Ingénieur d'Etudes en Microbiologie de l'Environnement et Écotoxicologie Microbienne H/F CNRS

Détail du poste

Recruté en microbiologie environnementale et écotoxicologie microbienne pour l'analyse de sédiments estuariens impactés par le rejet de stations d'épuration (STEP), l'agent devra réaliser les analyses d'écotoxicologie sur des vers marins, des analyses de microbiologie et d'activités enzymatiques pertinentes. Il devra également analyser les données de séquençage métagénomique de procaryotes et micro-eukaryotes par des approches bio-informatique et biostatistiques afin d'identifier de potentiels biomarqueurs microbiens indicateurs des rejets de STEP. Il aura en charge la rédaction des rapports scientifiques et l'écriture des articles, ainsi que la coordination des équipes participant au projet, notamment avec l'Université du Pays Basque à Bilbao et Plenzia.
Activités
- Tests d'écotoxicologie en laboratoire
- Détermination d'activités enzymatiques
- Analyses de données de séquençage métagénomique ciblée
- Analyses biostatistiques
- Rédaction de rapports scientifiques et publications en anglais
- Présentations orales en anglais devant les partenaires et à l'ANSES

Compétences
- Anglais écrit et oral
- Ecotoxicologie, connaissance du modèle Nereis
- Biologie moléculaire pour l'analyse de l'expression de gènes (transcriptomique)
- Biochimie pour la détermination d'activités enzymatiques
- Bio-informatique pour l'analyse des données de séquençage haut débit
- Biostatistique, connaissance approfondie de R

Contexte de travail

La personne recrutée sera basée à l'IPREM (Institut des Sciences Analytiques et de Physico-Chimie pour l'Environnement et les Matériaux). Unité Mixte de Recherche CNRS / UPPA (UMR 5254), l'IPREM rassemble plus de 300 personnes intéressées par le développement de connaissances fondamentales en chimie physique, chimie analytique et microbiologie, en relation avec des applications concernant la structure du vivant, la gestion de l'environnement et les propriétés fonctionnelles de différentes classes de matériaux. Les équipes de microbiologie de l'IPREM ont une grande expérience en écologie microbienne, caractérisant la diversité microbienne dans les écosystèmes naturels et expérimentaux dans le contexte du changement global.
Le projet ISMI (ANSES) rassemble 2 partenaires de pays différents (France, Espagne) avec lesquels la personne recrutée sera amenée à collaborer. Cette collaboration offre un environnement riche en échanges et scientifiquement stimulant.

Contraintes et risques

RAS