Ingénieur de Recherche en Développement Logiciel pour le Référentiel de Séquences Génétiques Genref H/F Muséum Nationel d'Histoire Naturelle

Contexte du recrutement et définition de poste

Rejoignez notre équipe à la Direction de l'expertise (DIREX), et participez activement au projet GenRef, un projet stratégique, ambitieux et transversal financé par l'OFB et coordonné par le MNHN, visant à mettre en place un référentiel technique national et public destiné à rendre accessible des séquences génétiques de référence des espèces en France et en Outre-mer. Ce référentiel représente un outil stratégique pour la recherche, l'étude de la biodiversité et aux politiques publiques de conservation.

Vous rejoindrez une équipe pluridisciplinaire hébergée au sein de l'UAR DOHNÉE, une unité d'appui à la recherche sous tutelle du CNRS et du Muséum national d'Histoire naturelle. GenRef sera interopérable avec le référentiel taxonomique national TaxRef, les grandes bases de données internationales (GenBank, BOLD, ENA, UNITE) et le Système d'Information sur la Biodiversité (SINP / naturefrance.fr).

MISSIONS PRINCIPALES

Au sein de l'équipe « GenRef», sous la responsabilité de la cheffe de projet responsable de la coordination scientifique du référentiel, vous contribuerez au développement, au déploiement et à l'interopérabilité des infrastructures techniques et des outils associés au référentiel national de séquences génétiques GenRef.

Le projet entre actuellement dans une première phase de déploiement visant à établir une version fonctionnelle, interopérable et évolutive du référentiel, afin de poser les bases techniques et méthodologiques de son développement futur. Dans ce cadre le/la personne recrutée participera à la consolidation, à l'intégration et à la mise en service des différentes briques techniques déjà préfigurées dans le cadre du projet.

À la prise de poste, plusieurs briques structurantes de GenRef auront déjà été préfigurées ou développées, à différents niveaux de maturité, dans le cadre de la phase de conception du projet :

• Un schéma de base de données PostgreSQL consolidé avec l'appui d'un expert en architecture de bases de données ;
• Un ensemble de scripts permettant l'acquisition automatisée de données depuis les principales sources ciblées, notamment GenBank, BOLD, ENA et UNITE, à consolider et à intégrer dans des pipelines opérationnels ;
• Une première version des scripts de filtrage, de calcul des indices GenRef et de classification de données, à intégrer dans le system ;
• De premiers besoins fonctionnels identifiés pour les interfaces de consultation, d'exploration et de validation experte des données, qui resteront à préciser et à traduire en solutions techniques ;
• Une preuve de concept d'interopérabilité avec TAXREF développée avec les équipes de l'UAR PatriNat, destinée à servir de base à la mise en oeuvre de cette connexion.

La mission consistera à reprendre, consolider et intégrer ces différentes briques afin de les transformer en une application fonctionnelle, robuste et évolutive, utilisable par les différents profils d'utilisateurs de GenRef.

Axe 1 - Reprise et mise en production du système GenRef

• Prendre en main le schéma PostgreSQL consolidé et l'environnement technique existant.
• Reprendre, tester et consolider les scripts d'acquisition automatisée de données depuis GenBank, BOLD, ENA et UNITE, afin de les intégrer au pipeline opérationnel de GenRef.
• Consolider, tester et intégrer les processus de filtrage, de classification et d'évaluation de la qualité des données (notamment le calcul des indices GenRef).
• Participer à la mise en place des environnements serveurs nécessaires au fonctionnement et au déploiement du référentiel GenRef et gérer le versionnage de données ainsi que la gestion du cycle de vie des données de la plateforme (traçabilité, mises à jour périodiques).

Axe 2 - Développement de l'application et des interfaces

• Concevoir, développer et tester les interfaces web de GenRef destinées à la consultation, l'exploration et à la validation experte des données.
• Contribuer, avec la cheffe de projet et le comité projet, à préciser les besoins et les parcours de validation experte, puis les traduire en fonctionnalités et solutions techniques.
• Assurer l'intégration frontend-backend (APIs GenRef, affichage dynamique, gestion des droits d'accès)
• Mettre en place les environnements de test (recette utilisateurs, tests d'intégration) et le déploiement continu

Axe 3 - Interopérabilité, intégration technique et déploiement.

• Mettre en oeuvre, avec l'appui des équipes de l'UAR PatriNat et sur la base de la preuve de concept existante, la connexion avec TAXREF : alignement nomenclatural et taxonomique, gestion et synchronisation des mises à jour.
• Développer et documenter les APIs REST de GenRef pour l'accès aux données et l'interaction avec l'application, en tenant compte des différents profils et droits d'accès.
• Réaliser des tests d'intégration sur des jeux de données pilotes pour des groupes taxonomiques prioritaires.
• Collaborer avec les équipes techniques de l'UAR PatriNat, de l'UAR DONHÉE et du MNHN à la définition et à la mise en place des environnements nécessaires à l'intégration, au déploiement et au fonctionnement de GenRef.

Axe 4 - Qualité logicielle, documentation et accompagnement

• Produire la documentation technique du système : architecture, modèle de données, API, procédures de déploiement, et guides d'utilisation
• Mettre en oeuvre les bonnes pratiques de génie logiciel, notamment les tests automatisées, l'intégration continue, de la livraison continue et la documentation du code.
• Mettre en oeuvre les principes FAIR des données et du système (identifiants persistants, métadonnées standardisées, accès ouvert)
• Apporter un support technique aux utilisateurs, validateurs, contributeurs et partenaires institutionnels
• Contribuer aux rapports scientifiques et aux publications liées à genre

Profil recherché

Conditions administratives requises

Être titulaire au minimum d'un diplôme de niveau Master 2 ou d'un diplôme d'ingénieur en bio-informatique, informatique, sciences des données, ou discipline connexe avec forte composante développement logiciel, et justifier d'au moins 5 ans d'expérience professionnelle dans le développement logiciel appliqué au traitement de données.

Une formation ou expérience en biologie / biodiversité est un atout significatif.

Compétences techniques

• Maîtrise des bases de données relationnelles, en particulier PostgreSQL
• Maîtrise en développement Python (et/ou R) pour le traitement et l'intégration de données à grande échelle
• Maitrise en développement web, de l'interaction frontend-backend et du développement d'API REST.
• Solides connaissances en génie logiciel : tests unitaires et fonctionnels, documentation de code, gestion de versions (Git/GitLab/GitHub), et pratiques d'intégration et de livraison continues, notamment avec GitLab CI/CD.
• Maîtrise des environnements Linux et des outils de conteneurisation (Docker ou équivalent)
• Expérience des workflows automatisés et des pipelines de traitement de données.
• Bonne maîtrise de l'anglais technique, à l'écrit comme à l'oral.

Compétences appréciées

• Bonne connaissance des APIs et formats de donnés des bases de données génomiques internationales (GenBank/NCBI, BOLD, ENA, UNITE)
• Connaissance des standards de données en biodiversité (Darwin Core, EML, ABCD) et des principes FAIR
• Expérience préalable dans le cadre de projets liées aux données scientifiques, à la bio-informatique ou à la biodiversité sera un atout.

Compétences transversales

• Autonomie, rigueur et capacité à travailler dans un environnement pluridisciplinaire et institutionnel.
• Capacité à assurer la coordination technique avec de multiples partenaires institutionnels (UAR PatriNat, UAR DOHNÉE, équipe SI du MNHN) et à assurer l'interface entre ces partenaires.
• Bonne compréhension de l'architecture des systèmes d'information et capacité à proposer des solutions stables, évolutives et bien intégrées à l'environnement technique existant.
• Excellentes capacités de documentation, d'organisation et de communication technique.
• Intérêt marqué pour la biologie et la biodiversité ; compréhension du contexte taxonomique et/ou génomique est appréciée.

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

Le contrat

Localisation : Jardin des plantes

Contrat : Contrat de projet de 18 mois

Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.

Les avantages

Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)

Télétravail possible après 4 mois d'ancienneté (de 1 ou 2 jours selon les fonctions, activités, service et contexte de travail)

Restaurant d'entreprise

Prise en charge partielle de votre mutuelle

Un comité social et une association sportive et culturelle

Accès illimité aux sites de l'établissement avec invités