CDD Ingénieur en Analyse de Données Protéomique H/F Ifremer

Qui sommes nous ?

Au sein de l'Ifremer, Institut National Français des Sciences de la Mer, référence internationale en matière de recherche scientifique marine, l'Unité «Contamination Chimique des Ecosystèmes Marins » (CCEM - https://ccem.ifremer.fr) mène des recherches pour caractériser l'Exposome chimique océanique et son impact sur les espèces marines.

Ses objectifs sont notamment de comprendre la dynamique des contaminants chimiques dans le milieu marin, d'étudier leur transfert et devenir (biodisponibilité, biotransformation et bioaccumulation) vers et dans les organismes marins, leurs effets biologiques, et d'évaluer la qualité du milieu marin et le risque chimique. Participant à plusieurs projets français et internationaux, l'unité CCEM dispose d'une expertise reconnue pour l'étude des contaminants chimiques et de leurs effets dans le milieu marin et est équipée de moyens instrumentaux et préparatoires de pointe pour leur analyse à l'état de traces ainsi que pour l'analyse de biomarqueurs d'exposition et d'effet.

Vous intégrerez l'unité CCEM, composée d'une trentaine de personnes en contrat permanent et d'une dizaine de personnes en contrat temporaire (CDD, stage, thèse, Post-doc) et serez placé(e) sous la responsabilité du responsable d'Unité.

Quelle sera votre mission ?

Vous contribuerez à des projets de recherche visant à mieux comprendre les effets des contaminants chimiques d'intérêt émergent sur les organismes marins (poissons, mollusques bivalves) à travers des approches de protéomique non ciblée. Vous aurez pour mission principale d'exploiter et d'interpréter de grands jeux de données de protéomique obtenus par nanoLC-HRMS/MS dans le cadre d'expérimentations réalisées en laboratoire ou d'études in situ. Ces travaux auront pour objectif d'identifier les mécanismes moléculaires impliqués dans les réponses aux contaminants, de caractériser des signatures protéomiques associées aux expositions et de proposer de nouveaux biomarqueurs.

Vous participerez également, de manière ponctuelle, à la préparation d'échantillons biologiques destinés aux analyses protéomiques, ainsi qu'au suivi des prestations réalisées par une plateforme spécialisée de spectrométrie de masse.

Quelles seront vos principales activités ?

Préparer, contrôler et organiser les échantillons biologiques (tissus, cellules) destinés aux analyses protéomiques.

• Assurer le suivi des analyses avec la plateforme de protéomique.
• Traiter, analyser et interpréter des données de protéomique non ciblée acquises par nanoLC-HRMS/MS
• Mettre en oeuvre des pipelines d'analyse bioinformatique et statistiques adaptés aux données protéomiques.
• Identifier les protéines différentiellement exprimées et les voies biologiques affectées par les expositions aux contaminants chimiques.
• Rechercher des signatures moléculaires caractéristiques d'expositions à un contaminant unique ou à des mélanges complexes de contaminants.
• Intégrer les données protéomiques avec les données chimiques et biologiques afin d'établir des relations entre niveaux de contamination et réponses biologiques.
• Participer à la valorisation scientifique des résultats.