Alternance - Technicien Supérieur de Recherche - Cnr Mycologie H/F INSTITUT PASTEUR

?? Au sein du CNR Mycoses invasives et antifongiques, l'objectif est de participer à la surveillance de l'émergence de la résistance aux azolés chez certaines espèces impliquées en pathologie humaine.

?? Vos missions:

L'activité principale de l'alternant consistera à déterminer le profil de sensibilité aux antifongiques systémiques de trois espèces fréquemment responsables d'infection fongique invasive chez l'homme, à partir d'isolats cliniques envoyés par des centres hospitaliers sur une période définie, afin de surveiller la proportion d'isolats résistants. Pour certains isolats, une analyse moléculaire sera également effectuée afin d'étudier les mécanismes de résistance.

1. Identification par MALDI-Tof :
- Repiquage des souches sur boite de culture
- Extraction protéique
- Détermination des spectres protéiques par technique MALDI-TOf (Bruker, Sirius)
2. Détermination du profil de sensibilité aux antifongiques selon la technique standardisée en milieu liquide EUCAST :
- Repiquage des souches
- Préparation de l'inoculum (compteur de cellules LUNA et observation microscopique)
- Distribution de l'inoculum dans les plaques contenant les solutions antifongiques à testées, préparées au CNRMA et conservées à -20°C :
o Les antifongiques à tester pour N. glabratus et C. parapsilosis sont : flucytosine, fluconazole, voriconazole, posaconazole, isavuconazole, amphotéricine B, caspofungine, micafungin
o Les antifongiques à tester pour A. fumigatus sont :itraconazole, voriconazole, posaconazole, isavuconazole, amphotéricine B, caspofungine, micafungin, olorofim
- Lecture des plaques avec le spectromètre TECAN
- Analyse des résultats (excel)
3. Séquençage de la région codante du gène ERG11/CYP51pour les isolats résistants aux azolés
- Extraction d'ADN génomique par technique utilisée en routine au CNRMA
- Dosage de l'ADN
- PCR point final
- Migration des produits de PCR par électrophorèse sur gel d'agarose
- Envoi des produits de PCR
- Analyse de séquences obtenues (Geneious)
- Détermination des séquences protéiques pour rechercher les mutations
4. Participation à la préparation des plaques 96 puits contenant les solutions d'antifongiques