Doctorant en Glycobiologie H/F

CNRS

Description du Poste Sujet De Thèse Projet de la thèse : Dynamique de l'acylation des lignines chez le peuplier et Miscanthus Description du projet de thèse :Les lignines sont parmi les principaux composants de la biomasse et sont obtenues comme produits secondaires des industries de pâte à papier et des bioraffineries de deuxième génération. De nouveaux procédés d'extraction émergent aujourd'hui, et ces composés, initialement considérés comme des déchets et principalement utilisés pour la production de chaleur, suscite de plus en plus d'intérêt en raison de leur composition chimique et de leur abondance.En effet, la valorisation des lignines contribuerait clairement à la construction d'une économie plus durable fondée sur le carbone issu des ressources végétales, en alternative aux applications reposant sur le pétrole fossile, suscitant ainsi un intérêt croissant de la part du monde académique, industriel et des acteurs publics.Dans ce contexte, le projet LILLEGNIN vise à mettre en place sur le site de Lille une chaîne de valeur complète dédiée à la valorisation de la lignine. Le projet intègre des expertises complémentaires telles que la biologie des matières premières végétales, l'extraction innovante des lignines et leur transformation (bio)catalytique, ainsi que diverses voies innovantes de valorisation dans les domaines du textile, des matériaux ignifuges, des biocarburants et de l'électronique.L'Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF, Université de Lille) est impliquée dans le projet du fait de son expertise dans l'étude de la dynamique de la biosynthèse et de l'incorporation de molécules au sein de différents types de biopolymères. La paroi secondaire végétale est un composite incluant une matrice polysaccharidique renfermant notamment des lignines. Nos approches biologiques et biochimiques permettent de mieux comprendre les interactions et interdépendances entre ses composants et ainsi, de mieux appréhender leur extractibilité. Parmi les différents paramètres qui vont justement agir sur ces interactions, la présence de groupements acyles sur les lignines va avoir une influence significative, et ainsi faciliter leur extraction.L'acylation des lignines est retrouvée chez tous les angiospermes, mais est absente chez les gymnospermes. Leur rôle précis n'est toutefois pas encore bien connu. Ces groupements acyles permettent parfois de former des complexes entre les lignines et les polysaccharides pariétaux, stabilisant ainsi la structure tridimensionnelle de la paroi. En conséquence, l'accès aux hydrolases sera impacté rendant ainsi variable la dégradation des polysaccharides.Le travail se déroulera au sein de l'UGSF situé sur le campus Cité Scientifique à Villeneuve d'Ascq (59). Le projet de thèse sera structuré autour de différents objectifs. Il s'agira dans un premier temps de caractériser le matériel végétal constitué de plants de peuplier qui seront cultivés sur place (plateforme serres, Université de Lille) et de différents génotypes de Miscanthus, qui seront cultivés en conditions ouvertes sur le site de l'INRAE d'Estrées Mons. Les lignines seront quantifiées et caractérisées par des techniques de chimie classiques après des périodes plus ou moins longues de stockage. Les plantes se développant en conditions contrôlées seront soumises à un stress thermique (froid) et analysées de la même manière.En parallèle, la synthèse de rapporteurs chimiques mimant les précurseurs acylés (p-coumarate pour Miscanthus et p-hydroxybenzoate pour le peuplier) sera effectuée par voie chimique, et le cas échéant, par voie enzymatique. Ces rapporteurs devront intégrer une étiquette bioorthogonale permettant la ligation ultérieure d'un fluorophore par chimie click.Enfin ces rapporteurs seront incorporés dans des coupes histologiques de plantes cultivées comme décrit précédemment. La dynamique de leur incorporation sur les différents échantillons de plantes sera évaluée par imagerie au microscope confocal. Cela permettra d'évaluer (1) le caractère spatio-temporel de l'incorporation des précurseurs acylés au sein des tissus des différentes plantes modèles, mais aussi (2) l'influence du stockage de la biomasse sur les activités enzymatiques qui en sont responsables et enfin (3) l'effet d'un stress abiotique sur celle-ci. Votre Environnement de Travail Ce travail s'effectuera au sein de l'équipe BIG (Biological Interaction of Glycans) de l'UGSF (UMR CNRS 8576, Université de Lille). Le doctorant (H/F) bénéficiera d'un encadrement adapté, d'opportunités pour développer de nouvelles compétences techniques et analytiques, ainsi que d'un soutien pour élargir son réseau scientifique et renforcer son dossier de publications. Contraintes et risques Déplacements possibles pour des conférences ou collaborations.Risques standard liés au travail en laboratoire de biochimie, notamment l'exposition à des produits chimiques, agents biologiques, environnements thermiques, ainsi qu'au travail prolongé sur écran. Rémunération et avantages Rémunération La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR8576-MARRAT-061 Section(s) CN / Domaine de recherche Biologie moléculaire et structurale, biochimie À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche