Ingénieur Biologiste en Traitement de Données H/F

CNRS

L'ingénieur-e d'études sera en charge de la conception originale, de la mise à disposition et de l'utilisation d'outils d'analyse d'images spécialement dédiés à l'imagerie dynamique in vivo réalisée sur la plateforme IPAM-Biocampus intégrée dans le Noeud montpelliérain de l'infrastructure nationale FranceBioimaging. Cette mission inclura également des outils de modélisation préclinique des résultats.
L'ingénieur-e d'études mettra en oeuvre des protocoles d'analyse d'images adaptés à chaque projet dans le cadre de la démarche qualité de la plateforme IPAM certifiée ISO 9001.

L'ingénieur-e d'études conseillera les utilisateurs de la plateforme concernant le choix et l'utilisation d'outils d'analyse des images. Il/elle sera en charge de la formation d'étudiants à l'utilisation de ces outils, de l'accompagnement des utilisateurs et du suivi des projets dans le cadre de prestations d'analyse qui seront proposées par la plateforme.

L'ingénieur-e d'études contribuera à la mise en service et à l'installation des équipements de microscopie de la plateforme d'imagerie du petit animal de Montpellier, et plus particulièrement à la mise en service du système d'imagerie confocale IVIM.

Activités
1/ Analyser les besoins scientifiques et technologiques de la communauté scientifique (académique et privée) dans le domaine de l'analyse d'imagerie cellulaire dynamique in vivo et réaliser les développements permettant de répondre à ces besoins.
2/ Développer/adapter des outils d'analyse d'images et de modélisation spécifiques des organoïdes in vivo
3/ Transférer ces développements en prestations afin de répondre aux besoins des utilisateurs locaux, nationaux et internationaux de la plateforme IPAM
4/ Assurer l'accompagnement des utilisateurs de la plateforme (chercheurs, ingénieurs ou étudiants français et étrangers).
5/ Mettre en oeuvre les protocoles d'analyse d'images adaptés à chaque projet, l'interprétation et la mise en forme des résultats dans le cadre de la démarche qualité de la plateforme IPAM certifiée ISO 9001.
6/ Assurer la traçabilité et la valorisation des projets menés sur la plateforme.
7/ Assurer l'évolution technologique et l'entretien des équipements de la plateforme IPAM.
8/ Assurer une veille technologique dans son domaine de compétences.
9/ Contribuer à la démarche qualité de la plateforme.

Compétences
I-Connaissances : 1/ Connaissances en langages de programmation (e.g. Python, Java, MATLAB...)
2/ Connaissances en analyse d'images (e.g. FIJI, Imaris, Huygens,...)
3/ Connaissance des techniques de présentation orales et écrites.
4/ Connaissances en optique appliquée aux techniques d'imagerie.
5/ Connaissance de la norme ISO 9001.
6/ Maîtrise de l'anglais scientifique.

II- Compétences opérationnelles/savoir-faire :
1/ Maîtriser l'utilisation et l'écriture « à façon » de logiciels d'analyse d'images et de modélisation.
2/ Maîtriser les procédures qualité.
3/ Savoir animer une réunion.
4/ Maîtriser l'utilisation de microscopes optiques à fluorescence

III- Compétences comportementales/aptitudes :
1/ Sens de l'observation et de l'analyse.
2/ Force de proposition.
3/ Capacité à travailler en équipe.
4/ Sens de l'organisation.
5/ Adaptabilité.
6/ Capacité à transmettre son savoir et ses connaissances.

Contexte de travail

IPAM (Imagerie Préclinique Appliquée de Montpellier) est une plateforme technologique spécialisée dans l'imagerie préclinique en temps réel sur petit animal vivant (rongeurs, poissons zèbres, drosophiles). Elle offre des solutions d'imagerie multimodale et longitudinale grâce à trois plateaux techniques complémentaires, répondant aux besoins de recherche en biologie, pharmacologie, oncologie, neurosciences et cardiologie.
Le poste est rattaché au plateau d'imagerie IPAM-IGF, localisé à l'Institut de Génomique Fonctionnelle de Montpellier et spécialisé dans les prestations d'imagerie intravitale dynamique par microscopie de fluorescence, notamment l'imagerie des signaux calciques et hémodynamiques
IPAM (Imagerie Préclinique Appliquée de Montpellier) est une plateforme technologique spécialisée dans l'imagerie préclinique en temps réel sur petit animal vivant (rongeurs, poissons zèbres, drosophiles). Elle offre des solutions d'imagerie multimodale et longitudinale grâce à trois plateaux techniques complémentaires, répondant aux besoins de recherche en biologie, pharmacologie, oncologie, neurosciences et cardiologie.
Le poste est rattaché au plateau d'imagerie IPAM-IGF, localisé à l'Institut de Génomique Fonctionnelle de Montpellier et spécialisé dans les prestations d'imagerie intravitale dynamique par microscopie de fluorescence, notamment l'imagerie des signaux calciques et hémodynamiques

Contraintes et risques

- Station assise prolongée
- Travail sur écran
- Manipulation d'instruments de précision
- Rayonnement lasers : port d'EPI obligatoires
- Station assise prolongée
- Travail sur écran
- Manipulation d'instruments de précision
- Rayonnement lasers : port d'EPI obligatoires