Stage Bac +2 - 3 Etude de la Dynamique des Micro-Organismes Marins du Lagon Sud de la Nouvelle-Calédonie Approches de Biologie Moléculaire H/F Ifremer

Date limite dépôt des candidatures : 27/11/2026

Sujet : Étude de la dynamique des micro-organismes marins (micro-algues, bactéries) du lagon sud de la Nouvelle-Calédonie par des approches de biologie moléculaire : Optimisation et mise en place de PCR/qPCR pour la détection d'organismes pathogènes et/ou d'intérêt écologique.

Qui sommes-nous ?

Depuis janvier 2020, l'unité LEAD-NC (Lagon, Ecosystèmes et Aquaculture Durable en Nouvelle-Calédonie) est membre de l'UMR Entropie (Écologie Marine Tropicale des océans Pacifique et Indien) dont l'objectif général est d'étudier la biodiversité et les ressources marines et littorales de la grande région Indo-Pacifique tropicale. Nos travaux visent à comprendre la dynamique et la vulnérabilité de cette biodiversité face aux forçages environnementaux naturels et anthropiques et à développer des outils de conservation et de valorisation durable des ressources, d'aide à la gestion et à la gouvernance.

Les travaux de l'unité Ifremer LEAD se concentrent plus particulièrement sur la caractérisation et la compréhension de la dynamique des écosystèmes lagonaires et des agrosystèmes, leur état de santé, à différentes échelles (de l'écosystème à l'organisme) selon trois axes i) la dynamique des forçages environnementaux lors d'épisodes intenses (eg. Canicules marines, dépressions tropicales), ii) la diversité et structure microbienne environnementale le long du continuum terre-mer en prenant en compte les agrosystèmes iii) la réponse de l'holobionte (limites physiologiques d'organismes d'intérêt écologique ou aquacole, plasticité phénotypique...) face à ces forçages.

Le lagon Sud de la Nouvelle Calédonie, fait partie du lagon Calédonien inscrit au Patrimoine mondial de l'UNESCO depuis 2008, il constitue une zone marine d'importance majeure tant patrimonial qu'écologique, en raison de sa biodiversité et de la richesse des écosystèmes récifaux. Cet écosystème subtropical est composé notamment d'une diversité exceptionnelle de micro-organismes marins, qui jouent un rôle fondamental pour la santé du lagon. Le recyclage de la matière organique, la régulation des cycles biogéochimiques et la production primaire entre autres, font partie des mécanismes essentiels pour la survie des organismes marins.
Cependant, certains forçages environnementaux tels que les vagues de chaleur marine (MHW) peuvent fragiliser ces mécanismes et impacter directement ou indirectement la santé du lagon. Dans un contexte de changement global, les épisodes de MHW tendent à être de plus en plus fréquents et intenses, perturbant les communautés microbiennes (protistes, bactéries, archées). Ces épisodes de modification rapide de la température de l'eau peuvent modifier la composition des populations et favoriser des espèces dites opportunistes, qui vont proliférer au détriment du reste de la communauté, ce qui a pour conséquence un dérèglement de l'écosystème. Ces études s'inscrivent dans le projet MAHEWA, interdisciplinaire en collaboration notamment avec l'IRD.
Ainsi, l'étude de la dynamique de ces populations permet d'améliorer nos connaissances en termes de biodiversité du lagon, de mieux comprendre la résilience des micro-organismes face aux perturbations climatiques et de pouvoir identifier des bioindicateurs précoces de l'état de santé des récifs et du lagon.

Quelles seront vos missions et activités?

Votre objectif sera de prendre en main les différents outils de biologie moléculaire, de la préparation de l'échantillon au traitement de la donnée.

• Optimiser des méthodes de détection et quantification par PCR/qPCR sur des échantillons d'ADN environnemental
• Réaliser des extractions d'ADN/ARN
• Effectuer des électrophorèses sur gel d'agarose post PCR
• Préparer et filtrer des échantillons de terrain (filtration type Büchner)