Ingénieur Bio-Informaticien en Traitement de Données Omiques H/F
Service Public
- Limoges - 87
- Fonctionnaire
- Bac +2
- Bac +3, Bac +4
- Bac +5
- Service public d'état
- Exp. 1 an min.
Les compétences pour ce job
- Anglais
- Gestion des données
Détail du poste
Structure Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine - UMR INSERM 1262 dirigée par Eric PINAUD
A propos de la structure
Les travaux de recherche du laboratoire sont consacrés à l'étude de la lignée cellulaire B, notamment à travers l'étude des régulations moléculaires et cellulaires qui contrôlent son développement et son homéostasie, en physiologie comme en pathologie.
Mission principale
Contribuer au développement et à la mise en oeuvre d'approches bioinformatiques innovantes visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans l'activation, la différenciation et la transformation maligne des lymphocytes B humains. La personne recrutée participera à l'analyse, l'intégration et l'exploitation de données de séquençage à haut débit générées au laboratoire (ainsi que de jeux de données publics), afin d'identifier de nouveaux mécanismes de régulation du génome et du transcriptome des cellules B physiologiques et pathologiques.
Activités principales
- Développer et mettre en oeuvre des pipelines d'analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-read Nanopore, LAM-HTGTS, INDUCE-seq, direct RNA-seq, etc.)
- Contribuer à l'analyse des données de transcriptomique afin d'identifier et caractériser des ARN codants et non codants (ARN circulaires, eRNAs, etc.)
- Participer à l'analyse des données de séquençage visant à cartographier les cassures double brin de l'ADN et les événements de recombinaison génomique
- Réaliser les données de séquençage longue lecture (Nanopore) pour la caractérisation de transcrits complexes et de réarrangements génomiques
- Intégrer et réanalyser des jeux de données publics (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, etc.)
- Assurer l'organisation, la traçabilité et la reproductibilité des analyses bioinformatiques (gestion des scripts, versions, pipelines et données)
- Participer à l'interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les chercheurs et étudiants de l'équipe
- Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines du séquençage haut débit, des technologies longue lecture et de l'analyse de données o...
Le profil recherché
Connaissances
- Participation à l'analyse de données de séquençage haut débit et de données omiques
- Transcriptomique et génomique fonctionnelle
- Notions de biologie moléculaire, génétique et régulation de l'expression génique
- Des connaissances en immunologie et/ou cancérologie constitueraient un atout
Savoir-faire
- Compétences dans la collecte, le traitement et l'analyse de données de séquençage (contrôle qualité, alignement, etc.)
- Utilisation d'un cluster de calcul via un ordonnanceur de tâches (type SLURM)
- Travail sous environnement Linux/Unix
- Maitrise du langage R
- Anglais scientifique
Aptitudes
- Appétence pour l'analyse et l'interprétation de données biologiques
- Capacité à communiquer dans un environnement scientifique pluridisciplinaire
- Travail en équipe, sur plusieurs projets en parallèle
Expériences(s) souhaitée(s)
- Expérience préalable en bioinformatique appliquée aux données de séquençage haut débit
- Une expérience en transcriptomique, s&...
Publiée le 01/07/2026 - Réf : 2026-2334297
