Détail du poste
Établissement : Université de Technologie de Compiègne École doctorale : Sciences pour l'ingénieur Laboratoire de recherche : Génie enzymatique et cellulaire Direction de la thèse : Séverine PADIOLLEAU-LEFEVRE ORCID 0000000254751358 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-26T23:59:59 La borréliose de Lyme est une maladie transmise par les tiques, causée par un complexe bactérien nommé Borrelia burgdorferi sensu lato. Cette infection, dont le diagnostic n'est pas fiable, peut passer inaperçue et évoluer vers des symptômes polymorphes invalidants. L'une des difficultés réside dans la notion de co-infection : Il n'y a pas un mais des agents pathogènes transmis par la tique. Or, une détection rapide, fiable et personnalisée de la borréliose de Lyme est essentielle pour proposer un traitement adéquat aux patients, et éviter l'errance thérapeutique des patients ainsi que la persistance des agents pathogènes incriminés. Le présent projet s'inscrit dans un programme plus global, incluant un volet biotechnologique et un volet numérique incluant de l'intelligence artificielle, visant à améliorer le diagnostic de la maladie de Lyme.
Notre laboratoire a sélectionné des sondes oligonucléotidiques, appelées aptamères, capables de reconnaitre de manière spécifique une protéine exprimée à la surface des spirochètes responsables de la borréliose de Lyme [1, 2]. Une demande de brevet est actuellement en cours d'évaluation. Parallèlement, nous développons une approche rationnelle pour développer d'autres sondes moléculaires. L'objectif final est de disposer d'un panel de sondes capables de cibler des biomarqueurs distincts afin de de proposer une nouvelle approche diagnostic multiplexée, contournant les actuels écueils du diagnostic. Le projet vise donc à sélectionner de nouveaux candidats aptamères contre de nouvelles protéines de surface bactérienne afin de participer à la mise en place d'un test multiplexé.
Les travaux mèneront à la caractérisation fine des interactions en jeu et à l'optimisation des candidats par ingénierie moléculaire. Une étude structurale sera également abordée, par des approches expérimentales et/ou de modélisation moléculaire in silico. Différentes technologies seront appliquées : biologie moléculaire, culture bactérienne, expression de protéines recombinantes, purification, modélisation moléculaire in silico, Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX), Next Generation Sequencing (NGS) cytométrie de flux, Enzyme Linked Oligonucleotides Assays (ELONA), Résonance Plasmonique de Surface (SPR), BioLayer Interferometry (BLI), Western Blot, Lateral Flow Assays (LFA)...
[1] : Guérin et al, 2024. Appl. Microbiol. Biotechnol. 108, 425. DOI : 10.1007/s00253-024-13195-2
[2] : Guérin et al, 2025. Commun. Biol. 8, 632. DOI : 10.1038/s42003-025-08034-7 Travail réalisé au sein de l'UMR 7025 du CNRS, en laboratoire. L'unité rassemble plus de trente chercheurs, ingénieurs et techniciens, auxquels s'ajoutent 15 à 20 doctorants et post-doctorants.
Le fonctionnement du projet s'appuiera sur l'abondement de l'AAP STIMulE DiaLyme ainsi que sur les financements attendus de la chaire industrielle BioAIDx en cours de finalisation (Fondation UTC). D'autres réponses à AAP sont prévues dans les prochains mois.
Des déplacements sont à prévoir dans le cadre de collaborations. Sélection de nouvelles sondes moléculaires afin de poser les jalons d'un test multiplexé.
Validation de la pertinence de sondes moléculaires conçues rationnellement via le volet numérique de ce projet transdisciplinaire Application de la technologie SELEX pour la sélection d'aptamères/
Méthodes de caractérisation des interactions moléculaires : ITC, SPR, BLI, ELISA, Beads assays, Dot Blot, cytométrie de flux...
Méthodes classiques de biochimie des protéines : Expression de protéines recombinantes, Purification, SDS-PAGE, Western Blot...
Des interactions sont à prévoir avec une équipe impliquée dans la conception rationnelle in silico de sondes par modélisation moléculaire.
Le profil recherché
Ce projet de thèse permettra à l'étudiant de maitriser un large panel de techniques en lien avec la mise en oeuvre de sondes moléculaires (peptidiques, protéiques ou oligonucléotidiques) dans des applications santé. Il lui permettra également d'acquérir une compréhension fine des interactions moléculaires. Enfin, les travaux de recherche menés s'accompagneront d'une montée en compétence sur la gestion d'un projet scientifique.
Publiée le 12/06/2026 - Réf : 41986fdbf830fae1ca30b6d91fb5b7da