Stage M2 Data Analyse Environnementale Réseaux d'Observation Conchylicoles H/F Ifremer

Date de clôture de réception des candidatures : 06/11/2025

Le Laboratoire Environnement Ressources de Normandie (LER/N) et le Laboratoire Environnement Ressources d'Occitanie appartiennent tous deux à l'Unité COAST (Observation et écologie de la restauration des écosystèmes littoraux) (https://coast.ifremer.fr/) du Département Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes (ODE) de l'Ifremer. Ils sont implantés respectivement sur les sites de Port en Bessin et de Sète. Leur activité se décline suivant trois axes : (i) la surveillance et l'observation de la qualité des eaux et des habitats ; (ii) l'expertise auprès des collectivités territoriales, des organismes publics et des structures professionnelles et l'émission d'avis auprès des ministères et services déconcentrés ; (iii) la recherche en réponse directe à des enjeux sociaux et économiques, à une échelle régionale, nationale et internationale.

Le secteur conchylicole (huîtres et moules) est important en France, tant économiquement (environ 150 000 tonnes de coquillages produits en 2023) que culturellement. Fragile mais résiliente, la filière de productions montre sa capacité à se remettre d'épisodes difficiles (mortalités, crises sanitaires) mais reste exposée à beaucoup de contraintes internes (renouvellement générationnel, usage du littoral) et de contraintes externes (qualité de l'eau, réglementation, climat, pollution). Le défi majeur de ce secteur réside dans la durabilité de son exercice dans le futur. L'amélioration des réseaux de surveillance est aujourd'hui un des opportunités offertes par l'innovation et la recherche.

En concertation avec le Bureau Aquaculture de la Direction Générale des Affaires Maritimes, de la Pêche et de l'Aquaculture (BAQUA-DGAMPA), l'Ifremer, en partenariat avec les centres techniques et acteurs régionaux, s'engage dans une démarche pluriannuelle concertée (projet IOBEX) sur l'évolution des réseaux ECOSCOPA et MYTILOBS dédiés respectivement aux huîtres creuses et aux moules en élevage. À terme, cette démarche veut optimiser l'usage des outils de surveillance existants, en faisant converger les réseaux locaux, régionaux et nationaux, afin de construire un dispositif de suivi plus collectif, harmonisé, homogénéisé, voire si possible unifié. L'objectif est de soutenir la gestion des écosystèmes conchylicoles par les services de l'État, en favorisant une approche intégrée et durable. Le projet IOBEX est constitué de 3 sous-actions : la première sous-action consiste à réaliser une cartographie des dispositifs de surveillances conchylicoles existants, la deuxième sous-action vise à évaluer l'interopérabilité des données acquises par les différents opérateurs et la troisième à proposer des scenarios d'évolution des dispositifs d'observations.

Au sein du Département Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes et de l'Unité COAST, le stage se déroulera à l'Ifremer Port-en-Bessin-Huppain sous la responsabilité hiérarchique du Responsable du Laboratoire Environnement et Ressources de Normandie (LER/N). L'encadrement sera sous la responsabilité de Julien Normand (LER/N, Station Ifremer de Port-en-Bessin) et Franck Lagarde (LER/OC, Station Ifremer/Marbec de Sète), coordinateurs des réseaux MYTILOBS et ECOSCOPA.

Missions principales :

En général, la définition d'une stratégie d'observation doit tenir compte de la variabilité spatiale et temporelle des paramètres étudiés. La taille de l'échantillon doit ainsi être d'autant plus grande que la variance rencontrée dans la population étudiée est élevée, afin de permettre des inférences à l'échelle de celle-ci. La cartographie des réseaux réalisée dans IOBEX a permis d'identifier, pour des paramètres similaires tels que la croissance, la survie, la reproduction, différentes méthodes d'estimation basées sur des tailles d'échantillons différentes.

Les travaux menés dans le cadre de ce stage visent in fine à optimiser les stratégies d'échantillonnage qui seront proposées dans un futur dispositif d'observation national. Concrètement, le / la stagiaire devra collecter et harmoniser différents jeux de données, acquis à différentes échelles (locales, régionales, nationales) pour un petit nombre d'espèces (huître creuse, huître plate, moule) et de paramètres (mortalité, croissance, succès du recrutement, etc.). Il s'agira ensuite d'employer des approches fondées sur les statistiques inférentielles (modèles mixtes [Bolker et al., 2009] et inférences multi-modèles [Yang, 2003]) pour modéliser la structure de la variance-covariance, investiguer les sources de celle-ci et identifier les échelles d'observation les plus pertinentes.

Ces travaux seront complétés par de nombreux échanges avec les producteurs de données et une participation active aux sorties dédiées aux échantillonnages sur le terrain, afin d'enrichir et orienter la démarche analytique grâce à l'expertise empirique des conchyliculteurs et des opérateurs-terrain. Si les résultats le permettent, ils donneront lieu à une valorisation académique, sous la forme d'une publication scientifique.

Bolker, B. M., Brooks, M. E., Clark, C. J., Geange, S. W., Poulsen, J. R., Stevens, M. H. H., & White, J. S. S. (2009). Generalized linear mixed models: a practical guide for ecology and evolution. Trends in ecology & evolution, 24(3), 127-135.

Lagarde F., Petton S., Fleury E., Pouvreau S. (2025). Observatoire national du cycle de vie de l'huître creuse en France - Rapport annuel ECOSCOPA 2024. Ref. RST ODE/COAST/LEROC/25.11. Convention DPMA 2024 - IFREMER. 68p. Ifremer. https://doi.org/10.13155/107581

Normand J., Louis W. (2024). MYTILOBS Campagne 2022-2023, Réseau d'observation des moules d'élevage sur la côte Atlantique et dans la Manche. Edition 2024. RST ODE/UL/LERN/2024-01. https://archimer.ifremer.fr/doc/00900/101192/

Yang, Y. (2003). Regression with multiple candidate models: selecting or mixing? Statistica Sinica, 13, 783-810.

Activités principales :

Collecte et harmonisation des jeux de données, rencontre avec les producteurs de données pour renseignement des métadonnées, modélisation statistique, rédaction scientifique. Travail occasionnel en mer (embarquements côtiers) et sur estran.

Champ relationnel :

En interne : Laboratoire Environnement Ressources Occitanie (LER-OC)

En externe : Comités Régionaux Conchylicoles, Centres Techniques Conchylicoles (SMEL, SMIDAP, CAPENA, CEPRALMAR)