Thèse Contenu Lipidique des Crevettes Hydrothermales Rôle de l'Habitat du Cycle de Vie et des Symbiontes H/F Ifremer

Date de clôture de réception de candidatures : 29/09/2026

Les dépôts de candidature doivent aussi se faire sur la plateforme Amethis : https://amethis.doctorat.org/amethis-client/prd/consulter/offre/3829

Qui sommes-nous ?

L'UMR BEEP (Biologie et Ecologie des Ecosystèmes marins profonds) a pour objectif d'étudier la biologie et l'écologie des écosystèmes marins profonds par une approche multidisciplinaire et holistique, des microorganismes à la mégafaune, et de la molécule à la communauté. Les recherches portent sur la description et la dynamique de la diversité biologique, les interactions biotiques et avec l'environnement ainsi que l'adaptation et la réponse des systèmes biologiques sous contraintes naturelles et d'origine anthropique. Ces problématiques sont abordées à différentes échelles spatiales et temporelles en fonction des écosystèmes étudiés : écosystèmes chimiosynthétiques, coraux d'eau froide, monts sous-marins ou plaines abyssales.

https://www.umr-beep.fr/

Quel est le sujet de la thèse ?

La compréhension des interactions trophiques et du transfert d'énergie au sein des écosystèmes hydrothermaux constitue une lacune majeure dans la connaissance des grands fonds marins.

Les crevettes de la famille des Alvinocarididae constituent la principale biomasse des sites hydrothermaux actifs de la dorsale médio-atlantique. Leur présence et faible structure génétique le long de la dorsale suggère un fort potentiel de dispersion qui pourrait sous-tendre une voie majeure de circulation d'énergie entre sources hydrothermales. Elles sont donc le parfait modèle pour l'étude des flux énergétiques et de leur connectivité au niveau des cheminées hydrothermales.

Leur foisonnement est rendu possible grâce à des bactéries symbiotiques chimioautotrophes. Ces bactéries tirent leur énergie de l'oxydation de composés réduits - soufre, fer, deutérium, méthane - présents dans les fluides des cheminées hydrothermales, dont le carbone fixé est ensuite transféré vers leur hôte. Cependant, selon les espèces et les stades de vie, les crevettes hydrothermales diffèrent quant à leur degré de dépendance vis-à-vis des symbioses bactériennes pour leur alimentation et ces différences ainsi que leurs conséquences restent mal comprises. Les biomarqueurs lipidiques et leur composition isotopique se sont révélés être des outils utiles pour étudier les relations hôte-symbiote au sein de la faune des grands fonds marins ou pour mettre en évidence leur dépendance vis-à-vis de la production photosynthétique vs chimosynthétique.

Dans ce contexte, les deux objectifs principaux de ce projet de thèse sont :

i) Cartographier les profils lipidiques de 3 espèces de crevettes hydrothermales.

ii) Caractériser les voies de production et d'assimilation des lipides au sein des communautés de crevettes.

Plus largement, ce projet de thèse s'inscrit dans le cadre du projet ANR GYNET et fournira les connaissances de bases pour comprendre la répartition, l'origine et le transfert de l'énergie -des producteurs primaires vers les communautés de crevettes- en combinant des approches moléculaires afin de pouvoir transférer ces informations à l'échelle du méta-système.

Quelles seront vos missions et vos activités ?

Dans le cadre du projet ANR GYNET, vous décrirez les compositions lipidiques (i.e, acides gras, alcool gras et stérols) de trois espèces de crevettes hydrothermales qui différent dans leur degré de colonisation bactérienne (Rimicaris exoculata, Rimicaris chaceï et Alvinocarismarkensis). Ces compositions seront analysées à différents stades de leur cycle de vie (i.e., juvénile et adulte) et en fonction de leur site d'origine. Vous pourrez décrire la variabilité ontogénique et spatiale grâce à des échantillons de juvénile et d'adultes provenant de 4 sites aux conditions géochimiques contrastées (i.e., TAG, Hydra, Snake Pit et Puy des Folles).

Le second volet de la thèse sera consacré à identifier l'origine de ces composés lipidiques afin d'identifier le rôle des symbiontes dans leur production et transfert. Pour cela une double approche, combinant lipidomique et isotopie sur composé spécifique sera utilisée. La caractérisation des communautés microbienne active sera investigué via l'analyse des acides gras des lipides polaires, ainsi que les lipides membranaires polaires intacts. Ces dernières analyses se feront en collaboration avec l'université de Rennes (laboratoire ECOBIO). La mise à disposition de métagénomes des symbiontes de crevette permettra d'identifier les gènes et enzymes responsables de la biosynthèse des lipides. Enfin, la composition isotopique des acides gras spécifique aux symbiotes permettra d'identifier leur origine (photosynthétique vs chemosynthétique).

Ces travaux de thèse se feront via l'utilisation de nombreuses techniques de biochimie et de leurs instruments associés (i.e., HPTLC, GC-MS, GC-FID, HPLC-HRMS, GC-c-p-IRMS).

Mots clés :

Grands Fonds, Crevettes hydrothermales, Lipides, Acides gras, Alcool gras, Stérols, Lipides membranaires polaires intacts, cycle de vie, symbiose

Comment se déroulera votre activité ?

• Activité de laboratoire (analyses lipidiques)
• Utilisation d'outils analytiques en statistique appliqués à l'écologie
• Déplacement en formation et/ou colloques en France et à l'étranger
• Rédaction d'articles scientifiques
• Dépôt du manuscrit de thèse et soutenance orale