Bio-Informaticien Maladies Rares - Pôle Biologie et Pathologie H/F

Fédération Hospitalière de France

Descriptif Descriptif du poste :

La Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation (DRCI) du CHU de Bordeaux a pour mission de mettre en uvre la politique relative aux maladies rares au CHU de Bordeaux et de piloter les centres de référence et de compétence.
Les centres de référence maladies rares assurent un rôle d'expertise et de recours au niveau national et régional, et répondent à une composition pluridisciplinaire, associant des équipes médicales hautement spécialisées. Ils permettent aux patients de bénéficier d'une prise en charge globale et graduée sur le territoire, bénéficiant tant de soins de proximité en lien avec les médecins de ville que de soins de recours.
L'ensemble des 83 centres de référence et des centres de compétence maladies rares du CHU de Bordeaux est regroupé en une instance, la Fédération Maladies rares.
Le CHU de Bordeaux a obtenu fin 2019 une plateforme d'expertise maladies rares (PEMR BexMaRa) qui est une ressource d'appui aux centres maladies rares sur des projets transversaux: la Transition enfant-adulte, l'Education Thérapeutique, la coordination du diagnostic génétique, la saisie Bamara, le soutien à la recherche et l'appui administratif et financier, la communication.
Le partage d'expertise, la mutualisation des connaissances, des compétences et des ressources sont au cur de ce projet pour mieux connaître et mieux traiter les maladies rares dans leur diversité afin de proposer plusieurs types d'aides aux centres maladies rares.
La Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation (DRCI) du CHU de Bordeaux recrute un(e) ingénieur(e) bioinformaticien(ne) pour participer à des projets de recherche clinique dans le domaine des maladies rares. Le candidat rejoindra le plateau technique de biologie moléculaire, et contribuera activement à des études innovantes dans ce domaine.
Le candidat se formera à l'analyse de données issues de technologies avancées telles que le séquençage NGS long read, le Whole Genome ou encore le RNA-seq, selon le besoin des projets.
En collaboration avec 5 bioinformaticiens expérimentés, dédiés à l'analyse de données de séquençage à haut débit provenant d'échantillons dans le cadre sanitaire, et participant à des projets de recherche clinique, il bénéficiera des outils et pipelines existants, tout en ayant l'opportunité de développer et d'optimiser de nouvelles approches bioinformatiques adaptées aux besoins des projets. Le candidat pourra être sollicité pour renforcer l'équipe en place si nécessaire.
Il travaillera également en étroite interaction avec des biologistes, cliniciens et chercheurs, répondant aux exigences spécifiques des projets. Il participera également à des recherches ayant des applications concrètes en santé publique.
Le candidat devra faire preuve de rigueur, de créativité et de force de proposition pour relever les défis de ce poste exigeant mais porteur de sens. En rejoignant le CHU de Bordeaux, il aura l'opportunité de contribuer à des projets d'envergure nationale et internationale, tout en évoluant dans un environnement stimulant et un domaine en pleine expansion.
Missions :
Participer à l'élaboration et l'écriture de projets de recherche clinique dans le domaine des maladies rares.
Développements en lien avec les projets de recherche.
Explorer les données OMICS: Développer les pipelines bioinformatiques et logiciels nécessaires au traitement des données NGS.
Gérer les bases de données en lien avec les projets et créer des outils pour la visualisation et l'intégration des données multi-omiques.
Assurer une veille technologique sur les méthodes bioinformatiques et les nouvelles technologies.
Contribuer à la rédaction de publications scientifiques et à la diffusion des résultats.
Collaborer avec les bioinformaticiens, les biologistes, les cliniciens et les équipes techniques.
Principales conditions particulières d'exercice
Travail sur écran prolongé ( à 4h)

Profil recherché :

· Formation Bac +5 ou plus en bioinformatique.
· Maîtrise des systèmes Linux et compétences avancées en programmation (Python, R, Bash).
· Expérience en analyse de données NGS souhaitée.
· Compétences en création et gestion de bases de données (SQL).
· Esprit d'initiative, capacité d'adaptation et rigueur scientifique.
· Maîtrise de l'anglais.