Doctorant·e H/F

Universite Clermont Auvergne

Référence : DC2
Titre : OMERO embedding and Optimisation of Biom3d, an image analysis tool using deep-learning networks
Début de contrat : 1/09/26
Durée : 36 mois
Profil complet à consulter sur le site de l'UCA

Les candidatures sont à soumettre exclusivement via le lien suivant : https://www.msca-agile.eu/recruitment/

Description du poste :
Les réseaux de neurones, utilisant l'apprentissage profond (DL), sont devenus essentiels pour l'analyse d'images à haut débit. Cependant, les outils DL doivent être accessibles à une communauté scientifique plus large, notamment aux biologistes végétaux.

Conformément aux principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable), nous visons :

(Objectif 1) à intégrer de nouvelles fonctionnalités d'analyse d'images à Biom3D, un cadre modulaire basé sur des réseaux DL initialement conçu pour quantifier la forme nucléaire et l'organisation de la chromatine ;

(Objectif 2) à faciliter l'utilisation de Biom3D par les utilisateurs finaux en améliorant son interopérabilité avec OMERO, un système de gestion de données d'images largement utilisé et créé par l'Université de Dundee, avec Imaris, un logiciel propriétaire d'Oxford Scientific, et avec la plateforme web FRACTAL développée par le centre de bio-imagerie de Zurich, afin de :

(Objectif 3) contribuer à la conception d'un nouvel ensemble de flux de travail, appelé ChromTrack3D, adapté aux besoins des microscopistes en matière d'analyse d'images. Enfin, nous explorerons la connexion des serveurs OMERO au sein du consortium AGILE afin de promouvoir l'accessibilité et le partage des jeux de données d'images, en collaboration avec l'Université de Dundee.

Vous apprendrez à implémenter et à entraîner de nouveaux modèles d'apprentissage profond dans le cadre de Biom3d, à développer des scripts d'interface OMERO, à exécuter des tâches sur des clusters de calcul haute performance (HPC) et à développer de nouvelles fonctionnalités dans Biom3d, telles que le prétraitement des images OME-Zarr.

Le projet de doctorat sera mené sous la direction de Christophe Tatout (UCA) en coopération avec l'Université de Zurich et l'Université de Dundee (les secondments prévus sur le projet).

Compétences / expérience
Une solide expérience en programmation Python (et Java) et des connaissances en biologie moléculaire (végétale). Une volonté de réussir dans le domaine scientifique.

Diplôme requis : master en bio-informatique ou en analyse d'images

Exigences obligatoires :
Le doctorant :
- ne doit pas avoir résidé ou exercé son activité principale (travail, études) dans le pays où il/elle est recrutée, c'est-à-dire la France, pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant la date limite d'appel à candidatures, sauf si cette période faisait partie d'un service national obligatoire ou d'une procédure d'obtention du statut de réfugié en vertu de la Convention de Genève.
- être titulaire d'un master (obtenu au plus tard en septembre 2026)
Les compétences orales et écrites doivent répondre aux normes de l'anglais académique utilisées dans la recherche internationale.

Détails du poste :

L'allocation mensuelle de subsistance, incluant les charges sociales des employeurs et des employés, est de 4735 €. Ce montant correspond à un salaire mensuel brut estimé à 3383 €

En plus du salaire mensuel, le doctorant recevra une allocation de mobilité, incluant les charges sociales de l'employeur et des employés de 710 € par mois pendant 36 mois, ce qui constitue une allocation mensuelle brute de 507 €

Protection sociale :
Le doctorant bénéficiera d'une couverture complète de la sécurité sociale, incluant l'assurance santé, l'assurance chômage et les cotisations de retraite. Il/elle aura également accès aux services de santé du travail (médecine du travail), comme l'exige la législation française du travail.