Postdoctorat en Outils IA Génériques pour Sciences Multi-Omiques et Applications Holobiontes H/F CNRS
Valbonne - 06 CDD- Bac +5
- Service public des collectivités territoriales
Les missions du poste
Complexité technologique : Développement sur des technologies IA en évolution rapide nécessitant une veille technologique constante et une adaptation continue des méthodes.
Intégration système : Travail sur des architectures logicielles complexes intégrant multiple composants (LLMs, bases de données, interfaces web) requérant une rigueur exemplaire dans la conception et les tests.
Collaboration internationale : Coordination avec des équipes distantes (France-Suisse) impliquant des réunions virtuelles régulières et une communication asynchrone efficace.
Livrables de recherche : Pression pour produire des résultats scientifiques de haute qualité dans les délais impartis, avec publication dans des venues internationales compétitives.
Ergonomie numérique : Travail intensif sur écran nécessitant le respect des bonnes pratiques ergonomiques et la gestion des risques liés au travail numérique prolongé.
Sécurité informatique : Manipulation de données sensibles et intégration d'APIs externes nécessitant le respect strict des protocoles de sécurité informatique du laboratoire.
Bienvenue chez CNRS
Dans le cadre du projet ANR de Louis-Félix Nothias, du projet ANR SNF MetaboLinkAI, et en collaboration avec l'équipe Wimmics (INRIA Sophia Antipolis), l'HolobiomicsLab recrute un chercheur postdoctoral (H/F) pour développer des outils génériques et ouverts d'intelligence artificielle dédiés aux sciences omiques, avec une application privilégiée aux systèmes holobiontes marins. Ce projet vise à révolutionner l'accès aux connaissances multi-omiques en combinant graphes de connaissances sémantiques et modèles de langage de grande taille (LLMs) dans un cadre collaboratif international.
Le/la postdoctorant(e) contribuera au développement d'un écosystème d'outils open-source permettant l'analyse intégrée de données métabolomiques, protéomiques et génomiques dans le contexte des interactions hôte-microbiome des organismes marins. Ces outils représentent les informations expérimentales issues de données de spectrométrie de masse et d'autres techniques omiques dans un cadre standardisé (RDF), permettent des requêtes avancées de fouille de données (SPARQL), et fournissent des interfaces en langage naturel pour interroger efficacement les graphes de connaissances multi-omiques.
L'objectif principal est de développer une suite d'outils génériques et modulaires, tout en explorant de nouvelles représentations de graphes de connaissances (ArangoDB, GraphRAG...) et des architectures d'agents hybrides pour supporter des analyses moléculaires complexes d'holobiontes. Le poste inclut des responsabilités de co-encadrement scientifique de doctorants et d'ingénieurs de recherche.
Activités
1. Développement d'outils génériques et ouverts pour l'IA scientifique
Le/la postdoctorant(e) contribuera au développement d'une suite d'outils génériques et open-source pour l'intelligence artificielle appliquée aux sciences omiques, en étroite collaboration avec les équipes nationales et internationales du consortium. Cette approche collaborative favorisera l'émergence de solutions réutilisables et interopérables, s'appuyant sur des standards ouverts et des architectures modulaires. Le développement d'approches déclaratives innovantes permettra de découpler le workflow de l'assistant du graphe de connaissances spécifique, avec l'objectif ambitieux de passer d'un prototype dédié à la chimie vers une solution véritablement indépendante du domaine. L'architecture logicielle modulaire constituera un enjeu majeur pour permettre l'adaptation rapide à différents domaines scientifiques et représentations de graphes de connaissances, incluant l'exploration de technologies émergentes comme ArangoDB, GraphRAG et les architectures d'agents hybrides.
2. Conception collaborative d'une bibliothèque d'outils et encadrement scientifique
Dans un cadre résolument collaboratif, le/la postdoctorant(e) dirigera la conception et l'implémentation d'une bibliothèque d'outils complète permettant d'effectuer des tâches génériques essentielles sur les graphes de connaissances, incluant la reconnaissance d'entités nommées, l'extraction de connaissances, la génération de contextes et prompts, ainsi que la résolution de requêtes complexes. Cette mission s'accompagnera de responsabilités d'encadrement scientifique, notamment la supervision de doctorants et d'ingénieurs de recherche travaillant sur les différents composants du système. Le/la chercheur(se) devra comparer et optimiser les différentes approches d'intégration entre cette bibliothèque d'outils et les interactions avec les modèles de langage, en explorant les potentialités des architectures GraphRAG et des agents hybrides pour enrichir les capacités du système. L'automatisation intelligente constituera un défi technique majeur, nécessitant le développement de mécanismes sophistiqués de sélection et d'utilisation automatisée des outils, tout en formant les jeunes chercheurs aux méthodologies de développement collaboratif et aux bonnes pratiques de la recherche ouverte.
3. Applications holobiontes et approches multi-omiques mar
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