Ingénieur de Recherche en Bio-Informatique - Responsable des Développements Scientifiques - Head Of Bioinformatics Development - Dynabiod Program Biodiversity Data Integration And Analytics H/F Muséum Nationel d'Histoire Naturelle

Contexte du recrutement et définition de poste

Le programme PEPR Dynabiod est une initiative de recherche nationale dédiée à la documentation, à la compréhension et à l'anticipation des dynamiques de la biodiversité terrestre durant l'Anthropocène. Il rassemble la communauté scientifique française travaillant sur la biodiversité des plantes et des invertébrés afin de produire des jeux de données de haute qualité, des outils d'analyse et des produits de connaissance au service de la recherche et de l'aide à la décision. Dynabiod nécessite une infrastructure numérique dédiée pour gérer, intégrer, analyser et partager les données et les productions issues du programme. Le/la responsable du développement bioinformatique pilotera la conception, le développement et le déploiement opérationnel des outils et services d'analyse, les cadres d'intégration des données, les environnements de recherche virtuels, les systèmes de connaissance et les outils destinés aux utilisateurs. Le poste est rattaché au pôle transverse « Données et systèmes d'information » (PT3) de Dynabiod, et contribuera à l'ensemble des groupes de travail de Dynabiod, avec la responsabilité du développement des outils scientifiques et d'un graphe de connaissances multimodal et de son intégration dans l'infrastructure numérique de Dynabiod. Cette dernière s'appuie sur une architecture distribuée permettant une intégration dans l'écosystème national des infrastructures, pilotée par l'Infrastructure de Recherche (IR) Data Terra. Il sera aussi chargé de veiller à la bonne intégration des variables essentielles de biodiversité (Essential Biodiversity Variables) produites par les partenaires de Dynabiod au sein de cet écosystème numérique. Les ressources numériques de Dynabiod devant être maintenus en conditions opérationnelles (MCO) par l'IR Data Terra, le ou la titulaire du poste travaillera en liens étroits avec la Direction technique de Data Terra. En outre, lors de chaque déploiement des systèmes produits, le ou la titulaire du poste s'assurera de la disponibilité des documents à jour permettant le MCO. La définition de ces documents est de la responsabilité de la Direction technique de Data Terra.

Principales responsabilités :

· Piloter le développement de suites logicielles bioinformatiques et le système de référence multimodaux et d'infrastructures de représentation des connaissances, incluant ontologies, modèles sémantiques et graphes de connaissances.

· Contribuer au pilotage de la stratégie numérique et l'architecture technique des environnements d'analyse, des services d'intégration de données et des environnements de recherche virtuels des systèmes d'information de Dynabiod.

· Participer à la supervision de la conception, le développement et le déploiement de plateformes au stade de production pour la gestion des données de biodiversité, l'analyse bioinformatique, le partage de workflows et l'intégration des connaissances.

· Veiller à ce que les développements respectent les principes FAIR, l'interopérabilité, la reproductibilité, la sécurité, la traçabilité et la maintenabilité à long terme, et s'inscrivent dans l'écosystème numérique distribué de Dynabiod piloté par l'IR Data Terra.

· Travailler avec les équipes scientifiques et les partenaires institutionnels pour traduire les besoins de recherche en services numériques utilisables et pérennes.

· Contribuer au pôle PT3 et contribuer à la coordination du programme lorsque nécessaire.

· Travailler avec l'infrastructure numérique nationale (Data Terra) pour assurer l'intégration des suites logicielles et soutenir la diffusion des variables essentielles de biodiversité.

· Constituer et encadrer une petite équipe technique composée de développeurs, de spécialistes des données et de designers UX/UI.

Activités clés

Le/la titulaire du poste devra :

· Mettre en oeuvre ou superviser la réalisation de bout-en-bout des outils d'ingestion, de stockage, de contrôle qualité, d'analyse bioinformatique, d'intégration, d'analyse en aval et de réutilisation des données. · Contribuer à l'élaboration de la feuille de route technique de l'environnement numérique distribué de Dynabiod et de son intégration dans l'écosystème numérique national. · Intégrer l'architecture de l'environnement d'accès numérique et des services associés. · Contribuer à la planification de la gestion des données : types de données, standards, politiques de conservation, modèles de métadonnées, catalogues de données et filières d'entrepôts. · Intégrer, le cas échéant, les outils, workflows et services déjà utilisés par la communauté scientifique. · Élaborer la documentation des systèmes, services, workflows, modèles de données, API et intégrations de portail. Favoriser l'adoption par les utilisateurs via la formation, le travail sur l'ergonomie, l'écoute active et la conduite du changement.

Head of Bioinformatics development - Dynabiod Program: Biodiversity Data Integration and Analytics

The French PEPR Dynabiod program is a national research initiative dedicated to documenting, understanding, and forecasting terrestrial biodiversity dynamics in the Anthropocene. It brings together the French scientific community working on plant and invertebrate biodiversity to produce high-quality datasets, analytical tools, and knowledge products that support research and decision-making.

Dynabiod requires dedicated digital infrastructure to manage, integrate, analyse, and share the data and outputs produced by the program. The Head of Bioinformatics Development will lead the design, development, and operational deployment of this infrastructure, including analytical services, data integration frameworks, virtual research environments, knowledge systems, and user-facing tools.

The position is attached to PT3, Data and Information Systems, and will contribute across the Dynabiod work packages, with responsibility for developing scientific tools and a multimodal knowledge graph, as well as its integration into Dynabiod's digital infrastructure. This relies on a distributed architecture that enables integration into the national ecosystem of research infrastructures, led by the Data Terra Research Infrastructure (IR). The successful candidate will also be tasked with ensuring the proper integration of Essential Biodiversity Variables (EBVs) produced by Dynabiod's partners within this digital ecosystem.

Since Dynabiod's digital resources must be maintained under operational conditions (MCO) by the Data Terra Research Infrastructure (IR), the post holder will work in close collaboration with Data Terra's Technical Directorate. Additionally, for each system deployment, the post holder will ensure that up-to-date documentation enabling MCO is available. The definition of these documents is the responsibility of Data Terra's Technical Directorate.

Main responsibilities

• • Lead the digital strategy and technical architecture for Dynabiod's analytical environments, data integration services, and virtual research environments.

  • Oversee the design, development, and deployment of production-grade platforms for biodiversity data management, bioinformatics analysis, workflow sharing, and knowledge integration.

  • Ensure that Dynabiod's digital infrastructure supports FAIR data practices, interoperability, reproducibility, security, traceability, and long-term maintainability.

  • Lead the development of multimodal reference systems and knowledge representation infrastructure, including ontologies, semantic models, and knowledge graphs.

  • Ensure integration with national digital infrastructures and support the dissemination of Essential Biodiversity Variables.

  • Build and manage a small technical team of devaelopers, data specialists, and UX/UI designers.

  • Work with scientific teams and institutional partners to translate research needs into usable, sustainable digital services.

  • Report to the PT3 hub and contribute to program-level coordination where required.

Key activities

The position will require the incumbent to:

• • Develop the technical roadmap for the Dynabiod digital environment.

  • Design the architecture of the digital access environment and associated services.

  • Implement or supervise tools for data ingestion, storage, quality control, bioinformatics analysis, data integration, downstream analysis, and reuse.

  • Support data management planning, including data types, standards, retention policies, metadata models, data catalogs, and repository pathways.

  • Integrate existing tools, workflows, and services already used by the scientific community where appropriate.

  • Develop documentation for systems, services, workflows, data models, APIs, and portal integration.

  • Support user adoption through training, usability work, active listening, and change management.

Profil recherché

Qualifications requises

Les candidat(e)s devront disposer de : · Un diplôme de niveau master, un diplôme d'ingénieur, ou une expérience professionnelle équivalente en informatique, bioinformatique, informatique de la biodiversité, science des données, systèmes d'information, ou dans un domaine connexe. · Une expérience significative dans la mise en oeuvre de systèmes d'information scientifiques ou d'infrastructures de données de recherche. · Une expérience dans l'encadrement d'équipes techniques et la coordination de travaux avec des partenaires scientifiques ou institutionnels. · Un bilan démontré de livraison de plateformes ou services numériques fiables, documentés, évolutif et maintenables. Expertise requise

Le/la candidat(e) retenu(e) devra démontrer une expertise solide dans plusieurs des domaines suivants :

· Systèmes d'information scientifiques pour des données de recherche complexes et hétérogènes utilisant des langages, librairies, frameworks et tout autre ressources techniques et technologiques maintenables et évolutifs sur tout le cycle du système d'information.

· Architecture de données pour l'ingestion, le stockage, l'intégration, le contrôle qualité, l'analyse et la réutilisation.

· Workflows bioinformatiques ou d'informatique de la biodiversité.

· Pratiques de données FAIR, standards de métadonnées, API, entrepôts de données et mécanismes d'interopérabilité.

· Logiciels et services de plateforme au niveau de maturité d'exploitation en production.

· Intégration multimodale de données de biodiversité, incluant les données moléculaires, écologiques, de spécimens, d'occurrence, de traits, d'images, acoustiques, vidéo ou environnementales.

· Représentation des connaissances, incluant ontologies, modèles sémantiques, systèmes de référence ou graphes de connaissances.

· Spécification technique, cartographie des workflows et planification de la mise en oeuvre.

· Conteneurisation de services informatiques et déploiement via une pipeline d'intégration et de déploiement continue (CI/CD) dans un environnement orchestré.

· Sécurisation des données et de systèmes d'information distribués dans des objectifs de préservation de l'intégrité des données et des systèmes, de reprise après sinistre et de continuité d'activité.

Required qualifications

Candidates should have:

• • • Graduate degree, engineering degree, or equivalent professional experience in computer science, bioinformatics, biodiversity informatics, data science, information systems, or a related field.

    • Significant experience delivering scientific information systems or research data infrastructure.

    • Experience leading technical teams and coordinating work across scientific or institutional partners.

    • Demonstrated record of delivering reliable, documented, maintainable digital platforms or services.

Required expertise

The successful candidate should demonstrate strong expertise in several of the following areas:

• • • Scientific information systems for complex, heterogeneous research data.

    • Data architecture for ingestion, storage, integration, quality control, analysis, and reuse.

    • Bioinformatics or biodiversity informatics workflows.

    • FAIR data practices, metadata standards, APIs, repositories, and interoperability mechanisms.

    • Production-grade software and platform services.

    • Multimodal biodiversity data integration, including molecular, ecological, specimen, occurrence, trait, image, acoustic, video, or environmental data.

    • Knowledge representation, including ontologies, semantic models, reference systems, or knowledge graphs.

    • Technical specification, workflow mapping, and implementation planning.

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

Le contrat

Localisation : Jardin des plantes

Contrat : Contrat de projet de 36 mois

Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.

Les avantages

Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)

Télétravail possible après 4 mois d'ancienneté (de 1 ou 2 jours selon les fonctions, activités, service et contexte de travail)

Restaurant d'entreprise ou tickets-restaurants (selon les sites)

Prise en charge partielle de votre mutuelle

Un comité social et une association sportive et culturelle

Accès illimité aux sites de l'établissement avec invités