Thèse Étude de la Dynamique Saisonnière des Interactions Microbiennes Lacustres par une Approche de Modélisation Métabolique à l'Échelle de la Communauté H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement Laboratoire de recherche : Laboratoire Microorganismes : Génomes et Environnement Direction de la thèse : GISELE BRONNER ORCID 0000000248634518 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-20T23:59:59 Les écosystèmes aquatiques jouent un rôle essentiel dans les cycles biogéochimiques façonnés par l'activité microbienne. Ces écosystèmes subissent cependant des pressions entropiques croissantes, exacerbées par le changement global. Pour évaluer leur résilience face à ces changements environnementaux, il est crucial de comprendre les réponses des communautés microbiennes qui les composent. Ce projet de thèse vise à caractériser la plasticité des interactions au sein d'une communauté microbienne lacustre, en réponse aux variations saisonnières des conditions de la colonne d'eau d'un lac. Le doctorant devra concevoir un Modèle Métabolique des Communautés Microbiennes lacustres (MCMM) basé sur la reconstruction bio-informatique de modèles métaboliques à partir des génomes de micro-organismes lacustres, afin de simuler la production / consommation de métabolites par les membres de la communauté et inférer des interactions microbiennes induites par la compétition pour et/ou la coopération vis à vis de ces métabolites (cross-feeding). Des simulations seront menées sous différentes conditions environnementales, pour évaluer la plasticité des interactions microbiennes et les réponses à long terme de la communauté face aux changements globaux.

Courtine et al. (2026). A multi-Omic resource for exploring microbial eukaryotes in the meromictic freshwater Lake Pavin. Scientific Data. doi: 10.1038/s41597-026-06573-0
Monjot et al. (2023) Functional diversity of microbial eukaryotes in a meromictic lake: Coupling between metatranscriptomic and a trait-based approach. Environ Microbiol.. doi: 10.1111/1462-2920.16531 Cette thèse sera réalisée au sein de l'équipe MEB (génoMique Environnementale et Bio-informaique) de l'UMR CNRS 6023 -Laboratoire Micro-organismes : Génome et Environnement. L'équipe est composée de chercheurs biologistes en écologie microbienne et génomique environnementale, ainsi que de bio-informaticiens. Ce projet de thèse à pour objet de caractériser la plasticité des interactions au sein des communautés microbiennes lacustres, en réponse aux variations saisonnières des conditions dans la colonne d'eau d'un lac. Il s'agit ici de cibler plus spécifiquement les interactions métaboliques engendrées par les réponses physiologiques de différents groupes microbiens, de préciser la nature de ces interactions (coopération ou compétition) et leur importance relative au sein de la communauté.