Chercheur en Biochimie - Biologie de l'Arn H/F CNRS

Le/la chercheur-e aura comme principaux objectifs de :
- Cartographier les sites de terminaison de la transcription Rho-dépendante (TTRD) au sein du génome de la bactérie pathogène Helicobacter Pylori, à l'aide d'une approche de criblage biochimique (Helicase-SELEX) développée par l'équipe d'accueil (PMID : 36095194 ; PMID : 40808302).
- Exploiter les données Helicase-SELEX pour identifier des sites TTRD représentatifs, ou particulièrement intéressants du fait de leur positionnement dans le génome, et contribuer à les valider par des approches in vitro (la validation in vivo étant assurée par des collaborateurs externes).

Activités
- Mettre en place des plans d'expériences pour mener ce projet, en concertation avec le responsable d'équipe ;
- Réaliser les expériences Helicase-SELEX sur une plateforme automatique de pipetage (TECAN) qui a été customisée à cet effet ;
- Réaliser des expériences in vitro de caractérisation enzymatique (mesures d'activités ATPase, hélicase et de terminaison de la transcription ; mesures d'affinité) ;
- Préparer et purifier les protéines, ADN, et ARN nécessaires à la conduite des expériences Helicase-SELEX et de caractérisation enzymatique ;
- Contribuer à l'analyse bio-informatique des données Helicase-SELEX ;

- Participer aux réflexions sur le déroulement du projet avec les autres participants (équipe et collaborateurs externes) ;
- Analyser et mettre en forme les résultats ;
- Participer à la rédaction des publications et à la présentation des résultats obtenus (congrès).

Compétences
- Connaissances approfondies en préparation et manipulation d'échantillons ARN « froids » et radio-marqués au Phosphore-32 (P32) ;
- Connaissances approfondies de biologie moléculaire (transcription in vitro, marquage P32, PCR et RT-PCR, etc.), de biochimie (caractérisations enzymatiques) et des principales techniques séparatives (électrophorèse sur gel, FPLC) dédiées à l'étude des ARN et des protéines interagissant avec l'ARN ;
- Connaissance des techniques d'expression et de purification des protéines ;
- Connaissances en microbiologie (régulation des gènes) et/ou bio-informatique (NGS) ;
- Connaissance des robots de pipetage TECAN (optionnel) ;
- Aptitude à communiquer, à s'organiser, à travailler en équipe mais aussi en autonomie ;
- Rigueur et motivation ;
- Savoir assurer la traçabilité des données traitées et la reproductibilité des analyses réalisées ;
- Capacité à diffuser ses résultats scientifiques par écrit et par oral.

Contexte de travail

Au CNRS, au sein du Centre de biophysique moléculaire - CBM (http://cbm.cnrs-orleans.fr/) basé à Orléans, un poste de chercheur-e est ouvert dans l'équipe « Remodelage de l'ARN : facteurs et mécanismes ». Sous la responsabilité hiérarchique du responsable d'équipe, le/la chercheur-e conduira le volet « biologie moléculaire et biochimie » d'un projet collaboratif impliquant des équipes de Bordeaux (microbiologie, transcriptomique) et Strasbourg (biologie structurale), dédié à l'élucidation des cibles et mécanismes de la terminaison de la transcription Rho-dépendante chez Helicobacter pylori et financé par l'Agence Nationale de la Recherche. Il/Elle interagira avec ces collaborateurs externes et les autres membres de l'équipe au CBM (1 ingénieur de recherche, 1 ingénieur d'étude, 2 doctorants). Il/Elle aura accès aux équipements performants de l'équipe ainsi qu'aux diverses plateformes du CBM (spectroscopie optique, microscopie, spectrométrie de masse).

Temps de travail : 38h30 hebdomadaire, congés annuels 44 jours par an, accès à un restaurant administratif sur site, participation de l'employeur à hauteur de 15 € par mois à la complémentaire santé sous conditions et à hauteur de 75 % pour l'abonnement aux transports en commun, forfait mobilité durable, activités sportives organisées par le comité local d'action social etc.
Au CNRS, au sein du Centre de biophysique moléculaire - CBM (http://cbm.cnrs-orleans.fr/) basé à Orléans, un poste de chercheur-e est ouvert dans l'équipe « Remodelage de l'ARN : facteurs et mécanismes ». Sous la responsabilité hiérarchique du responsable d'équipe, le/la chercheur-e conduira le volet « biologie moléculaire et biochimie » d'un projet collaboratif impliquant des équipes de Bordeaux (microbiologie, transcriptomique) et Strasbourg (biologie structurale), dédié à l'élucidation des cibles et mécanismes de la terminaison de la transcription Rho-dépendante chez Helicobacter pylori et financé par l'Agence Nationale de la Recherche. Il/Elle interagira avec ces collaborateurs externes et les autres membres de l'équipe au CBM (1 ingénieur de recherche, 1 ingénieur d'étude, 2 doctorants). Il/Elle aura accès aux équipements performants de l'équipe ainsi qu'aux diverses plateformes du CBM (spectroscopie optique, microscopie, spectrométrie de masse).

Temps de travail : 38h30 hebdomadaire, congés annuels 44 jours par an, accès à un restaurant administratif sur site, participation de l'employeur à hauteur de 15 € par mois à la complémentaire santé sous conditions et à hauteur de 75 % pour l'abonnement aux transports en commun, forfait mobilité durable, activités sportives organisées par le comité local d'action social etc.
Contraintes et risques

Manipulation d'échantillons radiomarqués au P32 suivant la réglementation en vigueur
Manipulation d'échantillons radiomarqués au P32 suivant la réglementation en vigueur