Ingénieur en Génomique Environnementale - Écologie Microbienne H/F Ifremer

Date limite de dépôt des candidatures : 03/07/2026

Qui sommes-nous ?

L'unité ASIM (Adaptation et Santé des Invertébrés Marins), localisée à la station de La Tremblade, en Charente Maritime, centre ses objectifs sur l'acquisition de connaissances et la proposition de solutions dans le domaine de la santé et l'adaptation des invertébrés marins, en particulier des mollusques bivalves.

Les axes de recherche de l'unité portent sur la diversité et les interactions de ces espèces et des organismes pathogènes associés afin d'anticiper leur émergence dans un contexte de changement global.

L'unité ASIM est un lieu d'intégration forte entre des activités de recherche et de surveillance/référence grâce une expertise reconnue internationalement. L'unité est le Laboratoire National de Référence (LNR) et Laboratoire de Référence de l'Union Européenne (LRUE) pour les maladies des mollusques marins.

L'unité ASIM a un accès privilégié à la plateforme des mollusques marins (PMM-LT), dont un laboratoire A2 permettant la réalisation d'essais expérimentaux. De plus, l'unité travaille en étroite collaboration avec le Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais (LER-PC) dont le rôle est dédié à l'observation, à l'étude et à l'expertise sur les écosystèmes côtiers grâce à des réseaux de surveillance et des projets de recherche qu'il opère ou supervise, déployés sur l'ensemble des littoraux vendéens et charentais.

Introduction du poste à pourvoir et de sa position dans l'organigramme

Vous serez positionné.e au sein de l'unité ASIM, sous l'autorité de la responsable d'unité.

Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet Région Nouvelle-Aquitaine « Observatoire du marais de Brouage » porté par le laboratoire LIttoral ENvironnement Et Sociétés (LIENSs) de La Rochelle.

Cet observatoire vise à évaluer l'état de santé des écosystèmes du marais et de quantifier l'importance relative des effets des changements globaux marins et terrestres sur ces zones d'interface entre la terre et la mer et de mesurer leurs conséquences sur la biodiversité. La salinisation des milieux doux est un point central et commun qui sera étudié dans le cadre de l'observatoire. Le compartiment microbien, qui fait l'objet d'une action spécifique dans le projet de l'Observatoire, est à la base du réseau trophique dans lequel s'intègrent les autres compartiments étudiés.

Ce volet, incluant entre autres l'étude du fonctionnement trophique du marais, vise à comprendre comment ces différentes composantes des changements globaux et leur origine marine ou terrestre interagissent et affectent le fonctionnement de l'écosystème du marais de Brouage afin de construire des scénarios d'évolution des zones humides côtières en fonction de l'évolution du climat, des activités anthropiques et des processus salinisation liés à des submersions soudaines ou progressives.

Les connaissances acquises sur le fonctionnement des écosystèmes côtiers seront mises à profit et utilisées comme base de construction d'outils de gestion pour l'évaluation de la qualité et de l'état de santé des milieux. Ainsi l'un des objectifs de l'Observatoire du marais de Brouage est de développer des outils de bioindicateurs basés sur des approches d'ADN environnemental.

Quelles seront vos principales missions ?

Vous aurez pour premier objectif d'analyser, à l'aide d'approches basées sur l'ADNe, la diversité des communautés benthiques et présentes dans la colonne d'eau (bactéries, archées, microeucaryotes et méiofaune), ainsi que des microorganismes associés aux bivalves, sur différentes stations du marais de Brouage présentant des typologies contrastées et un gradient de salinité.

Le second objectif consistera à adapter et optimiser les protocoles de laboratoire afin de permettre leur mise en oeuvre directement sur le terrain, au moyen de laboratoires portables dédiés aux analyses in situ.

Quelles seront vos principales activités ?

- Sortie sur le terrain (prélèvement de sédiment, filtration d'eau, dissection de bivalve)

- Assurer la collecte, la traçabilité et le stockage des échantillons.

- Réaliser et optimiser l'extraction des ADN à partir des échantillons collectés.

- Garantir la qualité et la quantité d'ADN nécessaires aux approches de séquençage Nanopore.

- Réaliser et optimiser les PCR long range pour les marqueurs 16S et 18S.

- Préparer les librairies de séquençage Nanopore (amplicon).

- Contrôler la bonne conduite des séquençages Nanopore.

- Réaliser les analyses bioinformatiques des données générées afin de produire les tables d'assignation taxonomique.

- Réaliser les analyses biostatistiques.

Avec qui travaillerez-vous ?

- En interne : LER-PC (La Tremblade), Sébimer (Brest)

- En externe : IPREM (Pau), LIENSs (La Rochelle)