Thèse Exploration du Microbiome Rhizosphérique et Endophyte de la Chicorée et Caractérisation des Microorganismes Bénéfiques H/F

Université de Lille

Établissement : Université de Lille
École doctorale : Sciences de la Matière du Rayonnement et de l'Environnement
Laboratoire de recherche : UMR Transfrontalière BioEcoAgro
Direction de la thèse : Anca LUCAU-DANILA ORCID 0000000293796241
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-15T23:59:59

La chicorée industrielle (Cichorium intybus var. sativum) est reconnue comme un aliment fonctionnel, dont les effets bénéfiques sur la santé animale et humaine sont attribués à diverses classes de molécules bioactives. Sa composition chimique varie selon le génotype, les conditions de culture et l'écosystème microbien associé. Par ailleurs, les changements climatiques, via des stress abiotiques et biotiques accrus, ainsi que les pratiques agricoles, peuvent fortement affecter la croissance et la résilience de cette plante. Des travaux antérieurs menés dans notre laboratoire ont mis en évidence l'association de la chicorée avec un microbiote spécifique (core microbiota) présentant des propriétés favorables à la nutrition minérale, à la tolérance aux stress et à la résistance aux pathogènes. L'objectif général de ce projet est de quantifier et caractériser, sur les plans génomique et fonctionnel, ces microorganismes bénéfiques afin d'évaluer leur potentiel comme agents de biocontrôle, biofertilisants et biostimulants.
Le projet de thèse s'articule autour de trois objectifs spécifiques. Le premier vise à créer un consortium microbien synthétique (SynCom) de la chicorée, basé sur l'identification précise de souches isolées des différents compartiments de la plante et leur caractérisation génomique par séquençage, annotation et analyses comparatives avec les bases de données publiques, afin d'identifier les gènes associés à des fonctions d'intérêt.
Le second objectif consiste à caractériser le potentiel fonctionnel des microorganismes sélectionnés par des approches microbiologiques in vitro, en évaluant leurs capacités à promouvoir la croissance végétale, améliorer la tolérance aux stress abiotiques et biotiques et exercer une activité antagoniste vis-à-vis des pathogènes.
Enfin, le troisième objectif porte sur l'évaluation du potentiel agronomique des souches sélectionnées, seules ou en SynCom, en conditions contrôlées et au champ. Les effets de biocontrôle, de biostimulation et de biofertilisation seront analysés à travers des paramètres agro-physiologiques, biochimiques et transcriptomiques, ainsi que l'impact sur le microbiote du sol par des approches métagénomiques et méta-transcriptomiques.
Le matériel végétal nécessaire au projet sera fourni par l'entreprise Florimond Desprez, partenaire de l'Université de Lille au sein de l'équipe mixte Chic41H.

La chicorée industrielle (Cichorium intybus var. sativum) est une plante d'intérêt fonctionnel dont les propriétés dépendent fortement du génotype, des conditions de culture et du microbiote associé. Dans un contexte de changement climatique et de stress environnementaux croissants, la compréhension du rôle des microorganismes bénéfiques associés à la chicorée apparaît essentielle pour améliorer sa résilience et ses performances agronomiques. Les travaux récents soulignent le potentiel du microbiote de la chicorée comme levier de biocontrôle, de biofertilisation et de biostimulation, justifiant une caractérisation approfondie de ces communautés microbiennes.