Ingénieur de Recherche en Bio-Informatique H/F

Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)

Qualifications requises

Les candidat(e)s devront disposer de : · Un diplôme de niveau master, un diplôme d'ingénieur, ou une expérience professionnelle équivalente en informatique, bioinformatique, informatique de la biodiversité, science des données, systèmes d'information, ou dans un domaine connexe. · Une expérience significative dans la mise en oeuvre de systèmes d'information scientifiques ou d'infrastructures de données de recherche. · Une expérience dans l'encadrement d'équipes techniques et la coordination de travaux avec des partenaires scientifiques ou institutionnels. · Un bilan démontré de livraison de plateformes ou services numériques fiables, documentés, évolutif et maintenables. Expertise requise

Le/la candidat(e) retenu(e) devra démontrer une expertise solide dans plusieurs des domaines suivants :

· Systèmes d'information scientifiques pour des données de recherche complexes et hétérogènes utilisant des langages, librairies, frameworks et tout autre ressources techniques et technologiques maintenables et évolutifs sur tout le cycle du système d'information.

· Architecture de données pour l'ingestion, le stockage, l'intégration, le contrôle qualité, l'analyse et la réutilisation.

· Workflows bioinformatiques ou d'informatique de la biodiversité.

· Pratiques de données FAIR, standards de métadonnées, API, entrepôts de données et mécanismes d'interopérabilité.

· Logiciels et services de plateforme au niveau de maturité d'exploitation en production.

· Intégration multimodale de données de biodiversité, incluant les données moléculaires, écologiques, de spécimens, d'occurrence, de traits, d'images, acoustiques, vidéo ou environnementales.

· Représentation des connaissances, incluant ontologies, modèles sémantiques, systèmes de référence ou graphes de connaissances.

· Spécification technique, cartographie des workflows et planification de la mise en oeuvre.

· Conteneurisation de services informatiques et déploiement via une pipeline d'intégration et de déploiement continue (CI/CD) dans un environnement orchestré.

· Sécurisation des données et de systèmes d'information distribués dans des objectifs de préservation de l'intégrité des données et des systèmes, de reprise après sinistre et de continuité d'activité.

Le programme PEPR Dynabiod est une initiative de recherche nationale dédiée à la documentation, à la compréhension et à l'anticipation des dynamiques de la biodiversité terrestre durant l'Anthropocène. Il rassemble la communauté scientifique française travaillant sur la biodiversité des plantes et des invertébrés afin de produire des jeux de données de haute qualité, des outils d'analyse et des produits de connaissance au service de la recherche et de l'aide à la décision. Dynabiod nécessite une infrastructure numérique dédiée pour gérer, intégrer, analyser et partager les données et les productions issues du programme. Le/la responsable du développement bioinformatique pilotera la conception, le développement et le déploiement opérationnel des outils et services d'analyse, les cadres d'intégration des données, les environnements de recherche virtuels, les systèmes de connaissance et les outils destinés aux utilisateurs. Le poste est rattaché au pôle transverse « Données et systèmes d'information » (PT3) de Dynabiod, et contribuera à l'ensemble des groupes de travail de Dynabiod, avec la responsabilité du développement des outils scientifiques et d'un graphe de connaissances multimodal et de son intégration dans l'infrastructure numérique de Dynabiod. Cette dernière s'appuie sur une architecture distribuée permettant une intégration dans l'écosystème national des infrastructures, pilotée par l'Infrastructure de Recherche (IR) Data Terra.