Single Cell Multi-Omics Bioinformatician - DevOps M - F H/F Adoc Talent Management

Détail du poste

For French, see bellow !

Company

Adoc Talent Management is recruiting for its client, a startup revolutionizing in silico drug discovery and target identification by building a digital twin of the cell. Combining AI, systems biology, and single-cell multi-omics, the deeptech venture aims to model cell behavior and identify optimal molecular targets to reverse disease states.

Their approach drastically improves the current drug discovery process-where only 1 in 10,000 targets reaches the market-by enabling large-scale, precise measurement of cellular activity. A key pillar of this vision is the development of the largest omics database, or omics atlas, mapping molecular cell states across tissues and diseases. This effort relies on robust data pipelines, which are central to the team's success.

Backed by leading pharmaceutical partners and top academic labs, and following a successful funding round, the company is expanding its team.

Position

As a Single Cell Multi-Omics Bioinformatician with a DEVOPS mindset, you will help shape the data infrastructure that powers the company's core platform. You will design, develop, and maintain scalable pipelines for processing large-scale single-cell multi-omics data (transcriptomics, epigenomics, proteomics, metabolomics).

You will work closely with AI researchers, systems biologists, and drug discovery scientists to ensure reliable and reproducible data workflows that fuel both internal R&D and external collaborations.

Responsibilities :
- Implement and optimize pipelines using Snakemake or Nextflow
- Maintain internal libraries and containerized environments (Docker, Singularity)
- Conduct primary bioinformatics analyses (QC, alignment, clustering, differential expression...)
- Standardize data inputs for integration with deep learning models
- Evaluate and integrate state-of-the-art single-cell/multi-omics tools
- Create dashboards and support data interpretation

This position offers high autonomy, scientific challenge, and the opportunity to publish and collaborate internationally. IT can BE based in Paris, elsewhere in France, or internationally (remote-friendly).

Requirements
- PhD or MSc in Bioinformatics, with specialization in single-cell multi-omics
- Strong experience in DEVOPS for bioinformatics
- Excellent programming skills : Python, R, Dash, Bash/Shell
- Familiarity with the full data lifecycle : extraction, processing, analysis, software engineering
- Proficiency with Snakemake and/or Nextflow
- Rigorous coding practices (documentation, versioning, reproducibility)
- Experience with QC, alignment, and analysis tools for single-cell data is a plus
- Strong communication skills and team spirit in a multidisciplinary, startup environment
- Fluent in English (French is a plus)

You areagile and autonomous, and able to quickly take ownership of the exploration, extraction (scraping), processing, and secondary analysis of single-cell multi-omics data from various sources and of different natures (e.g., spatial transcriptomics, metabolomics, etc.).

You have already demonstrated your ability to leverage state-of-the-art methods and tools, using various frameworks, agent-based approaches, or even LLMs to enrich and structure metadata.

Finally, you show a strong entrepreneurial mindset and are able to quickly deliver a proof of concept (POC), which you can iteratively improve with rigor and creativity.

Application

Join a dynamic, international team (10+ nationalities, >80% PhDs) in a remote-first company shaping the future of digital biology. Your contributions will directly impact next-generation drug discovery.

To apply, send your CV, list of publications, GitHub, motivation letter and salary expectations to Adoc Talent Management without delay !

Bioinformaticien·ne Single Cell Multi-Omics / DEVOPS (H/F)

L'entreprise

Adoc Talent Management recrute pour le compte de son client, une startup deeptech qui révolutionne la découverte de médicaments et l'identification de cibles thérapeutiques in silico grâce à la création d'un jumeau numérique de la cellule. En combinant intelligence artificielle, biologie des systèmes et analyse multi-omique unicellulaire, cette entreprise ambitionne de modéliser le comportement cellulaire pour identifier les cibles moléculaires optimales capables d'inverser un état pathologique.

Son approche améliore radicalement les méthodes actuelles de drug discovery - où seulement 1 cible sur 10 000 aboutit à un traitement - en permettant une mesure à grande échelle et précise de l'activité cellulaire. L'un des piliers de cette stratégie repose sur la création de la plus grande base de données omique, ou atlas omique, cartographiant les états moléculaires cellulaires à travers tissus et maladies. Le bon fonctionnement de cette infrastructure repose sur des pipelines de données robustes, essentiels à la réussite de l'équipe.

Soutenue par des partenaires pharmaceutiques de premier plan et des laboratoires académiques d'excellence, la société poursuit son développement après une levée de fonds réussie.

Le poste

En tant que bioinformaticien·ne spécialisé·e en Single Cell Multi-Omics avec une forte sensibilité DEVOPS, vous contribuerez à façonner l'infrastructure de données au coeur de la plateforme technologique de l'entreprise. Vous serez chargé·e de concevoir, développer et maintenir des pipelines évolutifs pour le traitement de données multi-omiques à grande échelle (transcriptomique, épigénomique, protéomique, métabolomique).

Vous collaborerez étroitement avec des chercheurs en intelligence artificielle, des biologistes des systèmes et des experts en drug discovery afin de garantir la fiabilité, la reproductibilité et l'efficacité des flux de données utilisés en R&D interne et dans les collaborations externes.

Vos missions :
- Implémenter et optimiser des pipelines avec Snakemake ou Nextflow
- Maintenir des bibliothèques internes et des environnements conteneurisés (Docker, Singularity)
- Réaliser des analyses bioinformatiques primaires (QC, alignement, clustering, expression différentielle...)
- Standardiser les entrées de données pour une intégration fluide dans les modèles de deep learning
- Intégrer et évaluer les outils bioinformatiques de pointe en single-cell/multi-omics
- Créer des dashboards et accompagner l'interprétation des résultats

Ce poste offre une grande autonomie, des défis scientifiques stimulants, et des opportunités de publication et de collaboration à l'international. Il peut être basé à Paris, ailleurs en France ou à l'international (possibilité de télétravail).

Profil recherché
- Doctorat ou Master en bioinformatique, avec une spécialisation en single-cell multi-omics
- Expérience confirmée en DEVOPS appliqué à la bioinformatique
- Excellente maîtrise de Python, R, Dash, Bash/Shell
- Connaissance complète du cycle de vie des données : extraction, traitement, analyse, ingénierie logicielle
- Maîtrise de Snakemake et/ou Nextflow
- Bonnes pratiques de développement : documentation, versioning, reproductibilité
- Une expérience avec les outils d'analyse QC, d'alignement et de single-cell est un plus
- Excellentes compétences en communication, esprit d'équipe et goût pour le travail multidisciplinaire en contexte startup
- Maîtrise de l'anglais (le français est un atout)

Vous êtes agile et autonome, et êtes capable de prendre en main rapidement l'exploration, l'extraction (scraping), le traitement et l'analyse secondaire de données single-cell multi-omics de natures et de sources variées (spatial transcriptomics, métabolomique, etc.).

Vous avez déjà démontré votre capacité à mobiliser des méthodes et outils à l'état de l'art, en utilisant des frameworks variés, des approches agentiques, ou encore des LLMs pour enrichir et structurer les métadonnées.

Enfin, vous faites preuve d'un véritable esprit entrepreneurial et savez livrer rapidement un POC, que vous êtes capable d'améliorer de façon itérative, avec rigueur et créativité.

Candidature

Rejoignez une équipe dynamique et internationale (10+ nationalités, >80 % titulaires d'un doctorat) dans une entreprise remote-first qui façonne l'avenir de la biologie computationnelle. Vos contributions auront un impact direct sur la découverte de médicaments de nouvelle génération.

Pour postuler, envoyez votre CV, liste de publications, profil GitHub, lettre de motivation et prétentions salariales à Adoc Talent Management sans tarder !