Détail du poste
Contexte du recrutement et définition de poste
Contexte du recrutement : Le poste s'inscrit dans le cadre du projet BIOSCAN France (BIOSCAN-FR : Caractérisation moléculaire et surveillance de la biodiversité terrestre en France : étude pilote et mobilisation des acteurs nationaux) coordonné par le MNHN et l'OFB. Ce projet, initié en 2022, est entré dans sa seconde phase (2025-2028).
Le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) est engagé dans l'intégration des approches moléculaires pour la caractérisation de la biodiversité depuis plus de deux décennies, reconnaissant leur potentiel pour accélérer la description des espèces (taxonomie intégrative) et améliorer le suivi des communautés et la compréhension de leurs dynamiques (approches par metabarcoding ou analyses de l'ADN environnemental). Cet engagement est fondamental alors que la biodiversité subit une crise sans précédent par sa rapidité, par son ampleur et par les effets en cascade qu'elle entraîne sur les écosystèmes et sur nos sociétés.
Le MNHN est le point focal pour la France du consortium iBOL (international Barcode of Life) depuis 2018. Ce consortium rassemble la communauté internationale autour d'objectifs partagés visant à développer l'utilisation des codes-barres ADN pour l'identification des espèces, la documentation des interactions entre elles, et le suivi des dynamiques de la biodiversité. Dans le cadre du projet BIOSCAN-FR, le MNHN a développé un rôle fédérateur et facilitateur (notamment au travers de l'accès aux ressources pour le séquençage) afin d'encourager la communauté des naturalistes et experts taxonomistes à contribuer à la construction des librairies de référence de codes-barres ADN, indispensables à l'efficacité de cette méthode d'identification, et à intégrer également ces approches dans leur pratique de la taxonomie pour l'identification, la discrimination et éventuellement la description des espèces. Fin 2024, le réseau FRBOL (French Barcode of Life) a été formellement proposé pour structurer ces efforts ; il a pour objectifs principaux : (1) l'avancement de la construction des librairies de référence nationales pour la diversité eucaryotique française ; (2) l'accompagnement et la formation des membres du réseau, depuis l'échantillonnage jusqu'aux analyses des séquences et leur publication ; (3) la validation et la diffusion des librairies de référence et leur mise à disposition publique. Ce recrutement est donc un appui indispensable au développement du réseau FRBOL en vue de réaliser ces objectifs.
Les missions :
La personne recrutée aura pour mission la coordination et l'animation scientifique du réseau FRBOL afin d'accélérer et d'améliorer la poursuite de ses objectifs.
· Pour le développement des librairies (et collections) de référence :
(1) Concevoir des stratégies d'échantillonnage (collections, terrain) pour combler les manques dans les librairies existantes (en s'appuyant sur les résultats existants d'une analyse des lacunes) ;
(2) Mobiliser la communauté des naturalistes et taxonomistes, professionnels et amateurs, pour la mise en oeuvre de ces stratégies d'échantillonnage ;
(3) Organiser et participer à des missions d'échantillonnage ponctuelles (sur le terrain ou dans des collections, ciblées géographiquement ou taxonomiquement) ;
(4) Centraliser la gestion des échantillons (spécimens, tissus), des données et métadonnées et des images pour la construction des librairies de référence, jusqu'à leur transmission au laboratoire pour séquençage (prestation externe et/ou traitement en interne au MNHN).
· Pour l'accompagnement et la formation des membres de FRBOL :
(1) Organiser des ateliers pour la formation des participants aux différentes étapes du processus de construction des librairies (échantillonnage des tissus ; analyse des séquences ; utilisation et navigation du Barcode of Life Datasystems) ;
(2) Rédiger et diffuser des guides de bonnes pratiques et/ou des vidéos de démonstration ;
(3) Aider à l'analyse, l'interprétation et la valorisation des résultats par des approches de taxonomie intégrative.
· Pour la validation et la diffusion des librairies de référence :
(1) Suivre et analyser les résultats de séquençage en lien étroit avec les participants ayant le matériel séquencé et l'expertise associée ;
(2) Aider à la curation des résultats (corrections, complétion des identifications) ;
(3) Organiser des ateliers de curations de données de taxonomie (taxa-thon) pouvant mener à la publication de « data-papers ».
· De manière transversale aux objectifs précédents :
(1) Mettre en place une stratégie de communication pour le réseau FRBOL, interne comme externe (feuilles de liaison, site Internet, réseaux sociaux, médias spécialisés...) ;
(2) Participer au suivi administratif du projet (suivi des commandes et du budget, organisation de missions par ex.) ;
(3) Prendre part à la rédaction de rapports scientifiques ;
(4) Contribuer aux démarches nécessaires à la conformité réglementaire des échantillonnages le cas échéant.
Pour mener à bien ces missions, la personne recrutée s'appuiera sur un réseau de collaborateurs déjà impliqués et sur d'importantes quantités de données déjà produites, ainsi que sur des flux de travail établis qu'il conviendra d'ajuster et d'optimiser. Elle pourra également s'appuyer sur les ressources du projet BIOSCAN-FR (missions, séquençage par ex.) mais aussi - au travers de collaborations - sur d'autres projets et programmes en cours et partageant les mêmes objectifs, comme le référentiel national de séquences génétiques (GenRef), le volet connaissances du plan national en faveur des insectes pollinisateurs, ou encore le programme national Dynabiod (PEPR) co-porté par le MNHN.
Des contacts et des collaborations avec des représentants d'autres pays membres d'iBOL développant ou ayant développé des réseaux nationaux (par ex. FinBOL en Finlande, GBOL en Allemagne) permettront un partage d'expérience.
Le contexte national et international étant particulièrement dynamique sur ces thématiques liées à la biodiversité, il est attendu que la personne recrutée soit elle-même force de proposition au cours du développement de son poste sur la durée du projet BIOSCAN-France pour initier de nouvelles collaborations et des synergies tant au niveau national qu'international.
Les indicateurs d'évaluation et les livrables attendus :
Il est attendu un développement de l'envergure nationale du réseau, aussi bien géographique (incluant les DROM-COM) que taxonomique, mesurable par le nombre de membres actifs y contribuant. Une gestion efficace de la centralisation des échantillons permettra une augmentation mesurable du nombre d'échantillons traités pour barcoding chaque année dans le cadre du réseau FRBOL, ainsi qu'une amélioration de la qualité des données et métadonnées associées (fiabilité des identifications entre autres). L'impact du réseau FRBOL pourra aussi être évalué à la mesure du nombre de participants aux ateliers, de visites sur le site internet et de vues des médias ou communiqués sur les réseaux sociaux.
Plus généralement, ce travail doit permettre une hausse de la couverture des librairies de référence (mesurable via les résultats de la gap-analysis et leur actualisation) et une meilleure diffusion des résultats selon les principes FAIR (par ex. au travers de publications de « data papers », de jeux de données publics dans des bases de données internationales (BOLD, GenBank) et dans le référentiel national GenRef).
Profil recherché
La/le candidat(e) recherché(e) devra être titulaire d'un diplôme de niveau master ou équivalent en sciences de la biodiversité ; il peut s'agir de formations en écologie ou en biologie évolutive avec une composante dédiée à la systématique ou également d'une formation dédiée à la biologie moléculaire dans un contexte de génétique ou de génomique environnementale.
Connaissances attendues :
- Théorie et pratique de la taxonomie, notamment moléculaire et appliquée à la caractérisation de la biodiversité (DNA barcoding, ADNe, metabarcoding).
- Flux de travail de biologie moléculaire permettant l'extraction, l'amplification et le séquençage de l'ADN.
- Expérience dans l'utilisation de bases de données, notamment du Barcode of Life Datasystems (BOLD) et de son architecture de gestion, d'analyse, de curation et de publication des données de barcoding.
- Gestion de données et rigueur dans le traitement des données et leur traçabilité.
- Posséder une fibre naturaliste généraliste forte et des compétences taxonomiques avérées (peu importe le taxon concerné), idéalement (mais pas nécessairement) en entomologie (les insectes étant une des cibles prioritaires du réseau).
Compétences nécessaires :
- Démontrer de très bonnes qualités relationnelles au travers d'une expérience avérée d'animation scientifique fondée sur des interactions avec des collaborateurs ou des acteurs de terrain : appropriation d'objectifs collectifs et mobilisation, transmission de bonnes pratiques (formation, accompagnement).
- Posséder d'excellentes aptitudes de communication écrites et orales pour échanger avec les membres du réseau, à la fois collectivement (liste de diffusion, site internet) et individuellement.
Seront également particulièrement appréciées des compétences dans l'utilisation des outils d'analyse de séquences ADN issus des séquenceurs haut-débit (nettoyage, démultiplexage, assemblage de contigs, etc.) et de statistiques descriptives pour le suivi et la synthèse de résultats.
Permis de conduire (permis B) indispensable (déplacements à prévoir, même si l'utilisation des dispositifs de communication à distance ou des transports en commun lorsque possible sera préférée pour réduire les coûts et l'impact environnemental du projet).
Information(s) complémentaire(s)
Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.
Le contrat
Localisation : Jardin des plantes
Contrat : Contrat de projet
Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.
Les avantages
Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)
Télétravail possible après 4 mois d'ancienneté (de 1 ou 2 jours selon les fonctions, activités, service et contexte de travail)
Restaurant d'entreprise
Mutuelle d'établissement
Un comité social et une association sportive et culturelle
Accès illimité aux sites de l'établissement avec invités
Publiée le 12/05/2026 - Réf : 8cb2eaa49ad34f887c10a0225c123b44
