Ingénieur de Recherche Bio-Informaticien en Génomique Comparative Réf. Scsi15 H/F

Sorbonne Université – Faculté des Sciences et Ingénierie

Connaissances :

- Connaissances théorique en génétique et biologie moléculaire
- Connaissances théorique en Génomique comparée
- Interprétation et mise en forme des résultats obtenus (publication)
- Maîtrise des langages de programmation (Bash, Python, R), des outils de gestion de code et d'environnements logiciels (Gitlab, Conda, cluster de calcul de type HPC, etc.), ainsi que des outils d'interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (moteur de workflows)

Compétences métiers :

- Compétences en l'analyse de données DNA-seq et RNA-seq.
- Compétences en assemblage de novo de haute qualité de génomes d'eucaryotes (données HiFi PacBio, Short reads, cartes de liaison RADseq)
- Compétences en annotation structurale et fonctionnelle de génomes eucaryotes
- Compétences en analyses phylogénétiques et évolutives de familles de gènes

Compétences relationnelles :

- Compétences linguistiques : très bon niveau d'anglais et compétences en communication
- Capacité à travailler de manière autonome, à communiquer et à travailler en équipe
- Le/la candidat-e doit être très motivé-e, curieux/curieuse et enthousiaste à l'idée de travailler dans une équipe collaborative, avec des échanges étroits avec les bio-informaticiens et analystes d'ABiMS et les équipes de recherche de l'ANR Sexisol (en particulier en soutien aux doctorants / post-doctorants du consortium).

Structure d'affectation (composante/direction/service) :

La personne recrutée travaillera au sein de la plate-forme de bioinformatique et d'analyse ABiMS et en collaboration avec le consortium ANR Sexisol piloté au sein de l'UMR 7144 à Roscoff.

ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/) est une plate-forme de bioinformatique intégrée à l'institut français de bioinformatique travaillant en étroite collaboration avec plusieurs groupes de recherche au sein de la station biologique ainsi que des collaborateurs externes. Elle fournit son expertise en analyse de données et développements logiciels , des outils et une infrastructure informatique performante permettant d'assurer un environnement efficace pour une recherche intégrée.

Lieu d'affectation (campus...) :

La Station Biologique de Roscoff (SBR) est un centre de recherche en biologie marine et océanologie (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). Il est situé dans la ville de Roscoff sur la côte nord de la Bretagne, à environ 60 km à l'Est de Brest. Le personnel du SBR comprend environ 300 employés dont 150 permanents.