Post-Doctorant Détection de Requêtes Adn Préoccupantes dans les Moteurs de Recherche Génomiques H/F INRIA

Post-Doctorant F/H Détection de requêtes ADN préoccupantes dans les moteurs de recherche génomiques

Type de contrat : CDD

Niveau de diplôme exigé : Thèse ou équivalent

Fonction : Post-Doctorant

Niveau d'expérience souhaité : De 5 à 12 ans

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des huit centres d'Inria et compte plus d'une trentaine d'équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au coeur d'un riche écosystème de R&D et d'innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l'enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique

Contexte et atouts du poste

Les moteurs de recherche génomiques permettent d'interroger de vastes banques de données de séquences ADN. Cette capacité, essentielle à la recherche biomédicale, constitue également un vecteur potentiel d'accès à des séquences biologiques dangereuses (agents pathogènes, toxines, etc.).

L'objectif de ce post-doctorat est dedévelopper des méthodes de détection automatique de requêtes préoccupantes adressées à ces moteurs, dans une perspective de biosécurité.

Le projet s'appuiera en outre sur l'environnement suivantes :

• Institut Pasteur(Jean-Baptiste Masson, équipe-projet commune Épiméthée): les Centres Nationaux de Référence (dont le CNR des virus émergents) et le CIBU (Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence) comme expertise terrain et utilisateurs finaux naturels d'un outil de détection ; la CRBIP (Collection de l'Institut Pasteur : >15 000 souches bactériennes, catalogue EVAg) comme matériau de référence pour construire des jeux d'entraînement annotés ; la plateforme Biomics (C2RT) pour la production et la validation de données.

• Écosystème Inria / moteur cible : l'équipe-projet GenScale (Pierre Peterlongo, algorithmes k-mer à grande échelle, GATB) ; le moteur Logan-Search, co-piloté par Rayan Chikhi : l'instrumentation de ce moteur est le cas d'application prioritaire.

• Infrastructures : ENA (EMBL-EBI, l'archive que les moteurs indexent), IFB/ELIXIR France (hébergement de services, cloud)

Mission confiée

Objectifs

La personne recrutée aura pour objectifs :

• de constituerun référentiel de séquences préoccupantes
• de proposer un ou des outils de détection de requêtes suspectes

Ces objectifs devront intégrer les contraintes biologiques.

Mission confiée

En lien avec Jean-Baptiste Masson (Institut Pasteur Paris et Inria), la personne recrutée aura en charge de fédérer les acteurs des banques de données afin de mettre en place un corpus dynamique de séquences préoccupantes.

Elle aura pour mission de proposer des méthodes et de les implémenter afin de contribuer à des sujets de biosécurité.

Références principales

1. Select Agents and Toxins, 42 CFR - 73:

2. Australia Group, liste « Human and animal pathogens and toxins for export control »
   

3. Règlement (UE) 2021/821 du 20 mai 2021 (biens à double usage), annexe I, cat. 1C:

4. OMS, « Pathogens prioritization: a scientific framework for epidemic and pandemic research preparedness », 30 juillet 2024:

5. SecureDNA: ; Hazards List: ; jeu de test:

6. Baum et al., « A system capable of verifiably and privately screening global DNA synthesis », National Science Review 13(14): nwag103 (2026), DOI 10.1093/nsr/nwag103 ; arXiv:2403.14023

7. Gretton et al., « Exact-match searcprediction enables automated DNA screening », bioRxiv (2024), DOI 10.1101/2024.03.20.585782

8. IBBIS Common Mechanism / Commec: ht/common-mechanism

9. Wheeler et al., « Developing a Common Global Baseline for Nucleic Acid Synthesis Screening », Applied Biosafety 29(2): 71-78

10. Edison, R., Toner, S. & Esvelt, K.M., « Assembling unregulated DNA segments bypasses synthesis screening: regulate fragNature Communications 17, 3189
    (2026), DOI 10.1038/s41467-025-67955-3

11. Tayouri-Attia et al., « Defending st intra-order splitting-based obfuscation », Nature Communications (2026), DOI 10.1038/s41467-026-77459-3

12. Laird et al., « Inter-tool Analysisessing Baseline Nucleic Acid Sequence Screening », Applied Biosafety 31(3): 202-213, DOI 10.1177/1535676025

13. Chikhi, Lemane et al., « Logan: Planetary-Scale Genome Assembly Surveys Life's Diversity », bioRxiv (2025, v2), DOI 10.1101/

14. Lemane, Medvedev, Chikhi, Peterlongo, « kmtricks: efficient and flexible construction of Bloom filters for large sequencingnformatics Advances* 2(1): vbac029 (2022), DOI 10.1093/bioadv/vbac029

15. Babayan et al., « Predicting reserectors from evolutionary signatures in RNA virus genomes », Science 362(6414): 577-580 (2018), DOI 10.1126/science.aap9072 ; Takade suppression enables antiviral defence targeting non-self RNA », Nature 550(7674): 124-127 (2017), DOI 10.1038/nature24039 ;
    Rost, « Twilight zone of protein stein Engineering* 12(2): 85-94 (1999), DOI 10.1093/protein/12.2.85

16. IGSC, Harmonized Screening Protocol:

Principales activités

Principales activités :

• Analyser et modéliser les différents types d'attaques possibles
• Proposer des solutions théoriques pour permettre la détection de ces attaques
• Implémenter, tester et mettre à disposition des solutions pratiques pour mettre en place de telles détections
• Rédiger la documentation et les rapports

Compétences

Compétences techniques et niveau requis :

• Expertise algorithmique pour le traitement des grosses masses de données
• Connaissance des banques de données génomiques et protéomiques
• Bonnes connaissances des principales menaces biologiques, et compréhension des systèmes de synthèse de molécules biologiques
• Niveau requis : un doctorat dans le domaine de l'algorithmique des séquences et du traitement massif de données. Une expérience dans le domaine de l'identification fine de séquences serait un plus.

Langues :

• Anglais technique et scientifique
• Français

Avantages

• Restauration subventionnée
• Transports publics remboursés partiellement
• Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
• Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des oeuvres sociales d'Inria)
• Accès à la formation professionnelle

Rémunération

2927€ brut par mois