprendre et de cartographier l'hétérogénéité qui existe au niveau des promoteurs et les interactions fonctionnelles entre les facteurs contrôlant la transcription virale. Nous cartographierons le positionnement des nucléosomes, l'occupation par les facteurs de transcription et la liaison de l'ARN polymérase II sur les promoteurs du VHB à l'échelle de la molécule unique, dans des contextes de transcription active (HBV wt) ou réprimée (HBV X-).
En intégrant des approches biochimiques, moléculaires et de single-molecule, ce projet génèrera des connaissances très précises de la régulation épigénétique et transcriptionnelle de l'ADNccc du VHB. Il déterminera les mécanismes de régulation transcriptionnelle à l'échelle de la molécule unique intégrant ainsi la complexité de la régulation transcriptionnelle. Il permettra également d'identifier de nouveaux mécanismes cellulaires contrôlant l'expression des gènes viraux et contribuera au développement de thérapies ciblées intégrant toutes ces paramètres.

While it is well established that HBx counteracts cellular restriction by degrading the SMC5/6 complex, the molecular mechanisms that induce cccDNA silencing in the absence of HBx remain poorly understood. Uncovering these mechanisms is essential for identifying novel therapeutic strategies to functionally cure HBV.

The aim of this project is to elucidate the mechanisms underlying SETDB1-mediated H3K9me3 deposition on cccDNA and to determine whether this epigenetic regulation is linked to SMC5/6-mediated silencing or represents an independent cellular restriction mechanism. In addition, we will use single-molecule footprinting (SMF) to investigate the heterogeneity of HBV wild-type and HBV X-deficient cccDNA chromatin landscapes and transcription factors occupancy . These analyses will enable us to assess the interdependence between nucleosome positioning, transcription factor (TF) binding and RNA Pol II loading on transcriptionally active versus silenced cccDNA. A high-resolution understanding of HBV cccDNA transcriptional regulation will provide a basis for the rational design of molecules to control HBV expression.