Bioinformaticien·ne Ie - Ir H/F Institut Curie

Détail du poste

Contexte et laboratoire

Dans le cadre du consortium Paris Kids Cancer, un projet transversal est financé, visant à construire et caractériser un atlas cellulaire des cancers pédiatriques basé sur la transcriptomique en cellules uniques, ainsi qu'à explorer les relations entre le développement, les cellules immunitaires et le phénotype des cellules tumorales. Pour prendre en compte à la fois l'hétérogénéité intra-tumorale (au sein des tumeurs) et l'hétérogénéité inter-tumorale (entre les patients), le projet intégrera dans un premier temps des données de séquençage ARN en cellule unique (single-cell RNA-seq) provenant de cellules tumorales issues de plusieurs types de cancers pédiatriques, afin d'étudier les points communs et les relations entre les réseaux transcriptionnels et de signalisation.

Les données issues des cellules tumorales seront comparées à des atlas de cellules normales au cours du développement, déjà publiés et/ou générés dans le cadre du programme PKC. Toutes les populations non malignes seront intégrées à partir des données disponibles sur les cancers pédiatriques, afin d'explorer les similarités et les différences entre les diverses populations du microenvironnement tumoral, avec un fort accent mis sur les cellules immunitaires. La caractérisation des interactions entre les états spécifiques des cellules tumorales et les différentes populations de cellules immunitaires sera ensuite réalisée à l'aide d'outils appropriés.

A l'issue du projet, un atlas pan-cancer pédiatrique ainsi que des atlas spécifiques à certains types de tumeurs seront mis à disposition via un serveur Web dédié. Ces différents atlas des cancers pédiatriques constitueront une ressource d'un grand intérêt pour l'ensemble des équipes du consortium PKC et pour la communauté scientifique s'intéressant aux cancers de l'enfant.

Ce projet offre une opportunité unique de contribuer à la compréhension de l'initiation tumorale et de la progression des cancers pédiatriques. L'aspect collaboratif du projet et les interactions avec les différentes équipes du consortium PKC permettront de créer un environnement hautement synergique. Deux bio-informaticiens seront recrutés pour le projet, l'un basé à l'Institut Curie et l'autre à Gustave Roussy.

Missions

Le·la candidat·e devra :
- Participer activement au développement d'un pipeline d'analyse commun afin d'obtenir des tables de comptage robustes à partir des données brutes de transcriptomique en cellules uniques.
- Exécuter ce pipeline d'analyse sur différents jeux de données de RNA-seq en cellules uniques, produits en interne, par d'autres équipes du consortium PKC, ainsi que sur des jeux de données publiés ou externes.
- Utiliser et/ou développer des méthodes et stratégies pour explorer les données, en étroite collaboration avec les biologistes. Un aspect clé sera l'intégration de données filtrées afin d'analyser les phénotypes des cellules tumorales, d'étudier leurs liens avec les cellules normales du développement, et de caractériser les populations non malignes du microenvironnement tumoral.
- Participer activement à la préparation d'un serveur Web dédié pour le partage des différents atlas.
- Présenter ses travaux lors des réunions d'équipe.

Le·la candidat·e sera encadré·e par les chercheurs responsables du projet PKC d'atlas pan-pédiatriques à l'Institut Curie (Dr Isabelle Janoueix-Lerosey et Dr Joshua Waterfall).

Le projet sera mené en étroite collaboration avec les chercheurs responsables du projet à Gustave Roussy (Dr Thomas Mercher et Dr Florent Ginhoux). Il·elle bénéficiera d'échanges quotidiens avec des spécialistes des cancers pédiatriques et des biologistes computationnels expérimentés.

En outre, le·la candidat·e aura l'opportunité d'interagir avec la communauté bio-informatique élargie de l'Institut Curie via le Hub Bio-informatique de l'Institut.

Formation et expérience requises
- Master en bioinformatique ou dans un domaine connexe avec au moins 2 ans d'expérience
- Ou Doctorat en science des données, bioinformatique ou domaines similaires.

Compétences requises
- Solides compétences dans la manipulation de jeux de données issus du séquençage à haut débit (NGS)
- Expérience confirmée en bash et R/python (la maîtrise d'autres langages de programmation est un plus)
- Expérience de travail dans un environnement Unix
- Une expérience sur cluster de calcul serait un atout
- Une bonne connaissance en biologie du cancer serait un plus
- Grande motivation et capacité à collaborer avec les biologistes et bio-informaticiens impliqués dans le projet
- Bonnes compétences en anglais écrit et oral (la maîtrise du français n'est pas indispensable si le·la candidat·e a un bon niveau d'anglais)

Toutes nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de handicap.

Type de contrat : Contrat à durée déterminée pour IE/IR

Date de début : juin 2025

Durée : Poste à durée déterminée de 18 mois, avec possibilité de prolongation de 18 mois en fonction des performances.

Temps de travail : temps plein

Rémunération : selon les grilles en vigueur

Avantages : Restauration collective, remboursement des frais de transport jusqu'à 70%, jours de RTT

Lieu du poste : Centre de Recherche Paris, Bâtiment Trouillet-Rossignol, 26 rue d'Ulm, 75005 Paris

Pour postuler, merci d'envoyer CV et lettre de motivation.

L'Institut Curie est un employeur inclusif et égalitaire et applique des normes strictes en matière d'intégrité de la recherche.