Thèse Cartographie Multi-Omique des Cancers Liés à la Cigarette et au Narguilé H/F Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : CanBioS - Cancérologie, Biologie, Santé de Lyon Laboratoire de recherche : CRCL - CENTRE DE RECHERCHE EN CANCÉROLOGIE DE LYON Direction de la thèse : François VIRARD ORCID 0000000175701088 Début de la thèse : 2026-11-01 Date limite de candidature : 2026-10-30T23:59:59 Le tabagisme, incluant l'usage croissant du narguilé, représente l'une des principales causes évitables de cancer. Si les mécanismes moléculaires liés à la cigarette sont bien documentés, ceux associés au narguilé restent largement méconnus - une lacune critique compte tenu de sa progression rapide, notamment chez les jeunes. La fumée de narguilé contient un mélange de toxiques aux propriétés chimiques distinctes de celles de la cigarette, justifiant une caractérisation moléculaire spécifique. Caractériser et comparer les altérations génomiques et épigénomiques induites par ces deux formes d'exposition est donc essentiel pour mieux comprendre leur rôle dans la carcinogenèse et éclairer les stratégies de prévention.
Ce projet vise à déterminer comment la cigarette et le narguilé remodèlent les paysages génomiques et épigénomiques dans des modèles de cancers du poumon, du sein et colorectal, et si ces altérations surviennent préférentiellement dans des contextes chromatiniens spécifiques. Il s'agit notamment de la première étude à caractériser les signatures mutationnelles associées au narguilé. Le tabagisme, incluant l'usage croissant du narguilé, représente l'une des principales causes évitables de cancer dans le monde. Si les mécanismes moléculaires liés à la cigarette sont relativement bien documentés - notamment les signatures mutationnelles SBS4 et SBS92 et le rôle de la méthylation aberrante de l'ADN -, ceux associés au narguilé restent largement méconnus.
Par ailleurs, les altérations génomiques et épigénomiques induites par le tabac ne se distribuent pas aléatoirement dans le génome : elles s'accumulent préférentiellement dans des régions définies par leur contexte chromatinien et leur activité transcriptionnelle. Cette dimension topographique reste peu explorée dans le contexte du tabagisme. Caractériser et comparer les altérations génomiques et épigénomiques induites par la cigarette et le narguilé dans des modèles de cancers du poumon, du sein et colorectal, et évaluer leur pertinence fonctionnelle et clinique. À partir de données multi-omiques générées sur des lignées cellulaires exposées de façon chronique à des extraits de fumée calibrés, des signatures mutationnelles seront extraites puis intégrées aux caractéristiques épigénomiques - états de chromatine, modifications d'histones, timing de réplication, méthylation de l'ADN - dans un cadre topographique permettant de cartographier leur distribution dans le génome. Les gènes et voies biologiques récurrents associés à chaque type d'exposition seront identifiés et priorisés.
Dans un second temps, la pertinence translationnelle de ces altérations sera évaluée à partir de données tumorales issues de cohortes cliniques. Les relations entre méthylation et expression génique, la valeur pronostique des gènes candidats.