Stage en Biologie Moléculaire Arn H/F BRGM

Rejoindre le Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM), c'est intégrer l'établissement public de référence dans les sciences de la Terre rassemblant 1000 personnes expertes et passionnées, réparties dans 25 entités implantées en Hexagone et d'Outre-Mer). L'activité du BRGM a pour objectif la connaissance géologique et la compréhension des phénomènes liés au sol et au sous-sol, avec un enjeu : répondre aux défis des changements environnementaux à travers des projets innovants, à enjeux sociétaux.
Le BRGM recherche pour sa Direction de l'Eau (DE) unité Qualité des Eaux Souterraines (QES) une/un stagiaire pour optimiser l'extraction et la conservation d'ARNm d'échantillons environnementaux d'eaux souterraines de la nappe de Beauce en vue d'utiliser les échantillons pour de la métatranscriptomique.

Le projet de recherche DEEPTHOUGHT (Water4All) a pour objectif de mieux comprendre les dynamiques des nitrates dans les eaux souterraines en lien avec les pressions anthropiques (pollution, changement climatique). En particulier, l'équipe de projet du BRGM s'intéresse à la caractérisation des communautés microbiennes et leur activité dans la nappe de Beauce au nord d'Orléans. Une des difficultés est la faible biomasse présente dans les eaux et la récupération d'ADNs mais également d'ARNs messagers, ce qui permettrait de mieux qualifier les activités réalisés par les bactéries dans leur milieu. Dans ce cadre, la mission du ou de la stagiaire sera de participer à la validation d'un protocole d'échantillonnage, de conservation et d'extraction d'ARNs provennant d'eaux souterrainnes en testant différents protocoles de conservation des ARNs après échantillonnage, puis en comparant des kits d'extraction. Des qPCR sur les ADNc seront réalisées pour comparer les différents essais.
Au début du stage des échantillons environnementaux d'eaux souterraines seront récupérés sur le site du BRGM par pompage sur différents points d'eau (des piézomètres BRGM). Pour récupérer le compartiment microbien, ces eaux seront directement filtrées sur place à l'aide d'une pompe péristaltique et d'un filtre Sterivex®. Plusieurs modes de fixations/conservation seront alors appliquées aux différents filtres récupérés afin de faire varier soit le mode de fixation (congélation, tampon spécifique), soit le temps entre l'échantillonnage et la fixation afin d'adapter au mieux la méthode aux contraintes du terrain. Les ADN et ARN des échantillons seront ensuite extraits avec deux kits commerciaux et après quantification des ARN et digestion/purification avec de la DNase, la présence résiduelle d'ADN sera controlée au travers d'une qPCR sur le gène codant l'ARNr 16S. Pour finir une RT-qPCR sera réalisée afin d'obtenir de l'ADNc d'évaluer si l'ARN est de bonne qualité et amplifiable. L'efficacité des kits et des différentes conditions de fixation sera jugée au travers des rendements obtenus en ARN et en ADNc.