Thèse Interactions Microbiote-Hôte Associées aux Émissions de Méthane et à l'Efficience Alimentaire H/F Service Public

L'objectif de cette thèse est de définir comment les variations de composition et d'activité du microbiote ruminal, induites par l'ajout de suppléments anti-méthane dans les rations alimentaires, modulent l'équilibre dynamique entre émissions de méthane et efficience alimentaire chez les bovins.
Cette thèse s'appuie sur trois expérimentations qui ont été réalisées dans le cadre du projet Methane2030 :

1. une première expérimentation conduite sur 48 vaches laitières supplémentées avec deux suppléments anti-méthane complémentaires, cinq échantillonnages couplés de jus de rumen et de sang ont été réalisés au total, sur l'ensemble des vaches au cours de cet essai;
2. une deuxième expérimentation conduite sur 40 jeunes bovins en engraissement supplémentés avec un supplément anti-méthane, trois échantillonnages couplés de jus de rumen et de sang ont été réalisés au total, sur l'ensemble des jeunes bovins au cours de cet essai;
3. une troisième expérimentation conduite sur 48 génisses supplémentées dès la naissance avec un supplément anti-méthane, cinq échantillonnages couplés de jus de rumen et de sang ont été réalisés au total, sur l'ensemble des veaux au cours de cet essai.

Votre mission consistera àétudier les modifications du microbiote ruminal induites par l'utilisation de suppléments anti-méthane et à rechercher leurs associations avec le métabolisme et l'efficience alimentaire des animaux, chez des vaches laitières et des bovins en croissance.
Vous vous attacherez plus particulièrement à montrer l'évolution de la composition et des fonctions des méthanogènes ainsi que des populations bactériennes impliquées dans la dégradation des protéines, avant, pendant et après l'utilisation de suppléments anti-méthane.

Ainsi, vous serez plus particulièrement en charge de:

1. rédiger une synthèse bibliographique sur les liens entre métabolisme du microbiote ruminal et métabolisme de l'hôte dans le contexte général précédemment exposé afin de structurer votre question scientifique de thèse;
2. définir une stratégie de sélection des échantillons à analyser à partir des données physiologiques disponibles, en fonction des hypothèses retenues;
3. produire et analyser les données omiques du microbiote ruminal et les données métaboliques de l'hôte puis les intégrer aux données physiologiques afin d'identifier les mécanismes potentiellement associés aux réponses à la supplémentation avec des suppléments anti-méthane;
4. valoriser l'exploitation des données par des publications scientifiques et des communications orales en congrès scientifique.