Ingénieur d'Étude en Bioinformatique H/F

Universite Cote d Azur

Missions
- Analyse bioinformatique de données transcriptomique (bulk, long-reads, single-cell RNAseq et spatiale) dans le cadre de projets provenant des équipes CNRS pour l'axe consacré à l'exploitation des données complexes et au développement de l'intelligence artificielle appliquée à la santé respiratoire de l'IHU RespirERA.
- Mise en oeuvre et amélioration de pipelines d'analyse déjà existants dans l'équipe. Si nécessaire, développement de nouveaux pipelines.
- Veille technologique afin d'évaluer de nouveaux pipelines.
- Exploration et exploitation des données dans le but d'écrire des articles scientifiques.

Activités :
- Choisir et adapter les pipelines d'analyse transcriptomiques sur cellule unique et en « bulk RNAseq » ainsi qu'en transcriptomique spatiale aux questions biologiques posées par l'équipe de recherche.
- Analyser les résultats provenant des chercheurs de l'équipe et les replacer dans le contexte des résultats obtenus par d'autres équipes.
- Gérer les projets conjointement avec les chercheurs et doctorants de l'équipe.
- Rédiger des rapports d'expérience.
- Participer à la veille scientifique et technologique sur les analyses de données transcriptomique.

Compétences attendues
- Connaissances en analyse transcriptomique
- Biologie (connaissance approfondie)
- Notions opérationnelles d'anglais
- Mettre en oeuvre des pipelines d'analyse transcriptomique sous R
- La maitrise de Python est un plus
- Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais)
- Capacité à travailler en étroite collaboration avec les différents collaborateurs du projet.

Contexte de travail
Le poste est à pourvoir au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne - Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). L'IPMC regroupe 20 équipes de recherche et des services communs pour un effectif global de plus de 220 personnes. La personne recrutée travaillera dans le cadre du hub de bioinformatique CoBioDa en interaction avec les 3 équipes associées à l'IHU respirERA : « Physiologie Génomique des Eucaryotes » (Pascal Barbry), « Mécanique cellulaire de l'échelle moléculaire à l'échelle tissulaire » et « Génome non-codant et pathologies pulmonaires ». Elle travaillera également de manière étroite avec la plateforme de génomique de l'IPMC, UCAGenomiX.