Thèse Caractérisation des Propriétés Immunomodulatrices de Candidats Probiotiques de Nouvelle Génération Perspectives dans l'Allergie Alimentaire H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement Laboratoire de recherche : UNH - Unité de Nutrition Humaine Direction de la thèse : BERTRAND EVRARD ORCID 0000000158390695 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-15T23:59:59 Les propriétés immunorégulatrices de bactéries anaérobies strictes du microbiote intestinal permettent d'envisager leur utilisation comme traitement probiotique dans les allergies alimentaires, maladies associées à une dysbiose intestinale. L'objectif de ce travail est de caractériser in vitro les réponses lymphocytaires T en réponse à des candidats probiotiques de nouvelle génération issus du microbiote intestinal de sujets sains. Des modèles in vitro de cocultures mo-DCs / lymphocytes TCD4+ naïfs seront mis en place, et l'étude des sous-populations lymphocytaires T obtenues (Th1, Th2, Th17 et Tregs) sera réalisée par cytométrie spectrale et dosages cytokiniques (méthode ELLA). Les modèles seront analysés de façon comparative en testant en parallèle l'effet des bactéries seules, ainsi que dans environnement pré-polarisé vers la voie Th2 avec ou sans présence d'allergènes alimentaires (notamment d'allergènes moléculaires de l'arachide). L'induction de lymphocytes TCD4+ régulateurs et une diminution de la voie Th2, marqueurs de la restauration de la tolérance aux allergènes, seront recherchés dans la perspective de développer un probiotique utilisé comme traitement étiologique isolé ou sous forme d'immunothérapies combinées (probiotique + aliment) dans le cadre des allergies alimentaires.
Depuis quelques années l'importance du microbiote intestinal ne cesse d'être démontrée, notamment via ses interactions avec le système immunitaire. Les récentes découvertes des propriétés immunorégulatrices de bactéries anaérobies strictes du microbiote permettent de supposer à terme une utilisation en thérapeutique, comme traitement probiotique des maladies allergiques, et notamment des allergies alimentaires caractérisées par la présence d'une dysbiose intestinale. Dans des études préalables utilisant un modèle in vitro de cellules dendritiques humaines dérivées des monocytes (mo-DCs), nous avons identifié 5 candidats probiotiques de nouvelle génération, issus du microbiote intestinal de sujets sains, induisant un profil semi-mature de ces cellules et favorisant ainsi théoriquement les réponses tolérogènes. La caractérisation des modifications induites chez ces cellules au contact des bactéries a été réalisée par cytométrie spectrale (modulation de marqueurs membranaires) et par des dosages de panels des cytokines relarguées dans le milieu extérieur. Notre projet consiste désormais à analyser une phase plus en aval de la réponse immunitaire, à savoir l'interaction des cellules dendritiques avec les lymphocytes T et la polarisation des sous-populations induites (Th1, Th2, Th17 et T régulateurs) afin de confirmer ces résultats préliminaires. L'objectif du projet est de caractériser in vitro les réponses lymphocytaires T, à type d'inflammation ou tolérance, notamment par la mise en évidence de la génération de lymphocytes T régulateurs dans des modèles de polarisation lymphocytaire (cellules dendritiques - lymphocytes T naïfs) en réponse à des candidats probiotiques de nouvelle génération, issus du microbiote intestinal de sujets sains, le tout dans une optique d'optimisation à visée thérapeutique ciblant l'allergie alimentaire à moyen terme. - Etude de la réponse lymphocytaire T dans un modèle de coculture mo-DCs / lymphocytes TCD4+ naïfs, en réponse à 5 souches bactériennes pré-sélectionnées : Roseburia intestinalis, Blautia hydrogenotrophica, Bacteroides thetaiotaomicron, Akkermansia muciniphila et Bifidobacterium bifidum.

- Détermination de la voie de polarisation de la réponse immunitaire T par analyse des profils membranaires et cytokiniques des lymphocytes après leur contact avec les cellules dendritiques, par cytométrie spectrale (voies Th1, Th2, Th17, Th22, Tregs, cytotoxicité et apotose) et dosages cytokiniques (méthode ELLA).

- Les modèles mo-DCs comme de polarisation lymphocytaire seront analysés de façon comparative en testant en parallèle l'effet des bactéries seules, ainsi que dans environnement pré-polarisé vers la voie Th2 avec ou sans présence d'allergènes alimentaires (notamment d'allergènes moléculaires de l'arachide).