Ingénieur·e de Recherche en Bioinformatique H/F

INSERM-Délégation Régionale IDF Centre-Est

Connaissances:

· Bonnes connaissances en bioinformatique appliquée à la transcriptomique (scRNA-seq, RNA-seq, spatial transcriptomics).

· Connaissances en biologie moléculaire et cellulaire, idéalement en immunologie et/ou cancérologie.

· Maîtrise des environnements Linux et des langages de programmation usuels en analyse omique (Python, R).

· Connaissance des outils et bibliothèques standards : Scanpy, Seurat, Squidpy, Anndata, etc.

· Compréhension des notions de statistiques et d'apprentissage automatique appliquées aux données biologiques.

· Connaissances souhaitées en gestion de données (Git, Docker, Snakemake ou Nextflow).

Savoir-faire:

· Analyser, interpréter et intégrer des données issues de technologies scRNA-seq et spatiales

· Développer et documenter des pipelines reproductibles

· Gérer des jeux de données volumineux et complexes

· Communiquer efficacement les résultats à des biologistes non spécialistes

· Travailler en collaboration dans un environnement pluridisciplinaire

· Assurer une veille technologique sur les nouvelles approches analytiques

Aptitudes:

· Curiosité scientifique et intérêt marqué pour la biologie et l'immunologie

· Esprit d'équipe, goût pour la collaboration et le partage d'expertise

· Rigueur, sens de l'organisation et autonomie

· Capacité d'adaptation à des projets évolutifs et interdisciplinaires

· Motivation à apprendre et à développer de nouvelles compétences analytiques
Expérience(s) souhaité(s)
· Expérience préalable en analyse de données de transcriptomique en cellule unique (stage, CDD, ou thèse)

· Expérience en traitement ou intégration de données spatiales (Visium, MERFISH, MERSCOPE, etc.) appréciée

· Une expérience dans le domaine de l'immunologie ou du microenvironnement tumoral serait un atout fort

· Participation antérieure à des collaborations multidisciplinaires (biologie/bioinformatique) souhaitée

Expérience(s) souhaité(s):

· Expérience préalable en analyse de données de transcriptomique en cellule unique (stage, CDD, ou thèse)

· Expérience en traitement ou intégration de données spatiales (Visium, MERFISH, MERSCOPE, etc.) appréciée

· Une expérience dans le domaine de l'immunologie ou du microenvironnement tumoral serait un atout fort

· Participation antérieure à des collaborations multidisciplinaires (biologie/bioinformatique) souhaitée

L'IMRB (U955) est l'un des principaux centres de recherche biomédicale pluridisciplinaire de l'est de la région parisienne. Les équipes de recherche y mènent des travaux de haut niveau en recherche fondamentale et translationnelle dans une diversité de domaines, en lien direct avec les services de santé et un grand nombre de cohortes de patients. Il regroupe près de 700 personnes réparties en 17 équipes de recherche et 5 plateformes technologiques.