Détail du poste
Description du Poste Sujet De Thèse A - État de l'artSi l'alimentation répond à un besoin physiologique primaire de tout organisme vivant, elle est aussi, dans les sociétés humaines, un vecteur de structuration sociale, le siège de pratiques culturelles et un réservoir de savoirs, de savoir-faire et de techniques. Explorer les stratégies alimentaires des populations du passé est une tâche ardue car ces stratégies reposent sur l'ingestion de substances dont les vestiges ne se conservent que partiellement dans le registre archéologique. Fondé sur une collaboration originale et inédite entre ethno-archéologie, archéologie et biochimie, ce projet de thèse se propose d'explorer le potentiel informatif de triglycérides (TAGs) conservés dans des céramiques ethnographiques africaines et dans des poteries archéologiques de différents contextes européens et africains afin de lever des verrous d'identification des denrées alimentaires conservées au sein de récipients en céramique, qu'il s'agisse de matières grasses animales ou de substances végétales.Au cours des dernières décennies, l'analyse des résidus organiques de poteries archéologiques (ORA - Organic Residue Analysis) a connu d'importants développements méthodologiques. Ces avancées ont permis d'identifier une grande diversité de denrées alimentaires dans différentes aires chrono-culturelles. Toutefois, malgré ces progrès, notre compréhension des stratégies alimentaires anciennes demeure partielle. Nous manquons encore de référentiels robustes et transculturels permettant d'attribuer de manière fiable une fonction aux poteries archéologiques. En outre, le potentiel chimiotaxonomique de certains biomarqueurs, tels que les triglycérides, reste largement inexploité, nous privant de méthodes d'identifications fines pour discriminer l'espèce à l'origine d'une graisse animale ou de produits laitiers ou distinguer certaines huiles végétales entre elles. La recherche des produits issus de la mer demande aussi de lever un certain nombre de verrous méthodologiques.B - ObjectifsL'objectif de ce projet est d'explorer le potentiel chimiotaxonomique des TAGs en contexte archéologique afin d'accéder à une identification précise des matières grasses préparées et consommées dans les céramiques et de contribuer à une meilleure connaissance des stratégies alimentaires des populations du passé. Pour atteindre cet objectif, le projet vise à lever plusieurs verrous scientifiques et méthodologiques majeurs : i) développer un référentiel de substances grasses actuelles afin d'établir des critères de discrimination basés sur leur composition en TAGs ; (ii), développer et valider une méthode d'analyse LC-MS/MS innovante et robuste dédiée aux TAGs et mettre en oeuvre des méthodes statistiques multivariées et des méthodes d'apprentissage automatique adaptées (machine learning) pour le traitement de jeux de données de grande dimension ; (iii) évaluer l'évolution du signal en TAGs sous l'effet de la préparation des aliments dans les céramiques et lors de l'enfouissement des poteries après leur abandon.Ce projet est fortement interdisciplinaire. Il mobilise les domaines de la biochimie et la lipidomique, de l'archéologie, de l'ethno-archéologie, de l'expérimentation, et du traitement statistique des données. Particulièrement innovant, il ambitionne d'ouvrir de nouvelles voies méthodologiques (moléculaires et isotopiques) pour l'identification de denrées à forte valeur symbolique, économique ou nutritionnelle, telles que les produits laitiers, certaines ressources végétales et les substances d'origine aquatique. La faisabilité de ce projet est assurée par l'existence de corpus déjà identifiés et disponibles au CEPAM : collection de substances naturelles et de poteries ethnographiques du Sénégal, céramiques archéologiques africaines et européennes ayant livré des quantités importantes de TAGs.C - Aspects méthodologiquesLa méthodologie développée visera à lever les verrous énoncés ci-dessus en développant de nouvelles approches en lipidomique, articulées autour de trois axes méthodologiques complémentaires : (i) élaboration de référentiels actualistes fondés sur l'étude de substances naturelles brutes et de résidus de céramiques ethnographiques d'Afrique pour offrir des modèles interprétatifs solides et directement exploitables ; (ii) conduite d'expérimentations contrôlées en étudiant les processus d'altération des TAGs à partir de poteries de fonctions connues enterrées dans des sédiments durant 1 et 2 ans ; (iii) caractérisation structurale fine des TAGs conservés dans des vases archéologiques issus d'Afrique et d'Europe.C1. Corpus d'échantillons considérésLa mise en place de ce projet nécessite de disposer (i) de substances naturelles actuelles brutes, (ii) de ces mêmes substances préparées dans des céramiques ethnographiques selon des conditions connues, (iii) de poteries expérimentales ayant séjourné en contexte sédimentaire et (iv) de tessons archéologiques. Afin de disposer de l'ensemble de ce matériel, nous avons mené des enquêtes au sein des populations Bedik (Région de Kédougou) et Jóola Kaasa (Basse-Casamance) qui produisent et utilisent encore des céramiques, notamment pour la préparation de plats à base de plantes (riz, fonio, sorgho, mil) et d'animaux diversifiés (viandes de porcs, poissons) cuisinés à l'aide de graisses variées (beurre de karité, huile de palme). Dans le cadre du projet SINERGIA Foodways in West Africa (2019-2024), financé par le FNS suisse, plus de 600 récipients ont été documentés, des substances brutes collectées et des expérimentations conduites, mettant en évidence un fort potentiel de conservations des TAGs. Par ailleurs, des récipients de contenu et fonctionnement connus ont été enterrés au Sénégal 1 an puis 2 ans, afin d'appréhender le devenir du signal TAGs en contexte sédimentaire. Des sites archéologiques ont aussi été explorés livrant des céramiques utilisées au cours du dernier millénaire dont certaines contiennent encore des TAGs. Enfin, plusieurs échantillons archéologiques européens se sont révélés riches en TAGs et les méthodes mises en place sur le référentiel ethnographique pourront être testées sur des corpus archéologiques diversifiés.C2. Évaluation du potentiel chimiotaxonomique des TAGsLes travaux préliminaires ont permis de commencer à évaluer le potentiel chimiotaxonomique des TAGs pour certaines substances végétales africaines et européennes (huiles d'olive, de palme, de noisette, beurre de karité par exemple). Cependant, les référentiels restent incomplets que ce soit pour les huiles et les produits laitiers (brebis, chèvre, vache) et surtout les ressources aquatiques. Le projet se focalisera prioritairement sur ces trois catégories. Des substances de nature et d'origine connues ont déjà été collectées en Afrique et d'autres seront prélevées en Europe auprès d'éleveurs, d'agriculteurs et de pêcheurs. Les poteries à analyser (disponibles au CEPAM et à l'Université de Genève) seront sélectionnées en collaboration avec les équipes du Laboratoire ARCAN de l'Université de Genève, de l'UMR (Unité Mixte de Recherche) TEMPS et du département d'Histoire de l'Université Cheikh Anta Diop de Dakar.C3. Stratégie analytiqueLes analyses mises en oeuvre étant destructives, il sera impératif de minimiser la prise d'échantillon dans une perspective de préservation du patrimoine archéologique. Lorsque des encroûtements carbonisés seront visibles à la surface des poteries, ils seront d'abord observés à différentes échelles sous microscopes optiques et électroniques. Nous mettrons en oeuvre un protocole d'extraction unique permettant de réaliser l'ensemble de la chaîne d'analyse. Les échantillons seront, dans un premier temps, analysés en GC-MS (Chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse) au CEPAM afin d'obtenir une caractérisation globale des lipides et de sélectionner de manière ciblée les échantillons contenant des TAGs. Ces derniers seront ensuite analysés de manière approfondie par LC-MS/MS (Chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse tandem) à l'IPMC. Pour les échantillons ne contenant pas de TAGs, des analyses isotopiques pourront être mises en oeuvre. L'originalité du projet réside dans une combinaison raisonnée et intégrée de la GC-MS et de la LC-HRMS/MS, encore rarement mise en oeuvre en archéologie biomoléculaire. C4. Développement de la méthode LC-HRMS dédiées au TAGsL'un des verrous majeurs à lever dans l'exploitation des TAGs archéologiques réside dans leur identification fiable, malgré des mélanges complexes, des phénomènes de co-élution et des signaux de faible intensité. Le projet s'appuie sur l'expertise développée à l'IPMC en lipidomique par LC-HRMS/MS. La contribution de l'IPMC vise à développer une méthodologie LC-HRMS/MS dédiée à l'analyse fine des triglycérides, afin d'améliorer significativement la robustesse et la justesse des identifications. Il s'agira d'abord d'optimiser la séparation chromatographique en phase liquide pour les TAGs, en limitant au maximum les recouvrements entre espèces proches (même masse exacte mais composition en acides gras différente). Cette approche permettra de dépasser les limites des analyses reposant uniquement sur la masse exacte ou sur des méthodes non optimisées pour des matrices archéologiques complexes.Les TAGs séparés seront analysés par spectrométrie de masse haute résolution couplée à la fragmentation (LC-HRMS/MS), avec des stratégies d'acquisition favorisant l'obtention d'ions fragments diagnostiques. Une attention particulière sera portée aux profils de fragmentation caractéristiques des substances d'origine végétale, animale terrestre et aquatique, encore peu documentées en contexte archéologique. Á terme l'idée est de proposer une stratégie analytique dédiée aux TAGs. Les données générées seront traitées à l'aide de logiciels spécialisés (Lipidsearch et MS-Dial) complétés par des approches statistiques développées au sein du projet. Les données ethnographiques constitueront une base d'apprentissage pour l'élaboration de modèles prédictifs qui seront calibrés et évalués afin de garantir leur robustesse et de proposer un outil fiable et exploitable à long terme.D - Résultats attendusÁ l'issue de ce projet, nous espérons avoir progressé dans la connaissance de la structure fine des TAGs conservés dans des céramiques de différents contextes, périodes et régions. Les travaux menés sur les corpus ethnographiques, expérimentaux et archéologiques permettront de mieux comprendre les processus d'altération des TAGs liés à la préparation culinaire, à l'usage des récipients et aux phénomènes post-dépositionnels. Enfin le projet vise à appréhender le potentiel chimiotaxonomique de ces composés, y compris dans un état dégradé, afin de pouvoir distinguer l'origine des produits laitiers, de discriminer les huiles végétales et également de mieux identifier les ressources marines. Cela permettra d'alimenter la réflexion sur les stratégies alimentaires des populations d'Afrique de l'Ouest sur le dernier millénaire, mais aussi de tester les critères élaborés sur des céramiques riches en TAGs issues d'autres contextes.Les résultats feront l'objet de publications internationales. Compte-tenu du caractère interdisciplinaire du projet, plusieurs revues pourront être ciblées en fonction des résultats obtenus telles que Food Chemistry, Phytochemistry, J. of Lipid Research, J. of Archaeological Science ou J. of Archaeological Method and Theory.E - Intégration du / de la doctorant.e dans un collectif de recherche internationalCe projet de recherche doctoral, à la croisée de la biochimie des matières grasses et de l'ethno-archéologie, est intégré dans un collectif de recherche international financé par le CNRS. Il s'inscrit dans un cadre collaboratif impliquant directement les personnels de deux laboratoires du CNRS où se réalisera le doctorat, en particulier Martine Regert (Directrice de Recherche au CNRS, CEPAM à Nice) et Delphine Debayle (Ingénieure de Recherche au CNRS, IPMC à Valbonne), et mobilisant les compétences des chercheurs du laboratoire ARCAN de l'Université de Genève (Suisse), de l'UMR TEMPS à Nanterre (France) et de l'Université Cheikh Anta Diop de Dakar (Sénégal).Le/la doctorant.e sera formé.e aux aspects archéologiques et ethno-archéologiques liés à l'étude fonctionnelle des céramiques, incluant la compréhension des contextes de production, d'utilisation et d'altération des poteries. Cette approche sera renforcée par l'expertise d'Anne Mayor (Maître d'enseignement et de recherche, Université de Genève) et de Julien Vieugué (Chargé de recherche au CNRS en archéologie, TEMPS à Nanterre), permettant de croiser données matérielles et signatures moléculaires.Sur le plan analytique, le/la doctorant.e participera au screening global des résidus lipidiques par GC-MS au CEPAM, incluant le choix et la préparation des échantillons, l'acquisition des données et leur première interprétation. Les échantillons contenant des TAGs seront ensuite étudiés par LC-HRMS/MS à l'IPMC, où le/la doctorant.e sera impliqué.e dans l'optimisation des séparations chromatographiques, les stratégies d'acquisition MS/MS et l'analyse des profils de fragmentation, afin de contribuer au développement d'approches dédiées à l'identification fine des TAGs. Il/elle sera formé.e au traitement et à l'analyse statistique des données, en lien étroit avec les équipes du CEPAM et de l'IPMC, notamment pour la mise en oeuvre d'outils spécialisés en lipidomique et d'approches multivariées, avec Pauline Garberi (Ingénieure d'étude CNRS en calcul scientifique et statistique, CEPAM), afin de discriminer les signatures lipidiques des substances étudiées.Enfin, le/la doctorant.e sera intégré.e dans un collectif de recherche international grâce à l'adossement de la thèse au projet IRP STRATALIM (2026-2030) et au projet 80PRIME, ce qui permettra de financer une partie des missions scientifiques et de favoriser les échanges, workshops et collaborations internationales.Bibliographie indicativeCorrea-Ascencio M., Evershed R. P., 2014, High throughput screening of organic residues in archaeological potsherds using direct acidified methanol extraction. Analytical Methods 6, 1330-1340.Craig O. E., 2021, Prehistoric Fermentation, Delayed-Return Economies, and the Adoption of Pottery Technology. Current Anthropology 62 (24), S233-S241.Cramp, L., Evershed, R.P., 2014. Reconstructing Aquatic Resource Exploitation in Human Prehistory Using Lipid Biomarkers and Stable Isotopes, in: Treatise on Geochemistry. Elsevier, pp. 319-339.Debels P., Drieu L., ...., Malergue A., ...., Sall M., Regert M., Mayor A., 2024, Investigating grandmothers' cooking: a multidisciplinary approach to foodways on an archaeological dump in Lower Casamance. Plos ONE 19 (5), e0295794.Dias Araújo A. R., Buvry O., Antonny B., Debayle D., 2025, Separation of polar and neutral lipids from mammalian cell lines by high-performance thin-layer chromatography. Journal of Chromatography A 1741, 465610.Drieu L. et al., 2025, A medium-throughput approach for improved taxonomic identification of lipids preserved in ancient pottery. Archaeometry 62 (1), 182-201.Drieu L., Regert M., Mazuy A., Vieugué J., Bocoum H., Mayor A., 2022, Relationships between lipid profiles and use of ethnographic pottery: an exploratory study. Journal of Archaeological Method and Theory 29, 1294-1322.Mirabaud S., Rolando C., Regert M., 2007, Molecular criteria for discriminating adipose fat and milk from different species by nanoESI MS and MS/MS of their triacylglycerols: application to archaeological remains. Analytical Chemistry 79, 6182-6192.Prévost C., Drieu L., Pasqualini A., Regert M., 2023, The ARchaeological Organic residues Literature Database (AROLD): construction of a tool for reviewing and querying published lipid data in organic residue analysis. Archaeometry 65 (5), 1125.Regert M., 2011, 2011, Analytical strategies for discriminating archaeological fatty substances from animal origin. Mass Spectrometry Reviews 30 (2), 177-220.Sequera C., ..., Debayle D.,..., 2025, FThe HDAC inhibitor romidepsin renders liver cancer vulnerable to RTK targeting and immunologically active. Nature Communications 16 (1), 7919.Turini M., Mayor A., Vieugué J., Delvoye A., Sall M., Regert M., Drieu L., 2025, Unravelling ceramic content and organic coatings in Senegalese ethnographic pottery vessels. Journal of Archaeological Science: Reports 63, 105111. Votre Environnement de Travail Ce projet de thèse sera accueilli par deux laboratoires : le CEPAM (Cultures et Environnements. Préhistoire, Antiquité, Moyen Âge), qui est une unité mixte de recherche CNRS - Université Côte d'Azur située sur le campus Saint-Jean-d'Angély à Nice et l'IPMC (Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire) situé sur le campus de Sophia Antipolis à Valbonne et dépendant du CNRS, de l'Inserm et de l'Université Côte d'Azur. Ces deux laboratoires sont équipés pour réaliser la documentation du matériel archéologique et les prélèvements, procéder à la préparation chimique des échantillons et à leur analyse (un IRTF, une GC et deux GC-MS au CEPAM, une LC HRMS/MS et une GC-MSMS à l'IPMC). Contraintes et risques Respecter les horaires de travail, l'organisation de l'accès au temps machine et le contexte collectif de travail, de même que les conditions de sécurité, au laboratoire et sur le terrain. Rémunération et avantages Rémunération La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR7264-MARREG2-005 Section(s) CN / Domaine de recherche Hommes et milieux : évolution, interactions À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche
Publiée le 22/05/2026 - Réf : d4d116b2842974fc50bfcc5d543da239