Chargé de Recherche - Initiative IA Planetoid H/F Muséum Nationel d'Histoire Naturelle

Détail du poste

Contexte du recrutement et définition de poste

Dans le cadre du projet interdisciplinaire PLANETOID, porté par Sorbonne Université et le MNHN, financé dans l'initiative nationale des pôles IA (SCAI+), le Muséum national d'Histoire naturelle recrute un.e chargé.e de recherche pour organiser, structurer et harmoniser les données génomiques et métagénomiques nécessaires au développement des modèles d'annotation automatique de génomes.

Description du projet :

Ce travail est au coeur de l'ambition de PLANETOID : produire une annotation à large échelle et de haute qualité de la diversité génomique du vivant.

Description des missions et objectifs à atteindre :

En interaction avec les équipes scientifiques et techniques des laboratoires partenaires, le ou la titulaire du poste assurera :
- La collecte, l'organisation et le formatage de jeux de données génomiques et métagénomiques (assemblages, annotations, métadonnées) ;
- La structuration des bases de données internes au projet pour les jeux d'entraînement, validation et test des modèles d'IA ;
- La mise en place de benchmarks rigoureux pour évaluer la performance des modèles développés dans PLANETOID ;
- La documentation des jeux de données (traçabilité, standards FAIR) ;
- La coordination avec les plateformes de production de données, notamment la station biologique de Roscoff ;
- En lien avec les spécialistes IA du projet, la préparation des données d'entrée adaptées aux modèles d'apprentissage.

Profil recherché

Qualifications requises
- Diplôme de niveau master ou doctorat en bioinformatique ou biologie computationnelle
- Compétences théoriques et pratiques solides en deep learning
- Excellente maîtrise des environnements de calcul nécessaire à la mise en oeuvre des modèles de deep learning
- Très bonne maîtrise des outils de gestion de données, de versioning
- Bonne connaissance des formats standards (GFF, FASTA/Q, etc.) et des systèmes de gestion de données
- Connaissance des grands référentiels d'annotations (Ensembl, NCBI, UniProt, Interpro, etc.)
- Bonnes capacités organisationnelles, rédactionnelles et relationnelles
- Mobilité (déplacements réguliers à Roscoff et dans les laboratoires partenaires)

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

Le contrat

Localisation : Jardin des plantes

Contrat : Contrat de projet de deux ans

Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.

Les avantages

Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)

Télétravail possible jusqu'à deux jours par semaine après 4 mois d'ancienneté

Restaurant d'entreprise

Prise en charge partielle de votre mutuelle

Un comité social et une association sportive et culturelle

Accès illimité aux sites de l'établissement avec invités