Thèse Rôles de l'Adn Extrachromosomique de la Plante à l'Humain H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Perpignan Via Domitia École doctorale : Energie et Environnement Laboratoire de recherche : Laboratoire Génome et Développement des Plantes Direction de la thèse : Marie MIROUZE ORCID 0000000205141270 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-08T23:59:59 L'ADN extrachromosomique circulaire (ADNecc) désigne les fragments d'ADN circulaires présents en dehors des chromosomes. Longtemps considéré comme secondaire, il est aujourd'hui reconnu comme un élément important du fonctionnement du génome. On le retrouve aussi bien chez les plantes que chez l'humain.
Ce projet de thèse vise à mieux comprendre le rôle de cet ADN particulier dans différents organismes, en adoptant une approche comparative entre échantillons végétaux et humains. L'objectif est d'explorer comment l'ADNecc participe à la régulation des gènes, à l'adaptation aux conditions environnementales et, chez l'humain, au développement de certaines maladies comme le cancer.
Chez les plantes, cet ADN pourrait jouer un rôle dans la réponse aux stress, par exemple face à la sécheresse ou aux pathogènes. Chez l'humain, il est souvent associé à des phénomènes d'amplification de gènes impliqués dans la prolifération cellulaire, notamment dans les cellules tumorales. Comprendre ces mécanismes pourrait permettre d'identifier des points communs entre espèces, mais aussi des spécificités propres à chaque organisme. Ce travail permettra d'apporter une vision globale et comparative de ce type d'ADN encore mal connu. À terme, il pourrait contribuer à améliorer la compréhension de l'adaptation des plantes et ouvrir de nouvelles pistes en recherche biomédicale, notamment dans le domaine du cancer.
Pour répondre à ces questions, le projet s'appuiera sur des techniques de biologie moléculaire et de séquençage en lectures longues, ainsi que sur des analyses bioinformatiques. L'équipe MANGO dispose de jeux de données (mobilome-seq) obtenus à partir (1) de plantes d'Arabidopsis thaliana soumises à des stress abiotiques sur plusieurs générations, et (2) d'échantillons issus de patients atteints de cancer. Le travail de thèse consistera à analyser ces données afin de comparer les caractéristiques et les fonctions de l'ADN extrachromosomique. En outre de nouvelles données issues de plantes produisant des bio pesticides seront générées au cours de la thèse.
Ce travail s'inscrit dans le cadre de projets financés par l'ANR (CropCircle, BioPest-Boost). Le candidat(e) sera amené(e) à interagir avec nos partenaires académiques (CNRS, IRD, Université de Perpignan) mais également avec nos partenaires privés (sociétés Akinao et Cleomics) et bénéficiera d'un environnement international. L'ADN extrachromosomique circulaire (ADNecc) désigne les fragments d'ADN circulaires présents en dehors des chromosomes. Longtemps considéré comme secondaire, il est aujourd'hui reconnu comme un élément important du fonctionnement du génome. On le retrouve aussi bien chez les plantes que chez l'humain.
Chez les plantes, cet ADN pourrait jouer un rôle dans la réponse aux stress, par exemple face à la sécheresse ou aux pathogènes. Chez l'humain, il est souvent associé à des phénomènes d'amplification de gènes impliqués dans la prolifération cellulaire, notamment dans les cellules tumorales. Comprendre ces mécanismes pourrait permettre d'identifier des points communs entre espèces, mais aussi des spécificités propres à chaque organisme.