Data Scientist au Cdcr H/F

Chu Dupuytren Limoges

Le CHU de Limoges est lauréat de l'appel à projets « Accompagnement et soutien à la constitution d'Entrepôts de Données de Santé hospitaliers » (EdS-H) soutenu par France 2030. Le plan « France 2030 », doté de 54 milliards d'euros déployés sur 5 ans, vise à développer la compétitivité industrielle et les technologies d'avenir à l'horizon 2030. Cet entrepôt de données permettra aux chercheurs un accès aux données dans un cadre technique sécurisé.

Certains développements sont réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Poitiers dans une vision d'infrastructure régionalisée en Nouvelle-Aquitaine (projet EDS@NOVA).
Cette infrastructure régionalisée nécessite un alignement des EdS-H des 3 CHU concernant les dictionnaires de métadonnées (phase dite de standardisation) pour que soit, de la même façon :
- comprise et interprétée une requête d'interrogation
- indexé et organisé le socle minimal de données à mettre à disposition dans les EdS-H financés par France2030 (cf ci-dessous).

Ainsi, le CHU Limoges recherche un-e datascientist H/F pour assurer les missions suivantes :

Missions liées au socle commun des EdS-H :
- Participer au comité technique national (*) et assurer le recueil des variables nécessaires dans l'EDS du CHU Limoges
- Garantir la qualité et la pérennité de ses données selon les bonnes pratiques cliniques (BPC) de gestion de données (contrôle de cohérence, complétude.)
- Participer à la gestion documentaire : procédures, guides techniques et documents qualité demandés par ce réseau comme par le CHU Limoges. Publication des codes sources développés.
- Générer et suivre des demandes de corrections et évolutions
- - Travailler avec les autres datascientists de l'équipe en charge des spécialités concernées par ce socle et participer à l'orchestration de leurs travaux

(*) : https://www.health-data-hub.fr/actualites/comite-strategique-des-donnees-de-sante-le-groupe-de-travail-ensemble-des-variables

Missions liées à la standardisation de l'EdS-H du CHU de Limoges :
- Renseigner et mettre à jour un catalogue des thésaurus médicaux utilisés au CHU de Limoges
- Participer au choix, à l'échelle du projet EDS@NOVA, des thésaurus standardisés communs
- Organiser le développement des mappings entre thésaurus nécessaires et les processus d'intégration (ETL) dans l'EdS-H du CHU de Limoges
- Le cas échéant, participer à la valorisation scientifique des résultats (articles, résumés, posters)

Connaissances obligatoires (Savoir) :
- Connaissance des logiciels de gestion de bases de données (PostGresQL, Oracle)
- Connaissance de logiciels de statistiques & de scripting (R, Python, bash, jupyter notebook.)
- Connaissance d'outils de gestion de versions de code (Git) et de langages d'interrogation de bases de données (SQL.)
- Anglais écrit médical

Connaissances optionnelles (Savoir) :
- Logiciels de gestion de données (ex : RedCap, Ennov Clinical.)
- Réglementation en matière de recherche clinique et de la terminologie médicale
- Réglementation sur les données personnelles et/ou sensibles (RGPD)
- Environnement Linux (Debian)
- Logiciels de développement et de séquencement d'ETL (Airflow, Nifi et/ou Talend et/ou Pentaho)