Ingénieur Biologiste en Traitement de Données - Equipe E.Duprez H/F
Service Public
- Marseille - 13
- Fonctionnaire
- Bac +5
- Service public d'état
Les compétences pour ce job
- Bash
- Python
Détail du poste
BAP
A
Missions
L'équipe d'Estelle Duprez, Biologie moléculaire intégrative dans les leucémies (Inserm U1068, CNRS, Aix-Marseille Université et institut Paoli-Calmettes) recrute un(e) Ingénieur(e) d'Etudes en bioinformatique pour faire de l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire
L'équipe développe une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l'échelle de la cellule unique sur des modèles murins et/ou des cellules de patients leucémiques pour décrypter les mécanismes liés à la leucémie.
La personne recrutée prendra en charge les analyses bioinformatiques des différents projets de l'équipe, elle sera amenée principalement à analyser des données de scRNA-seq avec un volet d'intégration multi-omics. L'objectif est d'étudier les corrélations entre les profils moléculaires et cellulaires en réponses à différents traitements afin de mieux comprendre les déterminants de la réponse/résistance thérapeutique.
Activités
principales
· Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données
· Réaliser le traitement des données
· Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études
· Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
Activités
associées
· Encadrement et gestion de projet
· Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
Le profil recherché
Connaissances
· Avoir de bonnes connaissances de génomique et des notions de biologie du cancer
· Connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications
· Connaissance de l'environnement Linux/Unix
Savoir-faire
· Maîtrise des outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés pour les analyses de données NGS (RNAseq/single-cell RNAseq)
· Maîtrise d'un langage de script (Python, Bash)
· Excellente maitrise de R
· Utilisation d'outils de versionning pour développement collaboratif (git)
· Utilisation de logiciel de conteneurisation (type docker ou singularity)
Aptitudes
· Travailler avec rigueur et méthode
· Des capacités d'encadrement et de gestion de projet sont également souhaitables.
· L'activité demande un bon niveau d'anglais (écrit et oral) pour échanger sur les ré...
Publiée le 16/06/2026 - Réf : 2026-2315446
