Ingénieur de Recherche en Bioinformatique H/F CNRS

La personne recrutée aura pour mission de développer des stratégies d'analyse non morphologiques à l'échelle cellulaire / population cellulaire dans les domaines de l'analyse en cellules uniques (scRNASeq) et transcriptomique spatiale.
Activités
Activités principales :
i) Analyser les données issues de travaux de recherche dans différents domaines des biothérapies (évaluation des facteurs prédictifs de l'efficacité et des mécanismes biologiques de régénération, contrôle qualité de bio production), ii) Développer de nouveaux modèles informatiques adaptés aux analyses de données de multiomiques en cellules uniques et spatialisées (scRNASeq, spatial transcriptomique et protéomique), iii) Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications et présentations orales, iv) Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité.

Activités associées :
i) Savoir synthétiser ses résultats de recherche et le présenter à ses collègues, ii) Savoir mettre en forme et synthétiser ses résultats dans le but de les diffuser (grand public, journaux scientifiques, congrès, nationaux et internationaux), iii) Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats, iv) Coordination et planification des différentes phases d'un projet de recherche, participation à l'encadrement de stagiaires et à l'accompagnement méthodologique des différents projets de l'équipe.

Compétences
- Connaissances approfondies en bio-informatique (R et python)
- Connaissance en base de données (utilisation des SGBD)
- Connaissance des règles d'hygiène et de sécurité
- Excellente communication, rédaction, transmission de savoir-faire technique, rigueur, organisation et autonomie
- Anglais : compréhension orale (niveau I), compréhension écrite (niveau II).

Contexte de travail

Le contexte global du projet OPTI-STEM s'inscrit le Programme d'Investissement d'Avenir qui a pour objectif de soutenir des stratégies d'accélération des Biothérapies et Bioproduction de thérapies innovantes, constituant des solutions thérapeutiques d'avenir pour les patients. Le projet OPTI-STEM a pour objectif principal de rendre accessible au plus grand nombre de patients la thérapie cellulaire basée sur l'utilisation de cellules stromales mésenchymateuses dérivées des tissus adipeux (ASC), en facilitant l'accès au marché, en augmentant les rendements tout en maîtrisant les coûts de production et en garantissant la sécurité et l'efficacité du biomédicament produit. La stratégie repose sur un processus de bioproduction établi qui sera amélioré par une approche de biologie des systèmes dans laquelle des investigations complètes seront couplées à une modélisation afin d'identifier les déterminants clés pour optimiser et maximiser les rendements de production des cellules tout en maintenant la fonctionnalité cellulaire attendue. Ainsi le projet OPTI-STEM vise à optimiser la production de lots d'ASC afin d'en démocratiser l'accès et ainsi permettre la diversification des applications thérapeutiques de ce type de cellules et de leurs dérivés (exosomes, etc.).
Le contexte global du projet OPTI-STEM s'inscrit le Programme d'Investissement d'Avenir qui a pour objectif de soutenir des stratégies d'accélération des Biothérapies et Bioproduction de thérapies innovantes, constituant des solutions thérapeutiques d'avenir pour les patients. Le projet OPTI-STEM a pour objectif principal de rendre accessible au plus grand nombre de patients la thérapie cellulaire basée sur l'utilisation de cellules stromales mésenchymateuses dérivées des tissus adipeux (ASC), en facilitant l'accès au marché, en augmentant les rendements tout en maîtrisant les coûts de production et en garantissant la sécurité et l'efficacité du biomédicament produit. La stratégie repose sur un processus de bioproduction établi qui sera amélioré par une approche de biologie des systèmes dans laquelle des investigations complètes seront couplées à une modélisation afin d'identifier les déterminants clés pour optimiser et maximiser les rendements de production des cellules tout en maintenant la fonctionnalité cellulaire attendue. Ainsi le projet OPTI-STEM vise à optimiser la production de lots d'ASC afin d'en démocratiser l'accès et ainsi permettre la diversification des applications thérapeutiques de ce type de cellules et de leurs dérivés (exosomes, etc.).
Contraintes et risques

La personne peut être amenée à se déplacer dans plusieurs instituts ou laboratoires, tels que les sites RESTORE (Campus Oncopole et Faculté de chirurgie Dentaire à Rangueil) pour assister à des formations, acquérir de nouvelles techniques et compétences.
La personne peut être amenée à se déplacer dans plusieurs instituts ou laboratoires, tels que les sites RESTORE (Campus Oncopole et Faculté de chirurgie Dentaire à Rangueil) pour assister à des formations, acquérir de nouvelles techniques et compétences.