Thèse Dogma Evolution de la Diversité Génétique des Chiens et Adaptation à l'Évolution Culturelle Humaine en Europe H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Rennes 1 École doctorale : École doctorale Espaces, Sociétés, Civilisations Laboratoire de recherche : CENTRE DE RECHERCHE EN ARCHEOLOGIE, ARCHEOSCIENCES, HISTOIRE Direction de la thèse : Morgane OLLIVIER RUZ ORCID 0000-0002-8361-4221 Date limite de candidature : 2026-06-15T00:00:00 Le chien, domestiqué à partir du loup il y a plus de 15 000 ans, est la plus ancienne espèce domestiquée et le seul animal ayant été domestiqué par des sociétés de chasseurs-cueilleurs. Depuis lors, il accompagne étroitement les humains, partageant leurs modes de vie et leurs transformations culturelles. La transition néolithique en Eurasie, marquée par la sédentarisation, l'agriculture et l'élevage, a profondément modifié les environnements humains et exercé de nouvelles pressions sélectives sur les populations canines, notamment liées aux changements alimentaires riches en amidon. Ces pressions ont conduit à des adaptations génétiques, morphologiques, physiologiques et comportementales, faisant du chien un modèle privilégié pour étudier l'impact des transformations culturelles humaines sur le vivant. Au cours des âges du Bronze et du Fer, puis durant l'Antiquité et le Moyen Âge, l'expansion des sociétés agropastorales, les migrations et les réseaux d'échanges ont favorisé la diversification fonctionnelle des chiens (chasse, garde, troupeau, compagnie) et d'importants flux génétiques. Parallèlement, une sélection accrue de traits phénotypiques et comportementaux a façonné les ancêtres de nombreuses races européennes modernes. Malgré ces avancées, l'histoire évolutive des chiens au cours des périodes historiques reste largement méconnue. Le projet DOGMA propose d'étudier l'adaptation des chiens européens aux transitions culturelles humaines, de la préhistoire à la Renaissance, en formulant l'hypothèse que les chiens agissent comme de véritables sentinelles bioculturelles des changements humains. Grâce à la paléogénomique, le projet vise à reconstituer la dynamique spatio-temporelle de la diversité canine et à relier les variations génétiques aux contextes archéologiques et socio-économiques. Le projet de thèse DOGMA s'inscrit en complémentarité directe avec le projet ANR CROC (2026-2030), coordonné par Morgane Ollivier, et auquel participe également Christophe Hitte, co-directeur de cette thèse, en tant que responsable du partenaire IGDR. Les deux directeurs de thèse possèdent des compétences complémentaires qui seront un atout pour le projet : Morgane Ollivier en paléogénomique, phylogénomique et génomique évolutive ; Christophe Hitte en bioinformatique et génomique. Ils bénéficient de la plateforme de bioinformatique GenOuest hébergée à l'INRIA-IRISA à Rennes et des ressources bioinformatiques du groupe de paléogénomique de l'Université Ludwig Maximilian de Munich (LMU). Ils ont également accès aux laboratoires dédiés à l'ADN ancien à Paris (plateforme P2GM).
Cette thèse vise à caractériser la diversité génomique des chiens européens afin d'en préciser l'origine, les dynamiques de diffusion et les processus de renouvellement ou d'admixture avec des populations locales ou exogènes. L'objectif est de comprendre comment les transitions culturelles humaines ont contribué à façonner les populations canines en Europe, tant sur les plans génétiques que morpho-fonctionnels, et d'identifier les signatures de sélection associées à l'émergence de nouveaux traits métaboliques, physiologiques et comportementaux.

Nous faisons l'hypothèse que, dès la néolithisation, des remplacements partiels de populations canines et des événements d'admixture ont eu lieu entre chiens locaux européens et populations introduites, notamment depuis le Proche-Orient et d'autres régions d'Eurasie. Les trajectoires phylogéographiques distinctes de ces populations devraient se traduire par des différences morphologiques et physiologiques corrélées aux contextes chrono-culturels et aux stratégies de subsistance humaines. Par ailleurs, plusieurs loci génétiques auraient été soumis à une sélection directionnelle, en particulier ceux impliqués dans la digestion, la morphologie mandibulaire et post-crânienne ainsi que la variation de taille, notamment en réponse à l'adoption d'un mode de vie agropastoral. Ces dynamiques de population se seraient poursuivies au cours du temps, au gré des transitions culturelles successives, contribuant à structurer la diversité canine européenne.

Le projet repose sur un large corpus d'échantillons provenant d'Europe occidentale, d'Europe du Sud-Est et du Moyen-Orient, régions clés pour l'étude de la néolithisation, et inclut également des loups anciens afin de caractériser la diversité des canidés sauvages locaux. Pour les périodes comprises entre l'âge du Fer et la Renaissance, les analyses seront centrées sur le territoire français. La thèse exploitera un ensemble exceptionnel de données génomiques déjà disponibles, comprenant des centaines de génomes mitochondriaux et nucléaires anciens et modernes, issus de projets en cours et de données publiées.