Thèse Développement de l'Analyse Épitranscriptomique des Arn dans les Biopsies Liquides et Profilage des Patients Normaux et Atteints de Cancer H/F

Université de Lorraine

Établissement : Université de Lorraine
École doctorale : BioSE - Biologie Santé Environnement
Laboratoire de recherche : IMoPA - Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire
Direction de la thèse : Iouri MOTORINE ORCID 000000028018334X
Début de la thèse : 2026-09-01
Date limite de candidature : 2026-05-31T23:59:59

Objectifs :
1. Évaluer la quantité et la qualité des ARN circulants humains et déterminer les applications possibles du profilage épitranscriptomique ;
2. Optimiser toutes les étapes de l'extraction des ARN, du traitement chimique et de la préparation des bibliothèques pour un séquençage fiable des ARN cibles ;
3. Mettre en place une technologie permettant un profilage épitranscriptomique robuste et précis des espèces d'ARN présentes dans les biopsies liquides humaines et les fluides corporels tels que le sang, la salive et l'urine ;
4. Appliquer la technologie développée au profilage de la cohorte de patients atteints de cancer de la prostate et les comparer avec des sujets sains ;
5. Explorer la possibilité d'associer cette analyse à la technologie de séquençage nanopore.

Résultats attendus :
1. Acquérir des connaissances sur la composition des ARN non codants stables dans les biopsies liquides humaines et les fluides corporels et sélectionner des cibles appropriées et pertinentes pour le profilage épitranscriptomique ;
2. Établir des profils de modifications de l'ARN de référence pour des sujets sains ;
3. Comparer les profils de modifications de l'ARN des sujets sains et des patients atteints de cancer de la prostate (PCa) ;
4. Évaluer l'adéquation des profils épitranscriptomiques de l'ARN comme biomarqueurs ONT du cancer de la prostate.

EURECA - The European Epitranscriptomics of Cancer Academy invites applications for 14 doctoral positions across Europe, offering a unique opportunity to be part of a cutting-edge training network in cancer epitranscriptomics, the study of RNA modifications and their and their impact on cancer initiation, progression, and treatment.
EURECA is an innovative and interdisciplinary Marie Skłodowska-Curie Actions Doctoral Network (MSCA-DN) funded by the European Union. Coordinated by Erasmus University Medical Center (Rotterdam, The Netherlands), the network brings together 21 academic, clinical, and industrial partners from across Europe. Each doctoral candidate will undertake a cutting-edge research project, receive structured training, and benefit from international mobility through secondments at partner institutions to acquire the skills, knowledge, and entrepreneurial mindset needed to drive breakthroughs in cancer biology and contribute to the development of novel diagnostic tools and therapeutics. For more information visit us at eureca-dn.com

Despite our progress in understanding the cancer epitranscriptome, the direct links between pro- or anti-oncogenic properties of RNA modifications, their effector proteins and their orchestrated function in cancer onset and progression are largely yet to be established and the technologies tailored to investigating the epitranscriptome are limited.

The four most abundant RNA modifications altered in the cancer epitranscriptome will be the focus of EURECA's research investigations. N6-methyladenosine (m6A), 5-methylcytosine (m5C), ribose methylation (2'Omethylation, Nm) and adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing are the most abundant modifications in the human epitranscriptome and influence numerous fundamental cellular programs disrupted in cancer, hence making
them promising candidates as biomarkers and drug targets in various cancers.