Thèse Liaison à l'Arn et Formation de Condensats par le Facteur de Traduction Eif4b H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : Acides nucléiques : Régulations Naturelles et Artificielles
Direction de la thèse : Cameron MACKERETH ORCID 0000000207760776
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Un paradigme général pour confiner la fonction cellulaire a émergé avec la découverte croissante de condensats biomoléculaires pour séparer divers processus biologiques dans des compartiments distincts sans membrane à l'intérieur de la cellule. Ces condensats biomoléculaires se présentent sous la forme de compartiments sphériques denses, semblables à des liquides, et leur formation serait due
à une séparation de phases. Les condensats biomoléculaires se trouvent à la fois dans le noyau et dans le cytosol, et agissent pour concentrer les protéines et les acides nucléiques dans des volumes définis par l'espace, nécessaires à la réponse au stress cellulaire, à l'épissage de l'ARNm et à d'autres activités. Ils incorporent ou libèrent dynamiquement les protéines ainsi que l'ARN/ADN pour réguler les
processus biologiques respectifs. Nous utiliserons une combinaison de biologie structurale à haute résolution (RMN, cristallographie aux rayons X), de biophysique (smFRET, ITC, SPR) et de techniques biochimiques (électrophorèse sur gel, essais in vitro, co-expression de protéines) pour déterminer la base moléculaire de la fonction protéique qui a lieu dans ces régions désordonnées. Cet éventail de
méthodes nous permettra d'étudier l'association de ces protéines et leur interaction avec les acides nucléiques à plusieurs niveaux d'échelle de temps, de dynamique, de taille et de complexité. En particulier, la spectroscopie RMN est une technique puissante pour étudier les protéines désordonnées avec une résolution en acides aminés et nous utiliserons des expériences de pointe dans le projet de thèse. On sait que les protéines sont ciblées dans les états pathologiques en changeant les quantités dans la cellule, la quantité de modification post-traductionnelle, et par des mutations pathologiques.

Biologie structurale des protéines et des complexes protéine-ARN.

Structural biology of proteins and protein-RNA complexes.

Cloner et produire diverses constructions protéiques dans des bactéries et transcription-translation in vitro. Étudier les protéines construites par une variété de méthodes biochimiques et biophysiques, en mettant l'accent sur la spectroscopie RMN. Conception de mutations stratégiques des protéines afin de modifier leur comportement. Tester les hypothèses dans un contexte cellulaire.

Clone and express various protein constructs in bacteria and in vitro transcription-translation. Study the proteins constructs by a variety of biochemical and biophysical methods, with an emphasis on NMR spectroscopy. Design of strategic protein mutations to alter protein behaviour. Further test hypotheses in a cellular context.