CDD Chercheur en Micropaléontologie Quantitative H/F CNRS

Détail du poste

La personne recrutée contribuera au Work Package 1 du projet ANR BioIndicIA, qui vise à développer des outils automatisés d'imagerie et d'analyse pour deux groupes bioindicatifs : les diatomées continentales et les foraminifères benthiques. Elle participera à l'optimisation des protocoles de préparation et d'imagerie, au traitement automatisé des données, ainsi qu'à l'analyse quantitative et statistique des assemblages de microfossiles.
Activités
Le candidat sera en charge de :

- Préparer et traiter des sédiments ou substrats pour l'extraction de microfossiles
- Mettre au point et tester des protocoles de préparations (tamisage, séparation densimétrique, montage de lames, nettoyage chimique)
- Réaliser l'acquisition automatisée d'images à l'aide des équipements de la plateforme MANTA (microscopes à platine motorisée, robot MiSo, scanner SASHIMI).
- Traiter les images obtenues (prétraitement, segmentation, classification automatique)
- Analyser statistiquement les assemblages (diversité, indicateurs écologiques).
- Rédiger des protocoles, des rapports techniques et, le cas échéant, contribuer à la rédaction d'articles scientifiques.
Compétences
- Langage pour traitement des données (R, Python,...)
- Connaissances en microscopie
o Risques professionnels éventuels : Manipulation ponctuelle de produits chimiques courants (eau oxygénée, acides dilués). Respect strict des consignes de sécurité.
o Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité éventuelle
o Langue anglaise : Niveau courant exigé (rédaction scientifique, participation à des réunions internationales)
o Langue française : Niveau minimum requis pour l'intégration dans l'équipe et la vie quotidienne
o Progiciels du CNRS (Nautilus, Agate)

- Compétences opérationnelles
o Autonomie, rigueur et sens de l'organisation
o Capacité à travailler en interaction avec plusieurs partenaires
o Connaissances informatiques générales (bureautique, gestion de fichiers image, scripts de traitement)
o Motivation pour l'expérimentation, l'apprentissage de nouveaux outils et le travail interdisciplinaire
Contexte de travail

Le CEREGE est situé sur le plateau du Petit Arbois, Technopole Environnement Arbois - Méditerranée, Avenue Louis Philibert, Les Milles-Aix en Provence
La personne recrutée intégrera l'équipe du CEREGE et travaillera en concertation avec l'équipe impliquée dans le projet ANR BioIndicIA, avec en particulier les personnels de la plateforme MANTA de l'équipe Climat ; mais aussi les autres membres du consortium notamment à Angers (LPG BIAF), et à Metz (LIEC).
Des déplacements ponctuels pour des réunions de consortium ou campagnes d'échantillonnage sont à prévoir (frais pris en charge dans le cadre du projet).