Thèse Exploration des Mécanismes du Quorum Sensing chez les Mycobactéries pour Développer des Stratégies Contre la Résistance Liée aux Biofilms H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies Laboratoire de recherche : IPBS - Institut de Pharmacologie et Biologie Structurale Direction de la thèse : Hedia MARRAKCHI ORCID 0000000327495966 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-30T23:59:59 Mycobacterium abscessus (Mabs), une mycobactérie non tuberculeuse, émerge comme étant au coeur de nombreux cas d'infections chez les patients atteints de mucoviscidose (MCV). Connue pour ses multiples résistances aux antibiotiques et sa capacité à former des biofilms in vivo, elle est fréquemment co-isolée avec Pseudomonas aeruginosa, pathogène majeur des infections pulmonaires chez les patients MCV adultes. Du fait de la capacité de ces deux pathogènes à former des biofilms au sein des poumons et à résister à de nombreux antibiotiques, il est urgent de mettre en place de nouvelles stratégies afin de limiter leur propagation et de proposer des traitements efficaces. Notamment, le développement de molécules ciblant les mécanismes liés à la virulence comme la communication inter-bactérienne, est une stratégie prometteuse pour lutter contre l'antibiorésistance. Ces mécanismes jouent un rôle clé dans la formation des biofilms, notamment chez P. aeruginosa, mais son existence chez les mycobactéries et son rôle potentiel dans la formation de leur biofilm restent très peu connus. Ainsi, le but de ce projet est (i) d'identifier par une approche in silico et de valider in vitro des protéines-candidates potentiellement impliquées dans la communication inter-bactérienne chez Mabs ; (ii) de cartographier les voies régulées et les réseaux de signalisation, et (iii) de cribler des composés inhibant cette communication et/ou la formation de biofilms de M. abscessus. Ce projet de thèse s'inscrit dans le contexte général de l'antibiorésistance, et plus spécifiquement dans le contexte clinique des infections liées à la mucoviscidose, lors desquelles la formation de biofilms bactériens rend les traitements de première ligne moins efficaces. Dans le contexte sanitaire actuel, où la problématique de l'antibiorésistance est une priorité, la recherche de nouveaux traitements antimicrobiens permettant d'éliminer les biofilms est une urgence. Ce projet propose dans un premier temps, d'étudier la communication inter-bactérienne chez les mycobactéries sur la base des connaissances sur d'autres bactéries comme P. aeruginosa et S. aureus. Nous avons identifié des protéines potentiellement impliquées dans la formation de biofilm chez Mabs grâce à des approches bio-informatiques. L'objectif est de les valider in vitro par des approches génétiques et de mieux caractériser les voies de signalisation impliquées par des approches « omiques ». Un autre objectif du projet est l'étude des interactions entre M. abscessus et P. aeruginosa au sein d'un biofilm mixte, avec la mise en place d'un modèle in vitro permettant de se rapprocher au mieux des conditions in vivo. - cultures bactériennes en planctonique et en biofilm
- construction de mutants de délétion et de surexpression
- approches multi-omiques
- formation de biofilm avec quantification des populations
- cribler des composés inhibiteurs de la formation de biofilms grâce à un modèle in vitro